Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,572,026 |
A→T |
18.8% |
L525* (TTA→TAA) |
yddA ← |
putative multidrug transporter subunit of ABC superfamily, membrane component/ATP‑binding component |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,572,026 | 0 | A | T | 18.8%
| 518.6
/ 106.9
| 212 | L525* (TTA→TAA) | yddA | putative multidrug transporter subunit of ABC superfamily, membrane component/ATP‑binding component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (76/96); new base T (17/23); total (93/119) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.62e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TATTTATATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGAATACG > CP009273/1571878‑1572174
|
tatttatATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTa < 2:2771380/149‑1 (MQ=255)
atttatATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTaa > 2:3591389/1‑149 (MQ=255)
atttatATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTaa < 2:3555745/149‑1 (MQ=255)
tttatATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAg < 2:3075018/149‑1 (MQ=255)
tttatATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAg < 2:3793379/149‑1 (MQ=255)
atCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAATTATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGAt < 2:456459/149‑1 (MQ=255)
atCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGAt < 2:1845642/149‑1 (MQ=255)
atCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGAt < 1:937505/149‑1 (MQ=255)
tctcCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATa < 1:2934203/149‑1 (MQ=255)
tctcCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGATAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATa < 1:876419/149‑1 (MQ=255)
gTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCctc > 1:600168/1‑149 (MQ=255)
gTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCctc < 2:649779/149‑1 (MQ=255)
tACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACTCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCctct > 2:16747/1‑149 (MQ=255)
cagcagGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTg > 2:3202971/1‑149 (MQ=255)
cagcagGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTg > 2:1148814/1‑149 (MQ=255)
cagcagGGATTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTg < 1:748324/149‑1 (MQ=255)
gggCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCt > 1:2377205/1‑149 (MQ=255)
ggCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTc < 1:3306913/149‑1 (MQ=255)
ggCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTc < 2:1994210/149‑1 (MQ=255)
ttttATTGTTTTTATAAAACCGTGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAg > 2:2324710/1‑149 (MQ=255)
ttttATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAg > 1:2603186/1‑149 (MQ=255)
ttATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGAt > 2:124042/1‑149 (MQ=255)
aTTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATCTCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATga < 2:2859059/149‑1 (MQ=255)
ttGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATgag > 2:1179009/1‑149 (MQ=255)
ttGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATgag > 2:2330324/1‑149 (MQ=255)
tGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACACATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATgaga < 2:3982555/149‑1 (MQ=255)
tGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATgaga < 2:685346/149‑1 (MQ=255)
gTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGagag < 2:3770096/149‑1 (MQ=255)
tttttATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAgg < 2:3927957/149‑1 (MQ=255)
ttttATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGt < 1:2246180/149‑1 (MQ=255)
ttttATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGt < 1:468961/149‑1 (MQ=255)
tttATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTa < 1:3354978/149‑1 (MQ=255)
tataAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGt < 1:3339998/149‑1 (MQ=255)
tataAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGt > 2:314219/1‑149 (MQ=255)
cgcgCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCaa < 2:3706454/149‑1 (MQ=255)
cgcgCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCaa < 2:4019517/149‑1 (MQ=255)
gcgcTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGAGGAGAGGTAGTTTCGTCAAg > 1:554620/1‑149 (MQ=255)
gcTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGaa > 1:1288715/1‑149 (MQ=255)
gcTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGaa > 2:355145/1‑149 (MQ=255)
atAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGaaa < 1:2156730/148‑1 (MQ=255)
tAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCAAGACACCGGTTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAat < 2:2800604/149‑1 (MQ=255)
tCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCa > 1:1519990/1‑149 (MQ=255)
acaAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCAtt < 1:3778616/149‑1 (MQ=255)
caAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCAttt > 1:3438930/1‑149 (MQ=255)
aaaTATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTc < 1:285061/149‑1 (MQ=255)
aaTATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCg > 1:2662577/1‑149 (MQ=255)
atatCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCgg > 1:738383/1‑149 (MQ=255)
tatCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGa < 1:2233070/149‑1 (MQ=255)
tcatcGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGAcg > 1:2215788/1‑149 (MQ=255)
catcGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGAcgt > 1:3898230/1‑149 (MQ=255)
ggCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAATAAATATCCATTTCGGACGTCGTa > 1:1095267/1‑149 (MQ=255)
ggCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTa > 2:2168206/1‑149 (MQ=255)
gCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTaa > 1:1592656/1‑149 (MQ=255)
cAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTaaaa < 1:179537/149‑1 (MQ=255)
ggTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAAtt > 1:2016139/1‑149 (MQ=255)
ggTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAAtt > 1:2148654/1‑149 (MQ=255)
ggTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAAtt < 2:2719520/149‑1 (MQ=255)
ccAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATc < 1:2262171/149‑1 (MQ=255)
aGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGt < 2:3289663/149‑1 (MQ=255)
aGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGt > 2:2069162/1‑149 (MQ=255)
acacCGGGTTGATGTGTAACCATCATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGc < 2:2147471/149‑1 (MQ=255)
acacCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGc < 1:3539724/149‑1 (MQ=255)
cacCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGcc < 2:789340/149‑1 (MQ=255)
cacCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGcc < 1:1067028/149‑1 (MQ=255)
ccGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAg < 2:930930/149‑1 (MQ=255)
gggTTGATGTGAAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATACCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAAAATCCATTTCGGACCTCGTAAAATTAATCGTGcaatgg > 1:1202662/1‑144 (MQ=255)
ggTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGc > 1:3588361/1‑149 (MQ=255)
ggTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGc < 2:2891184/149‑1 (MQ=255)
tgtgTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACg > 1:2592915/1‑149 (MQ=255)
tAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACgttgt < 1:3724789/149‑1 (MQ=255)
tAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACgttgt < 1:227854/149‑1 (MQ=255)
tAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACgttgt > 1:341751/1‑149 (MQ=255)
cATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCTGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGttttt < 1:2955198/149‑1 (MQ=255)
cATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGttttt < 2:2498749/149‑1 (MQ=255)
aTAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTc < 2:481776/149‑1 (MQ=255)
aTGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTcgcc > 2:1126304/1‑149 (MQ=255)
cgcctcTTGTTGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTg < 2:2402012/149‑1 (MQ=255)
ccgcTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGa < 1:988263/149‑1 (MQ=255)
ccgcTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGa < 1:985932/149‑1 (MQ=255)
ccgcTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGa < 1:3044666/149‑1 (MQ=255)
ttGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAg > 2:2203220/1‑148 (MQ=255)
ttGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAg < 1:2203220/148‑1 (MQ=255)
ttGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAg > 2:126194/1‑148 (MQ=255)
ggTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATAtc < 1:3902575/149‑1 (MQ=255)
aGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTcc < 1:2903283/149‑1 (MQ=255)
tttttCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTcccc > 2:174732/1‑149 (MQ=255)
tttCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAg > 2:2540378/1‑149 (MQ=255)
aCGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGAt > 2:3441749/1‑149 (MQ=255)
aCGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGAt < 1:2329670/149‑1 (MQ=255)
aCGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGAt < 1:2785106/149‑1 (MQ=255)
aCGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGAt < 1:2888943/149‑1 (MQ=255)
cGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATc > 2:1970543/1‑149 (MQ=255)
gCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCg > 2:1459505/1‑149 (MQ=255)
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aCGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCAt < 2:2265333/149‑1 (MQ=255)
aCGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCAt < 1:16747/149‑1 (MQ=255)
aGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGAAt < 2:1519990/149‑1 (MQ=255)
gTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGAATa < 2:4086310/149‑1 (MQ=255)
aaGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGAATAcg < 2:1906338/149‑1 (MQ=255)
aaGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGAATAcg > 2:3149638/1‑149 (MQ=255)
|
TATTTATATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGAATACG > CP009273/1571878‑1572174
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
