Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
291,348 |
G→A |
100% |
intergenic (‑58/+59) |
yagN ← / ← intF |
CP4‑6 prophage; uncharacterized protein/CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 291,348 | 0 | G | A | 96.7%
| 584.3
/ 6.9
| 180 | intergenic (‑58/+59) | yagN/intF | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein/CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/4); new base A (72/102); total (74/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
GATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACA > CP009273/291202‑291492
|
gATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATaaa > 2:2434370/1‑149 (MQ=255)
gATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATaaa < 2:2815768/149‑1 (MQ=255)
gATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATaaa < 1:2290525/149‑1 (MQ=255)
gATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTAAGAtaaataaa > 1:155912/1‑149 (MQ=255)
gAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAatc < 2:3412166/149‑1 (MQ=255)
gAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGAGAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAatc < 2:1827836/149‑1 (MQ=255)
aGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAatct < 1:1070190/149‑1 (MQ=255)
ttttACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCAATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCtt > 1:1037850/1‑149 (MQ=255)
ttACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGa < 1:860842/149‑1 (MQ=255)
ttACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGa < 1:2920633/149‑1 (MQ=255)
tACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGAt < 2:59082/149‑1 (MQ=255)
aCTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTTATc > 2:3973766/1‑149 (MQ=255)
aCTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATc > 2:3973742/1‑149 (MQ=255)
aCTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATc < 2:3608510/149‑1 (MQ=255)
aCTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATc < 1:991482/149‑1 (MQ=255)
aaTTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAg < 1:405521/149‑1 (MQ=255)
aTTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGTCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGt > 1:3532644/1‑149 (MQ=255)
ttAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGtt < 2:3085233/149‑1 (MQ=255)
ttAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGtt > 2:1933753/1‑149 (MQ=255)
aaTACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTtga < 2:1846545/149‑1 (MQ=255)
tACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTtgatg > 2:2881756/1‑149 (MQ=255)
tACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTtgatg > 2:3552653/1‑149 (MQ=255)
acacCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTCTCTTGATCAATAGTtgatga > 2:889015/1‑149 (MQ=255)
acacCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTtgatga > 2:3960540/1‑149 (MQ=255)
acacCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAAACTATATTGATCAATAGTtgatga > 1:3110131/1‑149 (MQ=255)
acCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGata < 1:2616265/149‑1 (MQ=255)
cAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATAtt > 2:489133/1‑149 (MQ=255)
aGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATAttt < 2:651436/149‑1 (MQ=255)
gCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATAtttt > 2:103118/1‑149 (MQ=255)
gAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGt > 2:3755745/1‑149 (MQ=255)
gAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGt > 2:1711840/1‑149 (MQ=255)
gCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTaa > 2:2291494/1‑149 (MQ=255)
gCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTaa < 1:2261471/149‑1 (MQ=255)
ctGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAatat < 1:3441224/149‑1 (MQ=255)
ctGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAatat < 2:3898278/149‑1 (MQ=255)
ctGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAatat < 1:1315263/149‑1 (MQ=255)
aTAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGtt < 2:1593235/149‑1 (MQ=255)
aTAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGtt < 1:2597478/149‑1 (MQ=255)
tAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTg < 1:3755745/149‑1 (MQ=255)
aGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGa > 2:2077080/1‑149 (MQ=255)
cTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGAtt < 1:1611625/149‑1 (MQ=255)
agagTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTTGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATAAATGACTAAACTGTGTATTAAGATACATAAAAAACTATCTTGATAAATATTTGATGATATTTTTTAATATTTTTATTTTTaa > 1:1426625/1‑149 (MQ=255)
gagTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAAt < 2:2532572/149‑1 (MQ=255)
gggTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGaa < 1:3042162/149‑1 (MQ=255)
ggTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAAt < 1:3983960/149‑1 (MQ=255)
gTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATc > 2:2363286/1‑149 (MQ=255)
gTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATc < 1:713793/149‑1 (MQ=255)
ttCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCa < 2:1958098/149‑1 (MQ=255)
tCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCaa < 1:1195711/149‑1 (MQ=255)
tGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATTTTGATTTTTAATGGAATAAACGCa > 2:3530178/1‑149 (MQ=255)
tGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCa > 2:2012343/1‑149 (MQ=255)
gATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCata < 1:3837598/149‑1 (MQ=255)
aTACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCatat > 2:3031836/1‑149 (MQ=255)
cAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCaa < 1:451191/149‑1 (MQ=255)
cAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCaa < 2:1802915/149‑1 (MQ=255)
tGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACgtt < 1:4096370/149‑1 (MQ=255)
tGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACgttgtt < 1:1566151/149‑1 (MQ=255)
ggggTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGttt < 2:3659693/149‑1 (MQ=255)
ggTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGttttt < 2:705067/149‑1 (MQ=255)
ttGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTa < 1:3831932/149‑1 (MQ=255)
tGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTAt < 1:1003884/149‑1 (MQ=255)
ccATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATgg < 1:2096312/149‑1 (MQ=255)
ccATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATgg < 1:2096314/149‑1 (MQ=255)
tGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAAt < 1:3476820/149‑1 (MQ=255)
gtcTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATa < 1:2502312/147‑1 (MQ=255)
ggCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATa < 2:2468641/149‑1 (MQ=255)
gCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAAGAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATAc < 1:1886925/149‑1 (MQ=255)
ctcCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCtt > 1:1748426/1‑149 (MQ=255)
tcCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTc > 2:1504617/1‑149 (MQ=255)
cTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCAt < 2:1252688/149‑1 (MQ=255)
tgtgTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCAtt < 2:1049035/149‑1 (MQ=255)
tgtgTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCAtt > 1:2417370/1‑149 (MQ=255)
tgtgTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCAtt > 1:2417473/1‑149 (MQ=255)
tgtAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTa > 2:901178/1‑149 (MQ=255)
tgtAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTa > 1:1829619/1‑149 (MQ=255)
tgtAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTa < 1:9844/149‑1 (MQ=255)
gtAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTaa < 1:679000/149‑1 (MQ=255)
aGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGa < 1:156909/149‑1 (MQ=255)
cTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCAt > 2:3002537/1‑149 (MQ=255)
cTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCAt > 2:1610194/1‑149 (MQ=255)
tGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATg < 1:3670976/149‑1 (MQ=255)
tGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATg < 2:1121804/149‑1 (MQ=255)
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aCTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAAtttt > 1:1438495/1‑149 (MQ=255)
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AAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACATGATTAATTTAAGATCAATGTCTCAATTTTATCGTGCCATTTTCGTAACAGATCT > SRR19973068.2357419/1‑150 (MQ=60)
AAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGATGTTTTTTATGGTAATAACTGCTTCATTTAAGATCCAAGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAAAAGATCT > SRR19973068.2868981/1‑150 (MQ=60)
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GGATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCT‑GGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCT > CP009273/291201‑291497
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
