Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F56 I0 R1
|
543 |
285.0 |
9366284 |
95.7% |
8963533 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,050,246 |
G→T |
17.0% |
L463L (CTC→CTA) |
torS ← |
hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,050,246 | 0 | G | T | 17.0%
| 891.2
/ 132.2
| 291 | L463L (CTC→CTA) | torS | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (115/126); new base T (25/25); total (140/151) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.77e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
AAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCG > CP009273/1050098‑1050394
|
aCATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCtag > 1:1174115/1‑149 (MQ=255)
aCATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCtag > 1:3488992/1‑149 (MQ=255)
aCATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCgag > 2:557327/1‑149 (MQ=255)
cATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCgaga < 1:1335125/149‑1 (MQ=255)
aTTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCTAGaa < 2:2509273/149‑1 (MQ=255)
aTTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGaa < 1:4465969/149‑1 (MQ=255)
ttCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAAt > 1:1964272/1‑149 (MQ=255)
ttGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATAcc < 1:1025646/149‑1 (MQ=255)
tGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCg < 1:3882356/149‑1 (MQ=255)
tGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCg > 2:3174280/1‑149 (MQ=255)
ccACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCTAGAATACCGTa < 2:4053062/149‑1 (MQ=255)
aCCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACa > 1:4247007/1‑149 (MQ=255)
tGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCg > 2:4556459/1‑149 (MQ=255)
cTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCTAGAATACCGTACAGCGgt < 1:3343896/149‑1 (MQ=255)
cTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGgt > 2:3804238/1‑149 (MQ=255)
gCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGAt > 1:2816499/1‑149 (MQ=255)
cGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGAtc < 2:209230/149‑1 (MQ=255)
gAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTCAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGAtctc > 1:1234483/1‑149 (MQ=255)
aataatCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCa > 1:1846286/1‑149 (MQ=255)
taatCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATg < 2:3459197/149‑1 (MQ=255)
taatCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATg < 1:460245/149‑1 (MQ=255)
atCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGc < 2:794537/149‑1 (MQ=255)
tCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCt > 2:3415945/1‑149 (MQ=255)
agaATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCTAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCAt < 1:2717378/149‑1 (MQ=255)
agaATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCAt > 1:2548739/1‑149 (MQ=255)
agaATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCAt < 2:2603504/149‑1 (MQ=255)
aaTATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATcg > 1:1111642/1‑149 (MQ=255)
tatCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATcgcc > 1:1627649/1‑149 (MQ=255)
gTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCa > 1:483286/1‑149 (MQ=255)
ttGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAg < 2:1168411/149‑1 (MQ=255)
aGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCTAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGaaa < 2:1629036/149‑1 (MQ=255)
ggATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAAc > 2:4488790/1‑149 (MQ=255)
ggATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAAc > 2:3840530/1‑149 (MQ=255)
ggATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAAc > 1:431867/1‑149 (MQ=255)
gATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACg < 1:3726568/149‑1 (MQ=255)
gATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACg < 1:591588/149‑1 (MQ=255)
cAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGAtt < 2:4299849/149‑1 (MQ=255)
aGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGTTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGAttt < 1:3173799/149‑1 (MQ=255)
aGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGAttt < 2:1488454/149‑1 (MQ=255)
aGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGAttt > 1:3539459/1‑149 (MQ=255)
aGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGAttt < 2:111894/149‑1 (MQ=255)
gCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGAtttt < 2:4454213/149‑1 (MQ=255)
aaCGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGc > 2:2124901/1‑149 (MQ=255)
aCGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGcc < 1:381928/149‑1 (MQ=255)
gATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCctg > 2:1434703/1‑149 (MQ=255)
aTTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCctgg < 2:2356326/149‑1 (MQ=255)
tCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCctggct < 2:2162244/149‑1 (MQ=255)
aCCAGAGTCAGTAATTGCCTGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCctggctgg > 1:166614/1‑149 (MQ=255)
aCCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCctggctgg > 2:1043518/1‑149 (MQ=255)
aCCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCctggctgg < 1:3670418/149‑1 (MQ=255)
agagTCAGTAATGGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCtt < 2:966698/149‑1 (MQ=255)
gagTCAGTAAGTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCttt < 2:3859366/149‑1 (MQ=255)
gTCAGTAAGTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCttttt < 2:149735/149‑1 (MQ=255)
cAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCt < 2:508752/149‑1 (MQ=255)
cAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCt > 2:3397793/1‑149 (MQ=255)
cAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCt > 2:3020613/1‑149 (MQ=255)
tAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCt > 2:2359364/1‑149 (MQ=255)
aaTTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCtt > 1:2573254/1‑149 (MQ=255)
aTTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCTAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTc < 2:1578438/149‑1 (MQ=255)
aTTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTc > 2:4179299/1‑149 (MQ=255)
ttGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTcc < 1:154462/149‑1 (MQ=255)
cAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTg > 1:2774976/1‑149 (MQ=255)
cAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTg > 1:1339776/1‑149 (MQ=255)
aaTCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCTAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGcc < 1:677919/149‑1 (MQ=255)
aaTCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGcc > 2:877254/1‑149 (MQ=255)
catcaCGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCTATAATACCGTACAGCGGTGTGCGTATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGt < 1:2824163/149‑1 (MQ=255)
catcaCGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGt < 1:2465020/149‑1 (MQ=255)
catcaCGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGt < 1:1246245/149‑1 (MQ=255)
atcaCGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTc > 2:2396924/1‑149 (MQ=255)
tcaCGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCg > 1:3615626/1‑149 (MQ=255)
caCGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCgg > 1:2399456/1‑149 (MQ=255)
aCGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGgt > 2:1229288/1‑149 (MQ=255)
aCGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATAACTAACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATAGCCGCCAGAAAAGCCGATTTTTCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTACGCCCGTGCCTGTCgct > 1:4295675/1‑147 (MQ=255)
gCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGgtgt < 2:3694110/149‑1 (MQ=255)
cTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGtt < 2:3799833/149‑1 (MQ=255)
cTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGtt < 2:1372263/149‑1 (MQ=255)
cTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCAGGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGtt < 2:3524869/149‑1 (MQ=255)
cGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATc < 2:3580287/149‑1 (MQ=255)
cGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATc > 1:86494/1‑149 (MQ=255)
ttAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCTAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCAc > 2:2011284/1‑149 (MQ=255)
ttAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCAc > 1:2219164/1‑149 (MQ=255)
gCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCTAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTc > 2:958835/1‑149 (MQ=255)
cGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTcc < 1:1714061/149‑1 (MQ=255)
ggggTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCTAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCt < 2:4445923/149‑1 (MQ=255)
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gggTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTg > 1:2794351/1‑149 (MQ=255)
tCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCACCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTc > 1:2128988/1‑149 (MQ=255)
tGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCTAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAg > 2:831251/1‑149 (MQ=255)
ccAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCt < 1:3880772/149‑1 (MQ=255)
cagcagTTGAGCAGTGCCTAGAATACCGTACAGCTGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTACCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGATg > 1:355992/1‑149 (MQ=255)
agcagTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGt < 1:3003888/149‑1 (MQ=255)
gcagTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTa > 2:464640/1‑149 (MQ=255)
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gAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCt > 1:1448435/1‑149 (MQ=255)
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gAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCt < 1:1767356/149‑1 (MQ=255)
gAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTAAGCGCt > 2:1872257/1‑149 (MQ=255)
aGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCtt < 1:624508/149‑1 (MQ=255)
|
AAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCG > CP009273/1050098‑1050394
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
