Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,916,375 |
G→T |
20.0% |
intergenic (+102/‑3) |
yebV → / → yebW |
uncharacterized protein/uncharacterized protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,916,375 | 0 | G | T | 20.0%
| 834.4
/ 135.6
| 313 | intergenic (+102/‑3) | yebV/yebW | uncharacterized protein/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (127/123); new base T (33/30); total (160/153) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.88e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
ACCCGTTACGATCAACAATCTGATGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGTTTTCCGATTGAGGATTTT > CP009273/1916226‑1916524
|
ccGTTACGATCAACAATCTGATGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGaa < 2:2438665/150‑1 (MQ=255)
cGTTACGATCAACAATCTGATGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGaaa > 1:2186409/1‑150 (MQ=255)
ttACGATCAACCATCTGCTGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAACAAGAACCCGTCGGCATGGCGTGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCAGTTGTAAAATCTCTCCTCAACATAACGGTACGGCAACACACTTCGGGGATGAAATg < 2:4338938/150‑1 (MQ=255)
aCGATCAACAATCTGATGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGtt > 2:1665216/1‑150 (MQ=255)
aCGATCAACAATCTGATGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTGATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGCTGAAATGtt > 2:3555518/1‑150 (MQ=255)
gATCAACAATCTGATGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATTAAATGTTcg < 1:4917877/150‑1 (MQ=255)
gATCAACAATCTGATGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTcg > 2:1880650/1‑150 (MQ=255)
acaaTCTGATGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTg < 1:3003365/150‑1 (MQ=255)
cTGATGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATTAAATGTTCGCGCTGGTACt > 1:1879004/1‑150 (MQ=255)
gATGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATTAAATGTTCGCGCTGGTACttt > 2:3142884/1‑150 (MQ=255)
aTGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACtttt > 1:1374035/1‑150 (MQ=255)
aTGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACtttt > 2:3087488/1‑150 (MQ=255)
aTGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACtttt < 2:728340/150‑1 (MQ=255)
aTGCCTGGATGATGCGTCTTGCCTGATCCAAACAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACtttt < 2:4159061/150‑1 (MQ=255)
tGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTtttgttt > 2:4637162/1‑150 (MQ=255)
ggATTATGCGTCTTGCCTGATCC‑AAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGc > 1:2326137/1‑150 (MQ=255)
tGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCt < 1:769271/150‑1 (MQ=255)
cGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTgg > 1:630042/1‑150 (MQ=255)
cGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTgg > 2:2015610/1‑150 (MQ=255)
gTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCAGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTCCTTTTTGTTTGCTACCTGGa > 1:806711/1‑150 (MQ=255)
tCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGAt < 1:4802252/150‑1 (MQ=255)
ttGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTGTTGTTTGCTACCTGGATgg > 1:5300571/1‑150 (MQ=255)
tGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGc > 1:4725067/1‑150 (MQ=255)
tGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTCGTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTACCCTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGtt < 2:4422036/150‑1 (MQ=255)
aTCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATTAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTtgt > 2:3025975/1‑150 (MQ=255)
ccAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGa < 1:4079382/150‑1 (MQ=255)
aaaaaGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATTAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAg > 1:4535472/1‑150 (MQ=255)
aaaaGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGa > 2:2063592/1‑150 (MQ=255)
aGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGatat > 2:1723256/1‑150 (MQ=255)
gAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATAtt > 1:1720009/1‑150 (MQ=255)
aaCCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATAttg > 2:539897/1‑150 (MQ=255)
cccGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATAttgtt < 2:2545337/150‑1 (MQ=255)
cccGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATAttgtt > 1:2596250/1‑150 (MQ=255)
cGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATtgttgt > 2:4715345/1‑150 (MQ=255)
gTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTtgtg < 1:3866875/150‑1 (MQ=255)
ggCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATTAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGAt < 2:3735111/150‑1 (MQ=255)
ggCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATTAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGAt < 1:1836794/150‑1 (MQ=255)
ggCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGAt > 1:4200797/1‑150 (MQ=255)
ggCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGAt < 1:3199276/150‑1 (MQ=255)
cATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGt > 2:3802567/1‑150 (MQ=255)
aTGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTc > 2:3756744/1‑150 (MQ=255)
ggCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCGGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTa < 2:5134681/150‑1 (MQ=255)
gCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAACCTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTac < 1:330834/150‑1 (MQ=255)
gCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTac > 2:4256440/1‑150 (MQ=255)
gggTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTacaa > 2:4892396/1‑150 (MQ=255)
ggTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTacaac > 1:1280698/1‑150 (MQ=255)
ttATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAacac < 2:3708500/150‑1 (MQ=255)
aTTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACgg < 1:551333/150‑1 (MQ=255)
tttGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGa < 2:2179377/150‑1 (MQ=255)
gTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATTAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAAca < 2:633062/150‑1 (MQ=255)
gTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATTAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAAca < 2:826330/150‑1 (MQ=255)
gTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAAca > 2:3435916/1‑150 (MQ=255)
gTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAAca < 2:1848481/150‑1 (MQ=255)
cTGGTTATACCCCCGTTGTAAAATCTCTCATAAACTTAACGGTACGGCACAACACTACGGGGATTAAATGTTATCTCTGGTACTTTTTGTTTGCTAACTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAAcagca > 1:2313666/1‑150 (MQ=255)
ggTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAgt < 2:1414869/150‑1 (MQ=255)
ggTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAgt > 1:3688464/1‑150 (MQ=255)
gTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAgtg > 2:3941667/1‑150 (MQ=255)
tATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATTAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTc > 1:2689181/1‑150 (MQ=255)
aTTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCt < 2:3190234/150‑1 (MQ=255)
aTTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCt > 2:93556/1‑150 (MQ=255)
ttCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCtt < 1:1750645/150‑1 (MQ=255)
ccccGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATTAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTAt < 2:2844268/150‑1 (MQ=255)
cGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCt > 1:3932231/1‑150 (MQ=255)
gTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTa < 1:5255612/150‑1 (MQ=255)
ttGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTAt < 1:226417/150‑1 (MQ=255)
tGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATg > 1:1024364/1‑150 (MQ=255)
tGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATg < 2:2352922/150‑1 (MQ=255)
tGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATg < 1:3468635/150‑1 (MQ=255)
gTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGa > 2:354239/1‑150 (MQ=255)
gTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGa > 1:4575217/1‑150 (MQ=255)
aaaaTCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGc > 2:4296983/1‑150 (MQ=255)
aaaaTCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGc > 1:11143/1‑150 (MQ=255)
aaaaTCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGc < 2:1516614/150‑1 (MQ=255)
aaTCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGa > 1:2076141/1‑150 (MQ=255)
aaTCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGa < 1:3536230/150‑1 (MQ=255)
aaTCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGa > 1:4509396/1‑150 (MQ=255)
aaTCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTGTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGa > 2:1079388/1‑150 (MQ=255)
aTCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGAt < 1:1392932/150‑1 (MQ=255)
tctctcCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATc < 2:4013213/150‑1 (MQ=255)
ctctcCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCa > 2:3368558/1‑150 (MQ=255)
ctctcCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCa < 2:4785610/150‑1 (MQ=255)
tctcCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCaa < 1:5224633/150‑1 (MQ=255)
tcCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATTAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACg < 1:1436604/150‑1 (MQ=255)
aaCTTAACGGTACGCCACCACACTTCTGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCTTTTGTTAATATATTGTTGTGTATTTCTACAACACGGAACAGCAGTGTATTTATTCTATGAGCGATCAACGGATcc < 1:4098459/150‑1 (MQ=255)
aCGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAgg < 2:2281966/150‑1 (MQ=255)
ggTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGc > 1:5129571/1‑150 (MQ=255)
ggTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGAGGATGTCTACAAAACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGc > 2:1003542/1‑150 (MQ=255)
cGGCACCACACTTCGGGGATTAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGgtt > 2:3173219/1‑150 (MQ=255)
ggCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGgttg > 1:4267554/1‑150 (MQ=255)
caccacACTTCGGGGATTAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGgttgtt > 2:1895447/1‑150 (MQ=255)
accacACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGttt > 1:2779023/1‑150 (MQ=255)
cacaCTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGTTTTc > 2:579249/1‑150 (MQ=255)
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cTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGTTTTCCGAt > 2:1920449/1‑150 (MQ=255)
ttCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGTTTTCCGAtt < 1:1185051/150‑1 (MQ=255)
ggggATTAAATGTTCGCGCAGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTTTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGAGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGTTTTACGATTTAg > 1:2653618/1‑150 (MQ=255)
aTGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGTTTTCCGATTGAGGaaa > 2:1219879/1‑148 (MQ=255)
aTGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGTTTTCCGATTGAGGAtt < 2:1119320/150‑1 (MQ=255)
tGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGTTTTCCGATTGAGGAttt < 1:358454/150‑1 (MQ=255)
tGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGTTTTCCGATTGAGGAttt < 2:356674/150‑1 (MQ=255)
|
ACCCGTTACGATCAACAATCTGATGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGTTTTCCGATTGAGGATTTT > CP009273/1916226‑1916524
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
