Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,248,129 |
T→G |
38.1% |
W154G (TGG→GGG) |
dinF → |
oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,248,129 | 0 | T | G | 38.1%
| 72.6
/ inf
| 248 | W154G (TGG→GGG) | dinF | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (85/69); new base G (45/49); total (130/118) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.13e-03 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATAT > CP009273/4247983‑4248277
|
tACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGt < 2:1889993/149‑1 (MQ=255)
gCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTaa > 1:3259886/1‑149 (MQ=255)
ggTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAgcg > 1:3817800/1‑149 (MQ=255)
ggTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAgcg > 1:1999038/1‑149 (MQ=255)
gTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTCTCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAgcgc > 2:490206/1‑149 (MQ=255)
gTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAgcgc > 1:790108/1‑149 (MQ=255)
gCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGTTGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGAAGCGTAAGCCGATTATCGATAAGGCGCATCAAATTGTTGGCGGTATTGAGGAAGTCCTGGAACATGCGCGGCGCTTTCTTTAAATCAGCTTGTTAAACGCAc > 1:2437213/1‑149 (MQ=255)
cAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTTCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATACCCTGGTTAAGCGCAcc > 1:348251/1‑149 (MQ=255)
cAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATACGCTGGTTAAGCGCAcc > 1:2572041/1‑149 (MQ=255)
aaCCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCTCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCg > 1:2589227/1‑149 (MQ=255)
aaCCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCg > 2:127156/1‑149 (MQ=255)
aCCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCgg > 2:3513805/1‑149 (MQ=255)
ggtGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGt < 1:1833228/147‑1 (MQ=255)
gTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGt < 2:2617148/149‑1 (MQ=255)
gTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGt < 1:984211/149‑1 (MQ=255)
gTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCGTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGt > 1:725812/1‑149 (MQ=255)
gTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAAGTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGt < 2:3902619/149‑1 (MQ=255)
ttGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTc > 1:1909889/1‑149 (MQ=255)
gCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGc > 1:782817/1‑149 (MQ=255)
gTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTgg < 1:3405324/149‑1 (MQ=255)
ttGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCt < 2:1331245/149‑1 (MQ=255)
ttGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCt < 1:2562133/149‑1 (MQ=255)
ggggCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACt > 1:1215637/1‑149 (MQ=255)
ggggCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACt > 1:1723035/1‑149 (MQ=255)
ggggCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACt > 2:3865826/1‑149 (MQ=255)
ggggCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACt < 1:3980983/149‑1 (MQ=255)
ggggCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACt < 2:4073344/149‑1 (MQ=255)
gggCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTc < 2:208128/149‑1 (MQ=255)
gggCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTc < 1:966754/149‑1 (MQ=255)
gCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCgg < 2:398694/149‑1 (MQ=255)
gTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCggtt < 2:1877003/149‑1 (MQ=255)
gTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCggtt > 1:2417783/1‑149 (MQ=255)
gTTAAGTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCggtt < 1:2695722/149‑1 (MQ=255)
ttAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCggttg > 2:1573548/1‑149 (MQ=255)
aaTTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCggttggt < 1:2103935/149‑1 (MQ=255)
ttGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTa < 1:614078/149‑1 (MQ=255)
gcgcTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACt < 2:1161607/149‑1 (MQ=255)
tgctgcGTACGGCGATTATCGATCTGGCGCTGAATATTGTTGGCGGTAGTGTGGCAGTCCTGGTACAGGCGCGGCGCTTTCTTGATATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTTTCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGc < 1:1343000/149‑1 (MQ=255)
ctgcGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGt < 2:747671/149‑1 (MQ=255)
tgcGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTg > 1:230035/1‑149 (MQ=255)
tACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAATCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGGGTGCAat > 2:2761258/1‑149 (MQ=255)
tACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTCTTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAat > 2:1533220/1‑149 (MQ=255)
aCGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTCTTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAata > 2:1690324/1‑149 (MQ=255)
gCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATg > 1:542657/1‑149 (MQ=255)
gCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATg > 1:2669330/1‑149 (MQ=255)
cGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGcc > 1:2351071/1‑149 (MQ=255)
aTTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCg > 2:37136/1‑149 (MQ=255)
aTTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCg < 1:156297/149‑1 (MQ=255)
ttATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGt < 2:357950/149‑1 (MQ=255)
aTCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTgc > 1:235142/1‑149 (MQ=255)
aTCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCGTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTgc > 1:1487749/1‑149 (MQ=255)
gATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGcc > 1:3668848/1‑149 (MQ=255)
agcTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCGTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCTCCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTGGGCGTGCCATATGCCCGTGCGCCa < 2:2643982/147‑1 (MQ=255)
tCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAg < 2:1063684/149‑1 (MQ=255)
ggCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTaa < 2:2547846/149‑1 (MQ=255)
ggCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTaa > 1:2737044/1‑149 (MQ=255)
ggCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTaa > 2:2438318/1‑149 (MQ=255)
ggCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTaa < 2:1920426/149‑1 (MQ=255)
cgcTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAAtt < 1:1581230/149‑1 (MQ=255)
gcTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAAttt < 1:2301023/149‑1 (MQ=255)
gcTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAAttt < 1:3540391/149‑1 (MQ=255)
tGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTg > 1:1249703/1‑149 (MQ=255)
tGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTg < 2:1999038/149‑1 (MQ=255)
tatTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAg < 1:1358767/149‑1 (MQ=255)
tatTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAg < 2:2174563/149‑1 (MQ=255)
tgttgGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTgg < 2:2979118/149‑1 (MQ=255)
tgttgGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTgg < 1:2795960/149‑1 (MQ=255)
gttgGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGt > 2:3342415/1‑149 (MQ=255)
ttgGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTc < 1:1925506/149‑1 (MQ=255)
ggCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCgg > 2:1395386/1‑149 (MQ=255)
gCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGc < 2:1754164/149‑1 (MQ=255)
ggTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCaa < 2:422658/149‑1 (MQ=255)
ggTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCaa < 2:2303862/149‑1 (MQ=255)
gTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAat > 1:1994921/1‑149 (MQ=255)
gTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAat < 2:782817/149‑1 (MQ=255)
gTGAGGCAGTCCTGGACCAGGCTCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGATACTCGGCGTGCAATATGCCCCTGAGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATc > 2:3403828/1‑149 (MQ=255)
aGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTc < 2:368674/149‑1 (MQ=255)
aGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTc > 2:2927351/1‑149 (MQ=255)
gCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGGTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCaa < 1:1622730/149‑1 (MQ=255)
cAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAAc < 1:4048176/149‑1 (MQ=255)
aGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACa < 2:1194098/149‑1 (MQ=255)
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tGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATgg > 1:118635/1‑149 (MQ=255)
aaaTCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATgggg > 1:587035/1‑149 (MQ=255)
tCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTg > 2:897325/1‑149 (MQ=255)
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GTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATAT > CP009273/4247983‑4248277
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
