Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,796,526 |
A→T |
23.4% |
I324I (ATT→ATA) |
waaB ← |
UDP‑D‑galactose:(glucosyl)lipopolysaccharide‑1, 6‑D‑galactosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,796,526 | 0 | A | T | 23.4%
| 599.6
/ 195.2
| 286 | I324I (ATT→ATA) | waaB | UDP‑D‑galactose:(glucosyl)lipopolysaccharide‑1, 6‑D‑galactosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (122/97); new base T (40/27); total (162/124) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.77e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
AATTAAGAAACTCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACA > CP009273/3796379‑3796671
|
aaTTAAGAAACTCAGTTTCCTGGAAAAACTCCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGa < 2:3554951/148‑1 (MQ=255)
aGAAACTCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTc > 1:740653/1‑148 (MQ=255)
aGAAACTCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTc < 2:1429945/148‑1 (MQ=255)
gAAACTCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCa > 1:2735537/1‑148 (MQ=255)
aaaCTCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCAc < 2:1158905/148‑1 (MQ=255)
aaCTCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCAcc < 2:1601447/148‑1 (MQ=255)
tCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGc < 1:1576063/148‑1 (MQ=255)
gTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCtat > 1:192491/1‑148 (MQ=255)
tttCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCtata > 1:2072819/1‑148 (MQ=255)
ttCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCtatat < 1:1413045/148‑1 (MQ=255)
ttCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCtatat < 1:3054026/148‑1 (MQ=255)
ttCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCtatat < 1:3347903/148‑1 (MQ=255)
tCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCtatata > 2:3540052/1‑148 (MQ=255)
ggAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATAtattta < 2:1822766/148‑1 (MQ=255)
gAAAAACACCTTCTGCATTATGTCCTCCGGGAATTAGCAGTAATACTGACCTTATTTAATCTATCGTACTTCTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCTTGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATAtatttat < 1:3213776/148‑1 (MQ=255)
aaaaaCACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATAtatttatt < 2:3316710/148‑1 (MQ=255)
aaaaaCACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATAtatttatt < 1:1154870/148‑1 (MQ=255)
aaaCACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATAtttattta > 1:1329304/1‑148 (MQ=255)
aaaCACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATAtttattta > 1:1443342/1‑148 (MQ=255)
cacCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTagaa < 1:1780529/148‑1 (MQ=255)
acCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTagaag > 2:1954739/1‑148 (MQ=255)
acCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTagaag > 1:3494133/1‑148 (MQ=255)
ctgctgCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAAGTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAagag < 2:391678/148‑1 (MQ=255)
tgctgcATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGTAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGt > 1:235816/1‑148 (MQ=255)
tgctgcATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGt > 1:2448800/1‑148 (MQ=255)
gctgcATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGtt > 2:3289667/1‑148 (MQ=255)
cATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACaa < 1:2546827/148‑1 (MQ=255)
ttattTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACaaaa > 2:365666/1‑148 (MQ=255)
ttattTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACaaaa < 1:38380/148‑1 (MQ=255)
attTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAAcc < 2:2473441/148‑1 (MQ=255)
attTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAAcc < 1:671037/148‑1 (MQ=255)
tccGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAat > 2:1640218/1‑148 (MQ=255)
gggAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATAtc < 2:2172232/148‑1 (MQ=255)
gAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGCATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATAtctc > 1:1627701/1‑148 (MQ=255)
gAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATAtctc < 2:8602/148‑1 (MQ=255)
aaaTAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTcc > 2:1207458/1‑148 (MQ=255)
aaTAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTccc < 1:2908577/148‑1 (MQ=255)
aTAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCg > 1:2377241/1‑148 (MQ=255)
tAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCgg > 1:4050/1‑148 (MQ=255)
aGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGt > 1:2845738/1‑148 (MQ=255)
aGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGt > 1:910668/1‑148 (MQ=255)
gCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGtt < 2:71577/148‑1 (MQ=255)
cAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTg < 2:2033423/148‑1 (MQ=255)
cAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTg < 2:3412614/148‑1 (MQ=255)
gAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGAt < 1:3289667/148‑1 (MQ=255)
aaaTAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATa > 1:3562303/1‑148 (MQ=255)
ataatTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACa > 2:879611/1‑148 (MQ=255)
ataatTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACa > 1:1242854/1‑148 (MQ=255)
taatTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAg > 2:1501065/1‑148 (MQ=255)
taatTACCTTATGTAATCTATCGTAATACGTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAg < 2:2743206/148‑1 (MQ=255)
aatTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGa < 2:2199688/148‑1 (MQ=255)
atTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGAt > 1:551633/1‑148 (MQ=255)
atTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGAt > 2:1680830/1‑148 (MQ=255)
cTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCa < 2:1339863/148‑1 (MQ=255)
cTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTAACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCa > 1:230263/1‑148 (MQ=255)
cTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTAACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCa > 1:1536290/1‑148 (MQ=255)
aTGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTg > 1:3522764/1‑148 (MQ=255)
tGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGa < 1:2017415/148‑1 (MQ=255)
tAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACa > 1:3506697/1‑148 (MQ=255)
cTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCTTCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAg < 1:453148/148‑1 (MQ=255)
cTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAg > 2:3239782/1‑148 (MQ=255)
aTCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGt > 2:603204/1‑148 (MQ=255)
cGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTg > 2:63272/1‑148 (MQ=255)
gTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGa < 2:2815524/148‑1 (MQ=255)
tAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGaa > 1:2197958/1‑148 (MQ=255)
tAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGaa > 1:2198230/1‑148 (MQ=255)
aaTACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGaat > 2:3205690/1‑148 (MQ=255)
aaTACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAAATTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGaat > 2:77839/1‑148 (MQ=255)
aaTACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAAATTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGaat > 2:2928390/1‑148 (MQ=255)
aTACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGaata < 2:3031446/148‑1 (MQ=255)
tACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGaataa > 1:660958/1‑148 (MQ=255)
tACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTATAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGaataa > 1:2594548/1‑148 (MQ=255)
tCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTc > 1:2461684/1‑148 (MQ=255)
aTTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTcagc > 1:2644044/1‑148 (MQ=255)
ttGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTcagca > 2:1013620/1‑148 (MQ=255)
ttGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTcagca > 2:2005353/1‑148 (MQ=255)
aaTTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCgg < 2:284069/148‑1 (MQ=255)
aTTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGga > 2:2611847/1‑148 (MQ=255)
ttCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGgag > 1:2685297/1‑148 (MQ=255)
tCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGgaga < 1:1640291/148‑1 (MQ=255)
atcgatcgACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGaca < 1:2272630/148‑1 (MQ=255)
atcgatcgACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGaca < 1:2234762/148‑1 (MQ=255)
tcgatcgaCGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGacac > 2:1806042/1‑148 (MQ=255)
tcgatcgaCGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGacac > 2:1468223/1‑148 (MQ=255)
tcgaCGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATc > 1:105956/1‑148 (MQ=255)
gCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCAc < 1:1201300/148‑1 (MQ=255)
ggAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGa < 1:3239782/148‑1 (MQ=255)
aaTTTTTTCATGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATa < 2:1032228/148‑1 (MQ=255)
aaTTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATa < 2:2851902/148‑1 (MQ=255)
tCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGaa < 2:3311373/148‑1 (MQ=255)
cATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAAt > 1:3076090/1‑148 (MQ=255)
aTGTTCGATATGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATc < 2:2331914/148‑1 (MQ=255)
tGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATcc > 2:950719/1‑148 (MQ=255)
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gTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATccc < 2:2363142/148‑1 (MQ=255)
ttCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATcccc < 2:2655960/148‑1 (MQ=255)
atatGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACg < 2:2735482/148‑1 (MQ=255)
tatGTATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATccccc < 1:1026687/144‑1 (MQ=255)
atGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGAc > 2:3017173/1‑148 (MQ=255)
atGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGAc > 1:2419865/1‑148 (MQ=255)
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AATTAAGAAACTCAGTTTCCTGGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACA > CP009273/3796379‑3796671
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
