Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F78 I0 R1
|
626 |
241.3 |
10389380 |
77.7% |
8072548 |
149.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
198,022 |
C→A |
19.6% |
R189S (CGT→AGT) |
lpxD → |
UDP‑3‑O‑(3‑hydroxymyristoyl)‑glucosamine N‑acyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 198,022 | 0 | C | A | 19.6%
| 597.5
/ 114.3
| 219 | R189S (CGT→AGT) | lpxD | UDP‑3‑O‑(3‑hydroxymyristoyl)‑glucosamine N‑acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (97/79); new base A (21/22); total (118/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GTTGCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCAGATTGCA > CP009273/197873‑198171
|
gTTGCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATc < 2:615607/150‑1 (MQ=255)
ttCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGt > 1:5075082/1‑150 (MQ=255)
tCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTa < 1:4089797/150‑1 (MQ=255)
gTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAAc < 1:325363/150‑1 (MQ=255)
gTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAAc < 1:331988/150‑1 (MQ=255)
gTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAAc < 1:3575850/150‑1 (MQ=255)
gTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAAc < 1:4431811/150‑1 (MQ=255)
tAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACt < 1:406750/150‑1 (MQ=255)
aGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTg < 2:5154914/150‑1 (MQ=255)
aGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTg > 2:4646281/1‑150 (MQ=255)
ggTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTgg > 2:3642638/1‑150 (MQ=255)
gTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTggg > 2:1223342/1‑150 (MQ=255)
aaaCAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCCGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGaa > 2:1399145/1‑150 (MQ=255)
aaCAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAg < 2:2404949/150‑1 (MQ=255)
aaCAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAg < 2:1171193/150‑1 (MQ=255)
cAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGAt < 1:373072/150‑1 (MQ=255)
cAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATccc > 2:4609828/1‑150 (MQ=255)
cAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATccc > 2:3549586/1‑150 (MQ=255)
cAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTGTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATccc > 1:162494/1‑150 (MQ=255)
aaaTCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCcac < 2:158385/150‑1 (MQ=255)
aaaTCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCcac < 2:230548/150‑1 (MQ=255)
aaTCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCcaca > 2:2052438/1‑150 (MQ=255)
aTCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAg < 2:852735/150‑1 (MQ=255)
tGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGACCAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTgg > 2:4899990/1‑150 (MQ=255)
cAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTc > 2:1302161/1‑150 (MQ=255)
aGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTcg < 2:4709156/150‑1 (MQ=255)
aGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTcg > 2:4958749/1‑150 (MQ=255)
aGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTcg < 2:4628883/150‑1 (MQ=255)
aGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTcg > 2:2960941/1‑150 (MQ=255)
gTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTcgcg > 1:2148697/1‑150 (MQ=255)
cgcgTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTaa > 2:3855613/1‑150 (MQ=255)
cgTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAatt < 1:4637946/150‑1 (MQ=255)
gTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAatta > 2:644677/1‑150 (MQ=255)
tctGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAattatta < 1:4201200/150‑2 (MQ=255)
tctGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTg > 2:4762529/1‑150 (MQ=255)
ctGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTgg < 2:5031461/150‑1 (MQ=255)
ctGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTgg < 1:4287555/150‑1 (MQ=255)
tGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGc < 1:3347236/150‑1 (MQ=255)
gggCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCg > 1:142084/1‑150 (MQ=255)
gCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGAt < 1:814528/150‑1 (MQ=255)
gAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATcg > 1:476403/1‑150 (MQ=255)
gAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATcg > 2:1873263/1‑150 (MQ=255)
aaCGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATcgc > 1:2819496/1‑150 (MQ=255)
aaCGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATcgc > 2:144088/1‑150 (MQ=255)
gTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTg > 1:856998/1‑150 (MQ=255)
tAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTgg > 2:4206783/1‑150 (MQ=255)
tAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTgg > 1:4921432/1‑150 (MQ=255)
aCCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGgag < 2:1067684/150‑1 (MQ=255)
ttACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCgg > 1:1347151/1‑150 (MQ=255)
tACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGt > 1:1276365/1‑150 (MQ=255)
cATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGcc > 2:4023504/1‑150 (MQ=255)
aTGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCt < 1:2935216/150‑1 (MQ=255)
aTGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCt < 1:4995701/150‑1 (MQ=255)
gagaTCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGc > 1:2608821/1‑150 (MQ=255)
gagaTCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGc < 1:792140/150‑1 (MQ=255)
aTCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGcaca > 1:4263431/1‑150 (MQ=255)
gATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCat > 2:1934837/1‑150 (MQ=255)
gATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCat < 1:2421414/150‑1 (MQ=255)
aTCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatc > 2:3458174/1‑150 (MQ=255)
tCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatcg < 1:1654202/150‑1 (MQ=255)
gTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatcgatc < 1:3931749/150‑1 (MQ=255)
tCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatcgatcg < 1:2906502/150‑1 (MQ=255)
tCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCatcgatcg < 1:1485862/150‑1 (MQ=255)
cAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATcgc > 2:3909059/1‑150 (MQ=255)
aaTTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCgcggc > 2:5026132/1‑150 (MQ=255)
aTTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCgcggcg > 2:2522760/1‑150 (MQ=255)
gCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGgcgcgc > 1:3883826/1‑150 (MQ=255)
tGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTgg > 2:1999387/1‑150 (MQ=255)
ccAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATgg > 2:588424/1‑149 (MQ=255)
cAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGac > 2:868076/1‑150 (MQ=255)
cAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGac > 1:1160279/1‑150 (MQ=255)
cGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACtat > 2:583328/1‑150 (MQ=255)
aaCAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACtattat > 2:1018623/1‑150 (MQ=255)
aaCAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGAGCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACtattat < 1:4636277/150‑1 (MQ=255)
gTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAAt < 2:3092071/150‑1 (MQ=255)
ggCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGc < 2:4270474/150‑1 (MQ=255)
ggCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGc < 2:539788/150‑1 (MQ=255)
gcgcAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCg < 1:2363052/150‑1 (MQ=255)
cgcAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGt > 1:3119755/1‑150 (MQ=255)
aGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGAt > 2:2705297/1‑150 (MQ=255)
aGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGAt > 1:3844009/1‑150 (MQ=255)
gACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATc > 2:4156701/1‑150 (MQ=255)
ggCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCAtt > 2:3380496/1‑150 (MQ=255)
ggCTTTGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCAtt < 2:4856447/150‑1 (MQ=255)
gCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTg > 2:1550125/1‑150 (MQ=255)
gCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTg < 1:207592/150‑1 (MQ=255)
ttGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATa < 1:1458399/150‑1 (MQ=255)
ttGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATa < 1:1918588/150‑1 (MQ=255)
ttGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATa < 1:4506755/150‑1 (MQ=255)
tGGTTATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATaa < 2:2629539/150‑1 (MQ=255)
ttATGCCAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCa < 2:3966022/150‑1 (MQ=255)
aTGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGt < 1:719206/150‑1 (MQ=255)
aTGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGt < 1:1035370/150‑1 (MQ=255)
tGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTg > 2:97225/1‑150 (MQ=255)
gCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGc < 1:3780123/150‑1 (MQ=255)
ccAACGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGcc > 1:4803859/1‑150 (MQ=255)
aaCGATAGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCAg < 2:1800052/150‑1 (MQ=255)
cGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCAGAt < 1:4014038/150‑1 (MQ=255)
gATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCAGAtt > 2:3785897/1‑150 (MQ=255)
gATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCAGAtt > 2:1738225/1‑150 (MQ=255)
|
GTTGCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCAGATTGCA > CP009273/197873‑198171
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
