Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,751,360 |
C→T |
18.1% |
intergenic (‑173/+17) |
yiaY ← / ← selB |
putative Fe‑containing alcohol dehydrogenase, Pfam00465 family/selenocysteinyl‑tRNA‑specific translation factor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,751,360 | 0 | C | T | 18.1%
| 1384.6
/ 252.6
| 545 | intergenic (‑173/+17) | yiaY/selB | putative Fe‑containing alcohol dehydrogenase, Pfam00465 family/selenocysteinyl‑tRNA‑specific translation factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (252/191); new base T (53/45); total (309/236) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.53e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.82e-01 |
Only 100 of 549 total aligned reads displayed.
AAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTCCAGAATCTGAATTGCCAGCTTTCGGCCTACGCCTAAGCGATCGCGGAAA > CP009273/3751211‑3751509
|
caGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAAc < 1:4093940/149‑1 (MQ=255)
gcgggcAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACttaa < 1:5210173/150‑1 (MQ=255)
cgggcAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACttaat < 2:1380077/150‑1 (MQ=255)
cgggcAGCTTACTGAGGAATTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACttaat < 2:3700703/150‑1 (MQ=255)
gggcAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAATttaatt < 1:3574085/150‑1 (MQ=255)
gggcAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACttaatt > 2:2597142/1‑150 (MQ=255)
gggcAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACttaatt < 2:1657368/150‑1 (MQ=255)
aGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATc > 2:1268691/1‑150 (MQ=255)
ttACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGATTTTTTTAAATTAATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAAATTAATTAATAAtt > 1:237101/1‑150 (MQ=255)
aCTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTc < 2:3648095/150‑1 (MQ=255)
tGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAATTTAATTAATCATTTCCt < 2:3144544/150‑1 (MQ=255)
gAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAATTTAATTAATCATTTCCtt > 1:1012383/1‑150 (MQ=255)
gAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCtt < 1:3925903/150‑1 (MQ=255)
ggATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTAt < 1:2049455/150‑1 (MQ=255)
gATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTAtt > 2:4418345/1‑150 (MQ=255)
gATTTTAATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTAATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTATAACTTAATTAATCATTTCCTTAtt < 1:4734815/150‑1 (MQ=255)
aTTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAATTTAATTAATCATTTCCTTAttt < 1:2251389/150‑1 (MQ=255)
aTTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTAttt > 1:509903/1‑150 (MQ=255)
aTTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATAAATCTAATAAAAAGCACATTTTATTAATTAAACAATGTGCTATTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAAATTAATTAATCATTAACTTAttt > 2:3232406/1‑150 (MQ=255)
ttttCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTAtttt < 2:3800629/150‑1 (MQ=255)
cATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCg > 2:2963240/1‑150 (MQ=255)
atccGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCgg > 2:386805/4‑150 (MQ=255)
tCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGTTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAATTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGaa < 1:4220321/150‑1 (MQ=255)
tCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGaa < 2:3740304/150‑1 (MQ=255)
cGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAATTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGaaa > 1:3446801/1‑150 (MQ=255)
gAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAaat < 2:5318070/150‑1 (MQ=255)
aaaTATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAaataa > 2:5046714/1‑150 (MQ=255)
aaTATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAaataat < 1:841965/150‑1 (MQ=255)
atatGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAaataata < 1:3291337/150‑1 (MQ=255)
atatGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAaataata < 2:859228/150‑1 (MQ=255)
tCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATATTGCGt > 2:4323484/1‑150 (MQ=255)
tCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGt > 1:4970503/1‑150 (MQ=255)
gTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAATTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTcgc > 2:3299887/1‑150 (MQ=255)
gTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTcgc < 2:517031/150‑1 (MQ=255)
gTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTcgc < 2:2118313/150‑1 (MQ=255)
attattGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCgcgc > 2:1481182/1‑150 (MQ=255)
attGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAATTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAAt > 1:1110159/1‑150 (MQ=255)
aTTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAATTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAAt > 1:1589912/1‑150 (MQ=255)
tATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAATTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGa > 2:1139624/1‑150 (MQ=255)
tATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGa < 2:4226553/150‑1 (MQ=255)
tATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGa > 1:5289324/1‑150 (MQ=255)
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aaaaTTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAATTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCAt > 2:4838541/1‑150 (MQ=255)
aaaaTTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCAt < 2:762738/150‑1 (MQ=255)
aaaaTTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTGTCCGGTAATAATTATGCGTCGCGCAATAAATGATCAt > 2:3056978/1‑150 (MQ=255)
aTTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTc < 2:1213501/150‑1 (MQ=255)
aaTCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCac > 1:4891160/1‑150 (MQ=255)
aTCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCacg < 2:3567402/150‑1 (MQ=255)
tCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCacga > 1:2416444/1‑150 (MQ=255)
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ataaAAAGCTCATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCacgacgac > 2:4486375/1‑150 (MQ=255)
ataaAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCacgacgac > 1:4372730/1‑150 (MQ=255)
taaAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGGGCTTTTTTTAAATTCATAAGACTTTTGTATTAATTTATATTAAAACTTAATTAATAATTTCCTTATTTTTACGGAAATAATAATGCGTCGCTCAATAAATGATCATTTCCacgacgacg > 1:4642506/1‑150 (MQ=255)
aaaaGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGAcgcg > 2:1428314/1‑150 (MQ=255)
aaaaGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGAcgcg > 1:3148719/1‑150 (MQ=255)
aGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTaa > 2:2203404/1‑150 (MQ=255)
acaTTGTATTAATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAATTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGc < 1:1068403/150‑1 (MQ=255)
caTTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGcc > 1:1949113/1‑150 (MQ=255)
aTTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCg < 1:5046714/150‑1 (MQ=255)
aTTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCa > 2:5195333/1‑150 (MQ=255)
aaaCAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCaaaa > 1:3835485/1‑150 (MQ=255)
aCAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAata > 2:3913942/1‑150 (MQ=255)
aaTGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATAtt < 1:366443/150‑1 (MQ=255)
aTGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTc > 1:1810681/1‑150 (MQ=255)
tgtgCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTcc < 1:4016441/150‑1 (MQ=255)
gttttttttAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTCCAGa > 2:2707186/3‑150 (MQ=255)
gttttttttAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTCCAGa > 2:1906452/3‑150 (MQ=255)
tAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTCCAGAATCTGAAt > 2:2341019/1‑150 (MQ=255)
tAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTCCAGAATCTGAAt < 2:2821484/150‑1 (MQ=255)
aaTTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAATTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTCCAGAATCTGAATTg < 2:3461422/150‑1 (MQ=255)
aaTTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTCCAGAATCTGAATTg > 1:2674354/1‑150 (MQ=255)
aTTCAAAAGAATTTTGTATAAATTTATTATAAAAATTAATTAATCATATACTTATTTTTACGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATAATTACAACGACGACGCGTAAAGCAAATGAGGTCAAAATATTCCAGAATCTGAATTGc > 1:3215837/1‑150 (MQ=255)
taataataATTTTTTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTCCAGAATCTGAATTGCCa < 2:2470945/148‑1 (MQ=255)
tCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAATTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTCCAGAATCTGAATTGCCa < 2:956863/150‑1 (MQ=255)
tCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTCCAGAATCTGAATTGCCa > 1:687179/1‑150 (MQ=255)
aTAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTCCAGAATCTGAATTGCCAGc > 1:1450180/1‑150 (MQ=255)
aaGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTCCAGAATCTGAATTGCCAGCtt < 1:2788907/150‑1 (MQ=255)
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gAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTCCAGAATCTGAATTGCCAGCTTTc > 1:2898623/1‑150 (MQ=255)
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aaaaCTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTCCAGAATCTGAATTGCCAGCTTTCGGCCTACGCCTAAGCGATcgcg > 1:3244972/1‑150 (MQ=255)
aaaaCTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTCCAGAATCTGAATTGCCAGCTTTCGGCCTACGCCTAAGCGATcgcg < 1:1481182/150‑1 (MQ=255)
|
AAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAAACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAAATATTCCAGAATCTGAATTGCCAGCTTTCGGCCTACGCCTAAGCGATCGCGGAAA > CP009273/3751211‑3751509
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
