Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,796,526 |
A→T |
41.2% |
I324I (ATT→ATA) |
waaB ← |
UDP‑D‑galactose:(glucosyl)lipopolysaccharide‑1, 6‑D‑galactosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,796,526 | 0 | A | T | 41.2%
| 159.7
/ inf
| 248 | I324I (ATT→ATA) | waaB | UDP‑D‑galactose:(glucosyl)lipopolysaccharide‑1, 6‑D‑galactosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (83/63); new base T (60/42); total (143/105) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.69e-01 |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
ATTAAGAAACTCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAG > CP009273/3796380‑3796673
|
ttAAGAAACTCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTAtt < 1:1865518/149‑1 (MQ=255)
ttAAGAAACTCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAAtt > 2:1848286/1‑149 (MQ=255)
aaGAAACTCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTc < 1:3261847/149‑1 (MQ=255)
aGAAACTCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCa > 1:3593623/1‑149 (MQ=255)
aaCTCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCt > 2:1963788/1‑149 (MQ=255)
aaCTCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCt > 2:2119420/1‑149 (MQ=255)
aCTCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTg > 2:2017907/1‑149 (MQ=255)
cAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCta > 2:3467603/1‑149 (MQ=255)
gTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATCTGTATTTCACCTGCtcta > 2:3661281/1‑149 (MQ=255)
gTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCtata < 1:2801748/149‑1 (MQ=255)
tttCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCtatat > 2:901056/1‑149 (MQ=255)
tttCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCtatat < 1:47348/149‑1 (MQ=255)
ttCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCtatata > 2:795570/1‑149 (MQ=255)
gAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATAtatttatt > 2:1524626/1‑149 (MQ=255)
aaaaCACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATAtttattta < 1:2044879/149‑1 (MQ=255)
aaCACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTaga > 2:550109/1‑149 (MQ=255)
ccTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAagag > 1:2700723/1‑149 (MQ=255)
ctgctgCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGt < 1:3399608/149‑1 (MQ=255)
ctgctgCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGt < 2:950096/149‑1 (MQ=255)
tgcATTATTTCCTCCGGGAAATAGAAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACa > 1:1498407/1‑149 (MQ=255)
attattTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACaaaa > 2:2968090/1‑149 (MQ=255)
tattTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAAcc < 2:3869396/149‑1 (MQ=255)
tattTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAAcc > 1:2129074/1‑149 (MQ=255)
ttCCTCCGGTAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGc < 2:2809737/149‑1 (MQ=255)
ttCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGc > 2:3059133/1‑149 (MQ=255)
cctccGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCaa < 2:2408825/149‑1 (MQ=255)
cctccGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCaa > 2:270148/1‑149 (MQ=255)
ggAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATAtctc < 1:3872904/149‑1 (MQ=255)
gAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTcc < 1:3473065/149‑1 (MQ=255)
gAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTcc < 1:1812693/149‑1 (MQ=255)
gAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTcc < 2:3938942/149‑1 (MQ=255)
gAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTcc > 1:1068110/1‑149 (MQ=255)
aaTAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAata > 2:1614873/1‑142 (MQ=255)
aaTAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCg > 2:2871687/1‑149 (MQ=255)
aaTAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAAATTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCg < 2:1799898/149‑1 (MQ=255)
aTAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCgg > 2:3912778/1‑149 (MQ=255)
tAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGt > 1:3055370/1‑149 (MQ=255)
aGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGtt < 2:3731858/149‑1 (MQ=255)
aGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGtt < 2:1335691/149‑1 (MQ=255)
aGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGAt > 1:1285820/1‑149 (MQ=255)
aGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCACGGTGGAt > 1:2441744/1‑149 (MQ=255)
gAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATa < 1:2622011/149‑1 (MQ=255)
aataatTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACa < 2:435680/149‑1 (MQ=255)
aataatTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACa > 1:892968/1‑149 (MQ=255)
atTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATg > 2:3685983/1‑149 (MQ=255)
atTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATg > 2:2059879/1‑149 (MQ=255)
aCCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGcc > 1:4000628/1‑149 (MQ=255)
ccTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCa < 1:1389100/149‑1 (MQ=255)
ttATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCAtt > 2:747162/1‑149 (MQ=255)
tATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTg > 1:3653785/1‑149 (MQ=255)
tGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGAc > 2:1239857/1‑149 (MQ=255)
gTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACa > 2:2747696/1‑149 (MQ=255)
tAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCCGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACAt > 2:48723/1‑149 (MQ=255)
aaTCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATc < 2:2586813/149‑1 (MQ=255)
aTCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCa > 1:3300067/1‑149 (MQ=255)
tCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAg > 1:2531640/1‑149 (MQ=255)
cTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAgg < 1:718156/149‑1 (MQ=255)
tATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGt > 2:1747320/1‑149 (MQ=255)
tCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTg > 2:75275/1‑149 (MQ=255)
tCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTg > 1:2808180/1‑149 (MQ=255)
cGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGa < 2:3971531/149‑1 (MQ=255)
gTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGaa < 1:991446/149‑1 (MQ=255)
gTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGaa > 1:189519/1‑149 (MQ=255)
tAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACAGCAGGTTGaat > 2:3432087/1‑149 (MQ=255)
tACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGaataat > 2:3376469/1‑149 (MQ=255)
aCTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCTATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATg < 2:147423/149‑1 (MQ=255)
cTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGt > 1:3382810/1‑149 (MQ=255)
cTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGt > 1:2314339/1‑149 (MQ=255)
tCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTca > 1:949364/1‑149 (MQ=255)
aTTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCACTATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTcagca > 2:2176358/1‑149 (MQ=255)
aTTGGTAAAATTCATCGATCGAAGAAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGATATATATTTATTTAGAATAGTTACAAAACAAGCAATATCTCAAGCTTGATACAGATGGCCATTGAAATCAGGTTTAATAATGtcatca > 2:1487843/1‑149 (MQ=255)
ttGGTAAAATTCCTCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTcagcag > 1:3881205/1‑149 (MQ=255)
ttGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTcagcag > 1:1640890/1‑149 (MQ=255)
ggTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGc < 2:1677254/149‑1 (MQ=255)
tAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGccc < 1:2800411/149‑1 (MQ=255)
tAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGccc > 2:3552299/1‑149 (MQ=255)
aaaTTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCgg < 2:1555539/149‑1 (MQ=255)
aaTTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGga < 2:644710/149‑1 (MQ=255)
aaTTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGga > 1:173547/1‑149 (MQ=255)
aTTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGgag > 1:2964481/1‑149 (MQ=255)
tcgatcgaCGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGAcaca > 1:3780606/1‑149 (MQ=255)
atcgaCGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATc > 1:1033424/1‑149 (MQ=255)
atcgaCGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATc > 2:293469/1‑149 (MQ=255)
cGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCAc > 2:2132391/1‑149 (MQ=255)
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gAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATa > 2:876685/1‑149 (MQ=255)
tttttCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAg < 2:3881205/149‑1 (MQ=255)
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tCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAAt > 2:1415818/1‑149 (MQ=255)
tGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATccc > 1:1649622/1‑149 (MQ=255)
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gATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACg > 2:4095800/1‑149 (MQ=255)
atatGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGa > 2:724036/1‑149 (MQ=255)
atatGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGa > 2:573334/1‑149 (MQ=255)
gAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAg > 2:3718578/1‑149 (MQ=255)
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ATTAAGAAACTCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAG > CP009273/3796380‑3796673
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
