Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,421,685 |
T→A |
12.0% |
pseudogene (40/210 nt) |
lomR → |
pseudogene, Rac prophage lom homolog;Phage or Prophage Related; interrupted by IS5 and N‑ter deletion |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,421,685 | 0 | T | A | 12.0%
| 1001.6
/ 96.3
| 347 | pseudogene (40/210 nt) | lomR | pseudogene, Rac prophage lom homolog;Phage or Prophage Related; interrupted by IS5 and N‑ter deletion |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (163/142); new base A (18/24); total (181/166) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 355 total aligned reads displayed.
AAACAAACGGCTTTTGCTATGCGCATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCGTGTGTCGACTTTCTCCGGGGATTAT > CP009273/1421536‑1421834
|
aaacaaacGGCTTTTGCTATGCGCATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGtt < 2:3039803/150‑1 (MQ=255)
aaacaaacGGCTTTTGCTATGCGCATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGtt > 1:2833910/1‑150 (MQ=255)
aaacaaacGGCTTTTGCTATGCGCATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGtt > 2:4848099/1‑150 (MQ=255)
acaaacGGCTTTTGCTATGCGCATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTCTGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACACGTTAc > 2:678926/1‑150 (MQ=255)
caaacGGCTTTTGCTATGCGCATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACa > 2:4928582/1‑150 (MQ=255)
caaacGGCTTTTGCTATGCGCATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACa > 1:2679071/1‑150 (MQ=255)
ggCTTTTGCTATGCGCATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTAACAGCGAt < 2:3400315/150‑1 (MQ=255)
gCTTTTGCTATGCGCATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATa < 1:2102183/150‑1 (MQ=255)
ttttGCTATGCGCTTGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCTTTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATAcc < 1:4204267/150‑1 (MQ=255)
tttGCTATGCGCATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATAccc < 2:944222/150‑1 (MQ=255)
tGCTATGCGCATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGc > 2:4270612/1‑150 (MQ=255)
gCTATGCGCATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCt < 2:2716078/150‑1 (MQ=255)
gCTATGCGCATGTTGCCTGCACAAAGGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCt < 2:5190983/150‑1 (MQ=255)
cTATGCGCATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTg < 1:1872862/150‑1 (MQ=255)
tATGCGCATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTgg > 1:4796122/1‑150 (MQ=255)
cATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGaa > 2:3840959/1‑150 (MQ=255)
cATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTAACAGCGATACCCGCTGGCATGaa > 2:4008072/1‑150 (MQ=255)
aTGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTTTGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTAACAGCGATACCCGCTGGCATGAAg < 1:533332/150‑1 (MQ=255)
aTGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAg > 2:1566811/1‑150 (MQ=255)
aTGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAg > 1:4520935/1‑150 (MQ=255)
tGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGa < 1:4848099/150‑1 (MQ=255)
ttGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTAACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGAtt < 1:717661/150‑1 (MQ=255)
cTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGt < 2:2836206/150‑1 (MQ=255)
tGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTg < 1:1396301/150‑1 (MQ=255)
gCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGc < 2:3823520/150‑1 (MQ=255)
caAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTa > 2:2109261/1‑150 (MQ=255)
aaTGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGACTCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAAc < 1:4974506/150‑1 (MQ=255)
aTGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTAACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAAcc < 1:2282353/150‑1 (MQ=255)
aCGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCt < 1:3633370/150‑1 (MQ=255)
ggATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTgg > 1:3307985/1‑150 (MQ=255)
gATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGt > 1:1140469/1‑150 (MQ=255)
gATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGt > 1:2977121/1‑150 (MQ=255)
atatTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGtt > 1:4901521/1‑150 (MQ=255)
atatTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGtt > 2:3676929/1‑150 (MQ=255)
cttgttgttgGGTTGTCCACTGGACAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCTGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCa < 1:2014482/149‑1 (MQ=255)
atTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCa > 1:4478797/1‑150 (MQ=255)
atTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCa > 1:1943497/1‑150 (MQ=255)
ttgttgttgGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAg < 2:2822282/150‑1 (MQ=255)
ttgttgGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGt < 2:4174319/150‑1 (MQ=255)
tgGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGAtg > 1:995790/1‑150 (MQ=255)
tgGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGAtg < 2:2294054/150‑1 (MQ=255)
tgGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGAtg < 2:1107217/150‑1 (MQ=255)
ggTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGAtggt < 1:1309507/150‑1 (MQ=255)
ccACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGcc < 2:3175987/150‑1 (MQ=255)
acACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTTATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCATGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTggggac < 2:1158293/149‑3 (MQ=255)
cTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTAACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTc > 1:587671/1‑150 (MQ=255)
tGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCt < 1:3374795/150‑1 (MQ=255)
ggTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCtg < 1:17232/150‑1 (MQ=255)
cGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGt > 1:5055074/1‑150 (MQ=255)
cGCCATTTATGGTGGTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGt < 2:5001917/150‑1 (MQ=255)
cATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGtgaa > 2:1751852/1‑150 (MQ=255)
aTTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGtgaat < 2:813408/150‑1 (MQ=255)
aTTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGtgaat < 2:3563282/150‑1 (MQ=255)
aTTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGtgaat > 2:2167542/1‑150 (MQ=255)
ttATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGtgaatga < 1:962889/150‑1 (MQ=255)
ggTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTAACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATgg < 2:5296126/150‑1 (MQ=255)
ttttAATGCAGCAGGGAGGACATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATAGCCAGCTTACCCTTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGtt < 2:1801406/148‑1 (MQ=255)
gtTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGACTGGTTc > 2:2608811/1‑150 (MQ=255)
tAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAg < 1:214873/150‑1 (MQ=255)
tAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAg > 2:4685583/1‑150 (MQ=255)
tAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAg < 2:1063446/150‑1 (MQ=255)
aTGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAgcg > 1:2850813/1‑150 (MQ=255)
gcagcaGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTAACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGcgcg < 1:1001083/150‑1 (MQ=255)
gcagGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGACTCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTAt < 1:1569792/150‑1 (MQ=255)
gcagGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTAt < 2:1324821/150‑1 (MQ=255)
cagGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATg > 2:2410901/1‑150 (MQ=255)
cagGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATg > 1:514583/1‑150 (MQ=255)
agGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGc > 1:3796994/1‑150 (MQ=255)
agGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATACCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGc > 1:2551899/1‑150 (MQ=255)
agGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTAACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGc < 2:1949555/150‑1 (MQ=255)
gcCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGc < 1:928046/150‑1 (MQ=255)
ccATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCg > 2:1885143/1‑150 (MQ=255)
cATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCgg > 1:2252681/1‑150 (MQ=255)
aTTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg > 2:4036476/1‑150 (MQ=255)
aGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATg < 2:1040916/150‑1 (MQ=255)
gCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGAGACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATgg < 2:2996823/150‑1 (MQ=255)
gCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTAACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATgg < 2:714145/150‑1 (MQ=255)
cTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGc > 2:5106769/1‑150 (MQ=255)
tATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCt > 2:4531892/1‑150 (MQ=255)
tATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCt < 1:2698753/150‑1 (MQ=255)
tGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTa > 1:4052757/1‑150 (MQ=255)
cAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACa > 1:2456182/1‑150 (MQ=255)
aGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAg < 1:603078/150‑1 (MQ=255)
cAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCgtgt > 1:2410830/1‑150 (MQ=255)
aaGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCgtgtg > 1:1132062/1‑150 (MQ=255)
aGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCgtgtgt < 2:760273/150‑1 (MQ=255)
aGAATCGCCAGCTTACCCGTAACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCgtgtgt > 1:1059227/1‑150 (MQ=255)
gAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGAGACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCGTGTGTc < 2:4315591/150‑1 (MQ=255)
tCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGAGTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCGTGTGTCGAc < 1:3051746/150‑1 (MQ=255)
cGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCGTGTGTCGACt < 1:626760/150‑1 (MQ=255)
aGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCGTGTGTCGACTTtct < 2:4478775/150‑1 (MQ=255)
aGCTTACCCGTAACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCGTGTGTCGACTTtct < 2:3979486/150‑1 (MQ=255)
cTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCGTGTGTCGACTTTCTcc < 1:785429/150‑1 (MQ=255)
cTTACCCGTAACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCGTGTGTCGACTTTCTcc > 1:5275475/1‑150 (MQ=255)
ttACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCGTGTGTCGACTTTCTCCg > 2:334668/1‑150 (MQ=255)
ttACCCGTAACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCGTGTGTCGACTTTCTCCg > 2:1023133/1‑150 (MQ=255)
cGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCGTGTGTCGACTTTCTCCGGGGAt < 1:776208/150‑1 (MQ=255)
gTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCGTGTGTCGACTTTCTCCGGGGAtt < 1:4721482/150‑1 (MQ=255)
gTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCGTGTGTCGACTTTCTCCGGGGAtt > 2:2940406/1‑150 (MQ=255)
tACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCGTGTGTCGACTTTCTCCGGGGATTAt > 1:4669788/1‑150 (MQ=255)
|
AAACAAACGGCTTTTGCTATGCGCATGTTGCCTGCACAAATGACGGATATTGTTGTTGGGTTGTCCACTGGTCAGTCGCCATTTATGGTGTTAATGCAGCAGGGCGGCCATTCAGCTATGCAGGAGACAAGAATCGCCAGCTTACCCGTTACAGCGATACCCGCTGGCATGAAGATTCCGTGCGTAACCGCTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGGTATGGCTTACAGCCGTGTGTCGACTTTCTCCGGGGATTAT > CP009273/1421536‑1421834
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
