Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,367,252 |
G→T |
26.9% |
E363* (GAA→TAA) |
ycjN → |
putative ABC superfamily sugar transporter periplasmic‑binding protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,367,252 | 0 | G | T | 26.9%
| 575.2
/ 172.1
| 267 | E363* (GAA→TAA) | ycjN | putative ABC superfamily sugar transporter periplasmic‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (91/104); new base T (37/35); total (128/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.81e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
AAGCAGCAGAAAAATTTGTCACCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGTAAAGCCGATCTC > CP009273/1367103‑1367401
|
aaGCAGCAGAAAAATTTGTCACCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTg < 1:781089/150‑1 (MQ=255)
agcagcAGAAAAATTTGTCACCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGa < 2:2693812/150‑1 (MQ=255)
agcagAAAAATTTGTCACCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACt < 1:427805/150‑1 (MQ=255)
taaaaaTTTGTCACCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGTTGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCg < 1:3127729/149‑1 (MQ=255)
aaaTTTGTCACCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAAt > 1:1944434/1‑150 (MQ=255)
aTTTGTCACCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCTGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCa < 2:213906/150‑1 (MQ=255)
aTTTGTCACCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCa > 1:2321128/1‑150 (MQ=255)
tGTCACCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCt > 1:1778115/1‑150 (MQ=255)
aCCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATc < 2:2190565/150‑1 (MQ=255)
aCCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATc > 2:332259/1‑150 (MQ=255)
cTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCgg > 2:2079831/1‑150 (MQ=255)
tttATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGt < 2:2643351/150‑1 (MQ=255)
tGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAAc < 2:4662086/150‑1 (MQ=255)
ggAGCAGGCATACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGATGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACt < 2:3079457/150‑1 (MQ=255)
ggAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATTATGTCGCCAGGTGCTGCTCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACt < 2:54621/150‑1 (MQ=255)
ggAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACt > 1:561342/1‑150 (MQ=255)
caggcagACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCa > 2:2598265/1‑150 (MQ=255)
aggcagACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCATGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCTCCACCTGGAAAGACAACGACGTTTTTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCaa < 2:1421552/150‑1 (MQ=255)
gcagACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAat < 1:4966131/150‑1 (MQ=255)
cagACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAata < 1:3295669/150‑1 (MQ=255)
agACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAatat > 1:2695480/1‑150 (MQ=255)
agACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATGAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAatat > 2:4638479/1‑150 (MQ=255)
acaacaTTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTc < 2:982833/150‑1 (MQ=255)
acaacaTTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTc < 1:5121358/150‑1 (MQ=255)
aacaTTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAg > 1:4112330/1‑150 (MQ=255)
aacaTTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAg < 1:3655151/150‑1 (MQ=255)
acaTTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAgg > 2:4172784/1‑150 (MQ=255)
caTTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGt > 2:1573257/1‑150 (MQ=255)
ttGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGttt < 1:435914/150‑1 (MQ=255)
ccGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTg < 2:3379532/150‑1 (MQ=255)
cGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTgg > 1:3095150/1‑150 (MQ=255)
gACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGgc > 1:3827393/1‑150 (MQ=255)
aCTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGgcg < 2:3961271/150‑1 (MQ=255)
cTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGgcgc > 1:5240439/1‑150 (MQ=255)
tGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCa > 2:3017685/1‑150 (MQ=255)
tggTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAg > 1:319039/2‑150 (MQ=255)
gTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTa > 2:655526/1‑150 (MQ=255)
gTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTa < 1:3494524/150‑1 (MQ=255)
tgatgaTGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAg < 1:4699555/150‑1 (MQ=255)
gatgatGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAgg > 1:4087483/1‑150 (MQ=255)
gatgatGTAGACTGGTGCTGCGCTGCCGGTGATTAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAgg < 1:1353536/150‑1 (MQ=255)
tgatgTCGCCTGGGGCTGCGCTGCCGGTGAATAATGGGGTGGTGACTACCGCCACCTGTAAATACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAgggg < 1:1919479/150‑1 (MQ=255)
tgatgTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAgggg < 2:1794398/150‑1 (MQ=255)
gatgTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGa > 2:548264/1‑150 (MQ=255)
gatgTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGa > 2:964785/1‑150 (MQ=255)
atgTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAACGCGGTGGGGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGAt < 2:5288931/150‑1 (MQ=255)
atgTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGAt > 2:1214081/1‑150 (MQ=255)
atgTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGAt < 2:4262574/150‑1 (MQ=255)
atgTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGAt < 2:2031347/150‑1 (MQ=255)
gTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATaa < 2:4830534/150‑1 (MQ=255)
tCGCCAGGTTCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGTAAAGACAACGACGTTATTTAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATaaa < 2:1966623/150‑1 (MQ=255)
cAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACt > 2:608846/1‑150 (MQ=255)
gTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTa < 2:3151506/150‑1 (MQ=255)
ctgcgctgcCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTAccc < 2:2846090/150‑1 (MQ=255)
ctgcgctgcCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTAccc > 2:4424084/1‑150 (MQ=255)
gcCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATggg < 1:89497/150‑1 (MQ=255)
cGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTg < 2:3738527/150‑1 (MQ=255)
ggTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGa > 2:2404327/1‑150 (MQ=255)
ggTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGa < 1:3953222/150‑1 (MQ=255)
gTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGAt < 1:2992220/150‑1 (MQ=255)
gAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCTGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGAtgt < 1:2972257/150‑1 (MQ=255)
tAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGAc < 2:1069822/150‑1 (MQ=255)
aaaGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATAAAGGCGCTTGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACAGCCAAATATTCAGGTTTTAGGCGCAGTAGGGGATAATAACTTTACACGCATGGGTGATGTGACg > 1:3512060/1‑150 (MQ=255)
cGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGtt < 2:3790821/150‑1 (MQ=255)
cGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGtt < 2:4465530/150‑1 (MQ=255)
gtggtgACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGTGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCt < 2:2917824/150‑1 (MQ=255)
ggtgACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTgg < 2:1832890/150‑1 (MQ=255)
gACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCgt < 2:1037387/150‑1 (MQ=255)
tACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCgtggt > 2:672278/1‑150 (MQ=255)
aCCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCgtggtg < 1:1124383/150‑1 (MQ=255)
aCCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCgtggtg > 2:2329569/1‑150 (MQ=255)
aCCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCgtggtg < 2:4041350/150‑1 (MQ=255)
ccGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGa < 1:2195242/150‑1 (MQ=255)
cACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTc > 2:2180739/1‑150 (MQ=255)
aCCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCa > 1:854664/1‑150 (MQ=255)
cTGGAAAGACTACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCTGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAAt < 2:5065510/150‑1 (MQ=255)
ttgAAATACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATg < 1:4679368/148‑1 (MQ=255)
tGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATg < 1:2210413/150‑1 (MQ=255)
ggAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATgg > 1:2400521/1‑150 (MQ=255)
ggAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATgg > 2:1324694/1‑150 (MQ=255)
gAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGt < 2:4578530/150‑1 (MQ=255)
aaaGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTg > 2:492916/1‑150 (MQ=255)
aaaGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTg < 1:4200387/150‑1 (MQ=255)
cAACGTCGTTATTAAGGCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATAGTTGAACTGCCTAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACACGCATGTGTGATGTGACGGTTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATTGTGCATaa < 2:4670290/150‑1 (MQ=255)
aaCGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAAc > 2:1160641/1‑150 (MQ=255)
acgacgTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACg < 2:5093822/150‑1 (MQ=255)
tgTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCAc > 2:4522931/2‑150 (MQ=255)
cgTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGGAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCAc > 1:1303270/1‑150 (MQ=255)
gTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCAcc < 1:995415/150‑1 (MQ=255)
ggCGCTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGTaa < 1:3738407/150‑1 (MQ=255)
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cTGGGTTAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGTAAAGcc > 2:5229571/1‑150 (MQ=255)
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tGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGTAAAGCCg > 1:2897614/1‑150 (MQ=255)
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gggTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGTAAAGCCGa < 1:4478061/150‑1 (MQ=255)
gggTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGTAAAGCCGa < 1:1164229/150‑1 (MQ=255)
ggTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGTAAAGCCGAt < 2:4792322/150‑1 (MQ=255)
gAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGTAAAGCCGAtctc > 2:4003546/1‑150 (MQ=255)
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AAGCAGCAGAAAAATTTGTCACCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGTAAAGCCGATCTC > CP009273/1367103‑1367401
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
