Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
167,932 |
G→T |
13.8% |
A291S (GCC→TCC) |
fhuD → |
iron‑hydroxamate transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 167,932 | 0 | G | T | 13.8%
| 948.6
/ 77.8
| 303 | A291S (GCC→TCC) | fhuD | iron‑hydroxamate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (117/143); new base T (20/22); total (138/165) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.68e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
ACAACAGCAAAGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTGCCTGGTCGCCGG > CP009273/167783‑168081
|
aacaGCAAAGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGcc > 1:4758224/1‑150 (MQ=255)
aGCAAAGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATc > 2:3863183/1‑150 (MQ=255)
aGCAAAGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATc < 1:35926/150‑1 (MQ=255)
gCAAAGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACTCCATCg < 2:1694774/150‑1 (MQ=255)
cAAAGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCGGGATAACGCCATCgg > 2:5030897/1‑150 (MQ=255)
aaaGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGGTCTGGATAACGCCCTCGGa > 1:1819856/1‑150 (MQ=255)
aaaGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGGACCAGCAGTCTGGGTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAAAGCACTTTGTGCGCGGTCTGGATAACGCCATCGGa > 1:1851286/1‑150 (MQ=255)
aaGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAg > 2:1068645/1‑150 (MQ=255)
aCATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTa > 1:140574/1‑150 (MQ=255)
aCATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTa < 1:3423906/150‑1 (MQ=255)
cATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTaa < 2:4934455/150‑1 (MQ=255)
tGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAANg < 1:4286677/150‑1 (MQ=255)
ggATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGGTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACGTTGTGCGCGGTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGc > 2:53963/1‑150 (MQ=255)
gcgcTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGa < 2:4041626/150‑1 (MQ=255)
cgcTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAg < 2:3220148/150‑1 (MQ=255)
cgcTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAg < 2:1858348/150‑1 (MQ=255)
cgcTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAg < 2:4481813/150‑1 (MQ=255)
cTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACTCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTa > 2:744433/1‑150 (MQ=255)
cTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTa > 2:2726458/1‑150 (MQ=255)
aaTGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTaaa > 2:1605085/1‑150 (MQ=255)
ggCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGa > 2:3011524/1‑150 (MQ=255)
gCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGaa > 2:1990457/1‑150 (MQ=255)
aaCGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAAtt < 2:3713441/150‑1 (MQ=255)
aaCGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAAtt > 2:4088004/1‑150 (MQ=255)
aaCGCCGCTGTGGCAGGACATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTTTGGTGCGACGCTCTCGGCAATTCACTTTGTGCGCGTTCTGGATATCGCCTTCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACTAAtt < 2:2272569/150‑1 (MQ=255)
aCGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTg < 2:5009855/150‑1 (MQ=255)
cgcTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCt > 1:3381457/1‑150 (MQ=255)
cgcTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAAAGAATTGCGCt > 1:1956644/1‑150 (MQ=255)
cgcTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGCTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCt < 1:3187536/150‑1 (MQ=255)
gcTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCtt > 2:3808395/1‑150 (MQ=255)
gcTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCtt < 2:1919747/150‑1 (MQ=255)
gcTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCtt < 2:730328/150‑1 (MQ=255)
cAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCgg > 2:1637859/1‑150 (MQ=255)
ccATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGtt > 1:2179378/1‑150 (MQ=255)
ccATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGtt > 1:377224/1‑150 (MQ=255)
ccATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGtt < 2:2933868/150‑1 (MQ=255)
cATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTa < 1:2336137/150‑1 (MQ=255)
tGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTAATCGCTTACAAGAAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCAAGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTATGGATAACACCATCGGAGGTAAAGCGTGATTAAAAGAAATGATCTTTTAACGGAGTTAtt > 1:5187057/1‑150 (MQ=255)
gCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGGCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTTTTg > 1:4490300/1‑150 (MQ=255)
ccGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGc < 2:4269230/150‑1 (MQ=255)
cGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCt < 1:1713319/150‑1 (MQ=255)
cGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCt < 1:1451322/150‑1 (MQ=255)
tttGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTgg < 2:2483886/150‑1 (MQ=255)
gcCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAg > 2:5259475/1‑150 (MQ=255)
ccGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGt < 1:5008924/150‑1 (MQ=255)
cGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTg > 1:793422/1‑150 (MQ=255)
ggACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGa < 1:1315497/150‑1 (MQ=255)
gACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGAt < 1:470591/150‑1 (MQ=255)
gACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGAt < 1:261430/150‑1 (MQ=255)
gACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGAt < 1:1195150/150‑1 (MQ=255)
aCGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACTCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGAtt < 2:1203139/150‑1 (MQ=255)
aCGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGAtt < 2:4757733/150‑1 (MQ=255)
aCGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCAATTTGTGCGCGTTCTGGATAACGACATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCTCTGTTAGTGAtt > 2:3628051/1‑150 (MQ=255)
aCGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATACACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGAtt < 1:2960031/150‑1 (MQ=255)
tttCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACTCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCg < 1:3724691/150‑1 (MQ=255)
cAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACTCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTa > 1:4597264/1‑150 (MQ=255)
aCCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTc > 2:1107157/1‑150 (MQ=255)
cTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCAc < 1:508901/150‑1 (MQ=255)
cAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTg > 2:3339915/1‑150 (MQ=255)
aGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACTCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTgg > 1:1165158/1‑150 (MQ=255)
aGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTgg > 1:3206193/1‑150 (MQ=255)
tGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGa > 1:1131752/1‑150 (MQ=255)
gTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAAc < 1:403348/150‑1 (MQ=255)
tATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTtct < 1:5255374/150‑1 (MQ=255)
tGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACTCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCg < 1:3247875/150‑1 (MQ=255)
gACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGgcg > 2:1590717/1‑150 (MQ=255)
cGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCt < 2:5066597/150‑1 (MQ=255)
cGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCt < 1:4045843/150‑1 (MQ=255)
gCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTg < 1:4169692/150‑1 (MQ=255)
ctctCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGc > 2:2819740/1‑150 (MQ=255)
tctcGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGcc > 2:418185/1‑150 (MQ=255)
ggCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACTCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGt > 1:2855344/1‑150 (MQ=255)
ggCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACTCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGt > 1:4383517/1‑150 (MQ=255)
ggCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGt > 2:3297055/1‑150 (MQ=255)
ggCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGt < 1:3518111/150‑1 (MQ=255)
cAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAg < 2:2654076/150‑1 (MQ=255)
aaTGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACTCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGc > 1:248422/1‑150 (MQ=255)
aaTGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGc > 2:3053981/1‑150 (MQ=255)
aaTGCACTTTGTGCGAGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGc > 2:851571/1‑150 (MQ=255)
aTGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGcc < 2:1407110/150‑1 (MQ=255)
cACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGt < 1:239104/150‑1 (MQ=255)
aCTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTg > 1:3898731/1‑150 (MQ=255)
cTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTgg < 1:2683318/150‑1 (MQ=255)
cTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTgg < 1:4791617/150‑1 (MQ=255)
tgCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCa > 2:2039910/1‑150 (MQ=255)
cgTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCt < 1:2788014/150‑1 (MQ=255)
gTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTg < 2:712459/150‑1 (MQ=255)
gTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTg > 1:1747570/1‑150 (MQ=255)
gTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGGGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTg > 1:4094736/1‑150 (MQ=255)
tCTGGATAACTCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTGcc < 1:3105754/150‑1 (MQ=255)
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aCGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTGCCTGGTCGcc < 2:3131990/150‑1 (MQ=255)
cGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTGCCTGGTCGCCg > 1:3319368/1‑150 (MQ=255)
cGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTGCCTGGTCGCCg < 2:586891/150‑1 (MQ=255)
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ACAACAGCAAAGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTGCCTGGTCGCCGG > CP009273/167783‑168081
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
