Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F488 I0 R1
|
1275 |
300.1 |
10328444 |
91.0% |
9398884 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
291,348 |
G→A |
100% |
intergenic (‑58/+59) |
yagN ← / ← intF |
CP4‑6 prophage; uncharacterized protein/CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 291,348 | 0 | G | A | 99.5%
| 648.7
/ ‑4.6
| 191 | intergenic (‑58/+59) | yagN/intF | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein/CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (74/116); total (74/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
GGATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAAC > CP009273/291201‑291491
|
ggATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATaaa > 2:4790705/1‑150 (MQ=255)
gATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGATCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTATCTGGGGTTTCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATaaaa > 1:4170141/1‑150 (MQ=255)
aTTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAaaaa < 2:276781/150‑1 (MQ=255)
tGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAatc < 1:3911997/150‑1 (MQ=255)
ttgttTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAatctatc < 2:1731792/150‑1 (MQ=255)
ttgttTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAatctatc < 2:1731756/150‑1 (MQ=255)
ttttACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTg < 2:4493906/150‑1 (MQ=255)
aCTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCa < 2:2115209/150‑1 (MQ=255)
aCTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCa > 2:2068903/1‑150 (MQ=255)
gAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAg < 1:3149614/150‑1 (MQ=255)
aaTTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGt < 2:79982/150‑1 (MQ=255)
aaTTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGt > 1:2588643/1‑150 (MQ=255)
cacCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGata > 2:1967265/1‑150 (MQ=255)
cacCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGata > 2:3938367/1‑150 (MQ=255)
cacCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTAGCTTGATCAATAGTTGATGata > 1:2744779/1‑150 (MQ=255)
ccAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATAtt < 1:2589999/150‑1 (MQ=255)
gCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTg < 1:4589100/150‑1 (MQ=255)
gAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTa > 2:1594384/1‑150 (MQ=255)
gAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTa > 2:1378317/1‑150 (MQ=255)
tctGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAatat > 2:2740287/1‑150 (MQ=255)
ctGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATg < 1:24724/150‑1 (MQ=255)
ctGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATg < 2:2852434/150‑1 (MQ=255)
tAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGa > 1:204245/1‑150 (MQ=255)
gCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGAtt < 2:1554317/150‑1 (MQ=255)
cTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGAttt < 1:611667/150‑1 (MQ=255)
tGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGAtttt > 2:4010674/1‑150 (MQ=255)
cAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTaa > 1:1491627/1‑150 (MQ=255)
agTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATgg > 1:4805793/1‑150 (MQ=255)
agTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATgg < 2:4251675/150‑1 (MQ=255)
agTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATgg < 2:4251592/150‑1 (MQ=255)
ggTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATc < 1:1551367/150‑1 (MQ=255)
ggTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATc < 1:3502369/150‑1 (MQ=255)
ggTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATc < 1:3387063/150‑1 (MQ=255)
gTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCa > 2:4450381/1‑150 (MQ=255)
gTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCa < 1:705298/150‑1 (MQ=255)
ttCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCaa < 1:4070901/150‑1 (MQ=255)
tCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAAc < 2:2934135/150‑1 (MQ=255)
tCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATGGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAAc < 1:1003623/150‑1 (MQ=255)
cTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACg < 1:711795/150‑1 (MQ=255)
cTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACg < 1:113561/150‑1 (MQ=255)
cTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACg < 1:3083348/150‑1 (MQ=255)
tATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGc > 2:3598281/1‑150 (MQ=255)
ggATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCata < 2:3281878/150‑1 (MQ=255)
aCAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCaa < 2:393949/150‑1 (MQ=255)
aGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACg < 2:348248/150‑1 (MQ=255)
aGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACg < 2:4624391/150‑1 (MQ=255)
aGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACg < 1:4421120/150‑1 (MQ=255)
ttGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACgtt < 2:2270998/150‑1 (MQ=255)
tGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGttt > 2:534511/1‑150 (MQ=255)
ggTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGtttttt > 1:1033292/1‑150 (MQ=255)
ggTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGtttttt > 2:1801071/1‑150 (MQ=255)
gCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATgg < 2:4438303/150‑1 (MQ=255)
ccATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGt < 1:4010828/150‑1 (MQ=255)
cATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTa < 2:2050241/150‑1 (MQ=255)
aTTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATTGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTaa > 2:4364764/1‑150 (MQ=255)
aTTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTaa > 1:3826719/1‑150 (MQ=255)
aTTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTaa > 2:3884752/1‑150 (MQ=255)
ttGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAAATGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATAAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTGTATGGTAAt > 2:3231807/1‑150 (MQ=255)
tGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATa > 1:2180387/1‑150 (MQ=255)
gCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATAcc < 1:2227081/150‑1 (MQ=255)
aTCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCt > 2:4077610/1‑150 (MQ=255)
aTCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCt < 2:3155068/150‑1 (MQ=255)
tctcCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCtt > 1:15282/1‑150 (MQ=255)
tctcCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCtt < 2:5003272/150‑1 (MQ=255)
ctcCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTc > 2:439572/1‑150 (MQ=255)
ctcCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTc < 2:445641/150‑1 (MQ=255)
ccTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCAt < 1:2355206/150‑1 (MQ=255)
cTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCAtt < 2:3615504/150‑1 (MQ=255)
cTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCAtt < 1:4790705/150‑1 (MQ=255)
tgtgTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCAttt < 1:286721/150‑1 (MQ=255)
gtgtAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTa < 1:2613880/150‑1 (MQ=255)
gtgtAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTa < 1:3021640/150‑1 (MQ=255)
gtAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAg > 2:4957172/1‑150 (MQ=255)
gCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCAt < 1:1158706/150‑1 (MQ=255)
gCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCAt < 2:4975080/150‑1 (MQ=255)
tCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCa < 2:3772127/150‑1 (MQ=255)
tCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCa < 2:4827701/150‑1 (MQ=255)
tCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCa < 2:1009754/150‑1 (MQ=255)
cATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCaa < 1:2442312/150‑1 (MQ=255)
cATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCaa < 1:2444855/150‑1 (MQ=255)
cATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCaa < 1:2068903/150‑1 (MQ=255)
cATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCaa > 1:5071680/1‑150 (MQ=255)
aTTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACGTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAAt < 2:751679/150‑1 (MQ=255)
aTTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAAt > 2:2354781/1‑150 (MQ=255)
gACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAAtttt > 1:1508307/1‑150 (MQ=255)
gACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAAtttt > 2:3672059/1‑150 (MQ=255)
aCTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTtc > 2:1114501/1‑150 (MQ=255)
tAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTtctc < 2:672220/150‑1 (MQ=255)
tAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTtctc > 2:3466447/1‑150 (MQ=255)
aaCTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGt < 1:1777834/150‑1 (MQ=255)
aaCTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGt > 2:3516589/1‑150 (MQ=255)
aCTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTg < 2:2991682/150‑1 (MQ=255)
tgtgTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGcc > 2:4416929/1‑150 (MQ=255)
gtgtATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCa < 2:4536664/150‑1 (MQ=255)
tgtATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCAt > 1:4979253/1‑150 (MQ=255)
tATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCAttt < 2:1475590/150‑1 (MQ=255)
ttACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTc < 1:4306313/150‑1 (MQ=255)
tACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCg < 1:3645213/150‑1 (MQ=255)
aCGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGt > 2:1913786/1‑150 (MQ=255)
cGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTa > 1:5016388/1‑150 (MQ=255)
|
GGATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAAC > CP009273/291201‑291491
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAGGATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCT > CP009273/291199‑291497
|
AAGGATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATA < SRR19973063.98602/150‑1 (MQ=60)
AAGGATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATA > SRR19973063.4204198/1‑150 (MQ=60)
GATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGATCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTATCTGGGGTTTCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTTACTAAACTGTGTATTACGATAAATAAAA > SRR19973063.4183470/1‑150 (MQ=60)
TGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATC < SRR19973063.3924474/150‑1 (MQ=60)
GTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTT < SRR19973063.4101111/150‑1 (MQ=60)
TACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATC < SRR19973063.3103352/150‑1 (MQ=60)
GAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAG < SRR19973063.3159739/150‑1 (MQ=60)
AATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGT > SRR19973063.2596873/1‑150 (MQ=60)
AATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGT > SRR19973063.2597084/1‑150 (MQ=60)
ATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATG < SRR19973063.4220596/150‑1 (MQ=60)
ATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATG > SRR19973063.3418323/1‑150 (MQ=60)
TACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGA > SRR19973063.4822811/1‑150 (MQ=60)
CACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTAGCTTGATCAATAGTTGATGATA > SRR19973063.2753637/1‑150 (MQ=60)
CCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATT < SRR19973063.2598231/150‑1 (MQ=60)
CAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCAATTGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTTGCTTATCTCCAGTTTAGTTGCTGTATAATTGAATAAACTGTGTATTAAGATACATAAAAATATATCTTGATCAATAGTAGATGATATTT > SRR19973063.2187023/1‑150 (MQ=60)
GCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTG < SRR19973063.4603785/150‑1 (MQ=60)
CGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGT < SRR19973063.3755481/150‑1 (MQ=60)
CTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATA > SRR19973063.2349293/1‑150 (MQ=60)
CTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATG < SRR19973063.24822/150‑1 (MQ=60)
TGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGT < SRR19973063.1148660/150‑1 (MQ=60)
TGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGT < SRR19973063.2052839/150‑1 (MQ=60)
ATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTG < SRR19973063.1131011/150‑1 (MQ=60)
TAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGA > SRR19973063.204863/1‑150 (MQ=60)
CTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTT < SRR19973063.613465/150‑1 (MQ=60)
CAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAA > SRR19973063.1496196/1‑150 (MQ=60)
GAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATG > SRR19973063.3628700/1‑150 (MQ=60)
AGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGG > SRR19973063.4821156/1‑150 (MQ=60)
GGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATC < SRR19973063.1556117/150‑1 (MQ=60)
GGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATC > SRR19973063.4819178/1‑150 (MQ=60)
GGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATC < SRR19973063.3397854/150‑1 (MQ=60)
GGTTCTATGGATACAGGTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATC < SRR19973063.3513565/150‑1 (MQ=60)
GTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCA < SRR19973063.707369/150‑1 (MQ=60)
TTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAA < SRR19973063.4083948/150‑1 (MQ=60)
TTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATATCCTGTGTAGTTGCTTTATCATTGAATAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTTATGATATTTTGTAATATTTTGATTTTTAATGGAATCAA < SRR19973063.4083919/150‑1 (MQ=60)
TCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATGGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAAC < SRR19973063.1006647/150‑1 (MQ=60)
CTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACG < SRR19973063.713886/150‑1 (MQ=60)
CTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACG < SRR19973063.113941/150‑1 (MQ=60)
CTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACG < SRR19973063.3093264/150‑1 (MQ=60)
ATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCA < SRR19973063.2550750/150‑1 (MQ=60)
AGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACG < SRR19973063.4435314/150‑1 (MQ=60)
AGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACG < SRR19973063.5056520/150‑1 (MQ=60)
TTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTT > SRR19973063.2230517/1‑150 (MQ=60)
TTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTT < SRR19973063.4547747/150‑1 (MQ=60)
GCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGT < SRR19973063.4393538/150‑1 (MQ=60)
CTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTT < SRR19973063.3436557/150‑1 (MQ=60)
TGTGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTT < SRR19973063.1168311/150‑1 (MQ=60)
GGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTT > SRR19973063.1914901/1‑150 (MQ=60)
GGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTT > SRR19973063.1036412/1‑150 (MQ=60)
TTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTAT < SRR19973063.277274/150‑1 (MQ=60)
CCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGT < SRR19973063.4023692/150‑1 (MQ=60)
CCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGT < SRR19973063.4023538/150‑1 (MQ=60)
CATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTA > SRR19973063.1511870/1‑150 (MQ=60)
ATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAA > SRR19973063.3838891/1‑150 (MQ=60)
TGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATA > SRR19973063.2187211/1‑150 (MQ=60)
GCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACC < SRR19973063.2234135/150‑1 (MQ=60)
ATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCT < SRR19973063.2600766/150‑1 (MQ=60)
TCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTT > SRR19973063.15344/1‑150 (MQ=60)
CTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTC < SRR19973063.2152254/150‑1 (MQ=60)
TCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCA < SRR19973063.5012004/150‑1 (MQ=60)
CCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCAT > SRR19973063.246059/1‑150 (MQ=60)
CCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCAT < SRR19973063.2362824/150‑1 (MQ=60)
CCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCAT < SRR19973063.2362744/150‑1 (MQ=60)
CTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATT < SRR19973063.4806012/150‑1 (MQ=60)
TGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTT < SRR19973063.287567/150‑1 (MQ=60)
GTTTAGTTGCTGGATCATTGACTAATCTTTGTATTAGGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATTGTTGATGATTTTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGTATCATCGCATTTCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTA < SRR19973063.3031058/150‑1 (MQ=60)
GTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTA < SRR19973063.3032596/150‑1 (MQ=60)
GTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTA < SRR19973063.2622199/150‑1 (MQ=60)
GTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTA < SRR19973063.3031273/150‑1 (MQ=60)
GTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAG < SRR19973063.4682577/150‑1 (MQ=60)
TTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCC < SRR19973063.617987/150‑1 (MQ=60)
GCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCAT < SRR19973063.1162200/150‑1 (MQ=60)
CTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTTATTTTTAATGGAATAAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCAGCTTAATTTAAGATACATG > SRR19973063.4869601/1‑150 (MQ=60)
CATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAA < SRR19973063.2075369/150‑1 (MQ=60)
CATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAA < SRR19973063.2450115/150‑1 (MQ=60)
CATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAA < SRR19973063.2452662/150‑1 (MQ=60)
CATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAA > SRR19973063.5087992/1‑150 (MQ=60)
TGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTT < SRR19973063.2711712/150‑1 (MQ=60)
GACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTT > SRR19973063.1512932/1‑150 (MQ=60)
GACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTT > SRR19973063.1512982/1‑150 (MQ=60)
CTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCT > SRR19973063.521414/1‑150 (MQ=60)
AACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGT < SRR19973063.1783323/150‑1 (MQ=60)
TGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCAT > SRR19973063.4995350/1‑150 (MQ=60)
TATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTT > SRR19973063.1547710/1‑150 (MQ=60)
ATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTT < SRR19973063.3357682/150‑1 (MQ=60)
TTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTC < SRR19973063.4319993/150‑1 (MQ=60)
TACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCG < SRR19973063.3656904/150‑1 (MQ=60)
CGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTA > SRR19973063.5032580/1‑150 (MQ=60)
ATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAAC > SRR19973063.1669977/1‑150 (MQ=60)
AAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCT < SRR19973063.167702/150‑1 (MQ=60)
AAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCT > SRR19973063.850091/1‑150 (MQ=60)
|
AAGGATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCT > CP009273/291199‑291497
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
