Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,572,026 |
A→T |
30.5% |
L525* (TTA→TAA) |
yddA ← |
putative multidrug transporter subunit of ABC superfamily, membrane component/ATP‑binding component |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,572,026 | 0 | A | T | 30.5%
| 439.6
/ 265.1
| 304 | L525* (TTA→TAA) | yddA | putative multidrug transporter subunit of ABC superfamily, membrane component/ATP‑binding component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (97/114); new base T (49/44); total (146/158) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
TTATTTATATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGAATACGC > CP009273/1571877‑1572175
|
tataTCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCgg < 1:2610593/150‑1 (MQ=255)
tatCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGAt < 2:1591300/150‑1 (MQ=255)
tatCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGAt < 1:313205/150‑1 (MQ=255)
tctcCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAg < 2:1463857/150‑1 (MQ=255)
tctcCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAg > 1:2422221/1‑150 (MQ=255)
tcCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGATAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGcc < 1:1662084/150‑1 (MQ=255)
gTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCctct > 2:60537/1‑150 (MQ=255)
gTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCctct > 1:5010725/1‑150 (MQ=255)
gTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCAAGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCctct > 1:4273245/1‑150 (MQ=255)
tACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCtt > 1:331768/1‑150 (MQ=255)
gcagGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTc > 1:1011574/1‑150 (MQ=255)
ggCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCa < 2:26096/150‑1 (MQ=255)
ggCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCa < 2:3648446/150‑1 (MQ=255)
ggCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGATAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCa < 1:468683/150‑1 (MQ=255)
gCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCaa > 1:3773898/1‑150 (MQ=255)
cTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAg > 2:49031/1‑150 (MQ=255)
cTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAg > 2:531274/1‑150 (MQ=255)
cTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAg > 1:3005778/1‑150 (MQ=255)
ttATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATg > 1:1316288/1‑150 (MQ=255)
tATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATga > 1:4432484/1‑150 (MQ=255)
aTTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATgag < 2:2759895/150‑1 (MQ=255)
tGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGagag < 2:2724180/150‑1 (MQ=255)
tGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGagag < 2:2328986/150‑1 (MQ=255)
tttttATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGt < 2:3603650/150‑1 (MQ=255)
tttATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAg < 2:4426403/150‑1 (MQ=255)
tttATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAg < 1:4887910/150‑1 (MQ=255)
aaaaCCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCTGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCg > 2:880577/1‑150 (MQ=255)
aaaCCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGt > 1:289578/1‑150 (MQ=255)
ccGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCaa < 2:5034532/150‑1 (MQ=255)
cgcgCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAg < 1:1461911/150‑1 (MQ=255)
gcTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGaaa > 1:297637/1‑150 (MQ=255)
gcTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGaaa > 2:4083123/1‑150 (MQ=255)
gcTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGaaa > 2:3962097/1‑150 (MQ=255)
aaTGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAatat < 2:4327256/150‑1 (MQ=255)
aaTGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAatat < 2:5085385/150‑1 (MQ=255)
tGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATcc < 2:1918809/150‑1 (MQ=255)
acaAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCAttt > 2:3168090/1‑150 (MQ=255)
acaAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCGTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCAttt > 1:340175/1‑150 (MQ=255)
caAATATCCTCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTc < 1:4544906/150‑1 (MQ=255)
caAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTc < 2:1370105/150‑1 (MQ=255)
aaaTATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCg > 1:2233102/1‑150 (MQ=255)
atatCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGa > 2:2068469/1‑150 (MQ=255)
atatCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGa > 2:2140504/1‑150 (MQ=255)
atcatcGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGAcg > 2:516937/1‑150 (MQ=255)
atcGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGAcgtcg > 1:181354/1‑150 (MQ=255)
atcGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGAcgtcg > 2:705552/1‑150 (MQ=255)
ggCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTaa > 2:3019715/1‑150 (MQ=255)
aGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAAtt < 1:2938194/150‑1 (MQ=255)
ttCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAAt < 2:3744605/150‑1 (MQ=255)
cAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGt < 2:2922022/150‑1 (MQ=255)
acacCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGcc > 1:3369628/1‑150 (MQ=255)
acacCGGGTTGATGTGTAACCATAAAGACGCCTCATGTGGGTAGTTTTTCACGCACAAAACGCAGAAAGCGGATATCCTCATGATCCTCAAGAAGAGATGTATTATCTACAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAAACGTgac > 1:430512/1‑148 (MQ=255)
acCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAg > 2:392242/1‑150 (MQ=255)
ccGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGATTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAgg < 2:523884/150‑1 (MQ=255)
cGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAggg > 1:1379865/1‑150 (MQ=255)
cGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAggg > 2:1286365/1‑150 (MQ=255)
cGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAggg > 1:744428/1‑150 (MQ=255)
gggTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGc > 1:3695535/1‑150 (MQ=255)
ggTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCg > 2:4263795/1‑150 (MQ=255)
ggTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCg > 1:3055320/1‑150 (MQ=255)
ggTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCg > 1:3971814/1‑150 (MQ=255)
tGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATa < 1:3620227/150‑1 (MQ=255)
gATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATAc < 1:4875959/150‑1 (MQ=255)
gtgtAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACgtt > 1:1889462/1‑150 (MQ=255)
gtgtAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACgtt < 2:4209506/150‑1 (MQ=255)
gtgtAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACgtt < 2:4985525/150‑1 (MQ=255)
tgtAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACgttg < 1:1751368/150‑1 (MQ=255)
tAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACgttgtt < 1:948937/150‑1 (MQ=255)
aaCCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGAGAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGttt < 1:2403430/150‑1 (MQ=255)
aaCCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGttt < 2:2365607/150‑1 (MQ=255)
aaCCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGttt > 1:3287741/1‑150 (MQ=255)
aaCCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGttt < 2:4663580/150‑1 (MQ=255)
aaCCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGttt < 2:4771604/150‑1 (MQ=255)
aCCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGtttt > 2:3483787/1‑150 (MQ=255)
ccATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGttttt < 1:2554598/150‑1 (MQ=255)
cATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTc > 2:1206589/1‑150 (MQ=255)
cATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTc > 2:1639790/1‑150 (MQ=255)
cATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTc < 1:5205508/150‑1 (MQ=255)
aTAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTcg < 2:1059521/150‑1 (MQ=255)
aTAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTcg < 1:4350936/150‑1 (MQ=255)
cgccgcTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTATCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTgg > 1:121567/1‑150 (MQ=255)
gccgcTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGa > 2:294435/1‑150 (MQ=255)
cTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGa > 1:55170/1‑150 (MQ=255)
ttGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGaa < 2:6437/150‑1 (MQ=255)
ttGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGaa < 1:2341420/150‑1 (MQ=255)
tgtgGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAat < 2:2306155/150‑1 (MQ=255)
tgGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAatat < 2:2511057/150‑1 (MQ=255)
ggTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATAtct < 2:632027/150‑1 (MQ=255)
aGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTccc > 1:1955546/1‑150 (MQ=255)
aCGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATc < 1:3924844/150‑1 (MQ=255)
cACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCTTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTg < 1:4109749/150‑1 (MQ=255)
cACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTg > 2:3427911/1‑150 (MQ=255)
cTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGt > 2:1703591/1‑150 (MQ=255)
tAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTc > 1:2109480/1‑150 (MQ=255)
cGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGa < 1:4165926/150‑1 (MQ=255)
gCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGaa < 1:4963972/150‑1 (MQ=255)
cAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGAAt < 1:4758018/150‑1 (MQ=255)
cAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGAAt < 2:4601637/150‑1 (MQ=255)
aGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGAATa > 2:4735383/1‑150 (MQ=255)
gTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGAATAc < 2:3821200/150‑1 (MQ=255)
|
TTATTTATATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGAATACGC > CP009273/1571877‑1572175
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
