Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,248,129 |
T→G |
15.2% |
W154G (TGG→GGG) |
dinF → |
oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,248,129 | 0 | T | G | 15.2%
| 363.5
/ 75.5
| 177 | W154G (TGG→GGG) | dinF | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/73); new base G (11/16); total (88/89) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.04e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.45e-01 |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
CGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTG > CP009273/4247982‑4248272
|
cGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCt < 1:588325/148‑1 (MQ=255)
tACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTgg < 2:1484224/148‑1 (MQ=255)
aCGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGt < 1:1930057/148‑1 (MQ=255)
aCGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGt < 1:1132125/148‑1 (MQ=255)
aCGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGt < 1:1137540/148‑1 (MQ=255)
aCGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGt < 1:3044827/148‑1 (MQ=255)
ggTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAgc > 2:2041329/1‑148 (MQ=255)
gTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAgcg > 2:461064/1‑148 (MQ=255)
cAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCAc > 1:483577/1‑148 (MQ=255)
ccGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCgg > 1:1746735/1‑148 (MQ=255)
ttGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGt < 2:2140903/148‑1 (MQ=255)
gCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCg < 1:1542371/148‑1 (MQ=255)
gCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCg < 1:1542387/148‑1 (MQ=255)
tGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCt < 2:3782608/148‑1 (MQ=255)
gTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAAt < 2:2397750/148‑1 (MQ=255)
gTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAAt < 1:1594709/148‑1 (MQ=255)
gTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAAt < 1:1628772/148‑1 (MQ=255)
gggggCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTg < 1:199863/148‑1 (MQ=255)
gggggCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTg < 1:2128506/148‑1 (MQ=255)
ggggCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTgg > 2:1785866/1‑148 (MQ=255)
ggCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTa < 2:3529360/148‑1 (MQ=255)
ggCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTa < 1:694610/148‑1 (MQ=255)
ggCTGGGGCGTTAAGTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTa < 2:3739346/148‑1 (MQ=255)
gCTGGGGCGTTAATTGCTCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTAt < 2:3720014/148‑1 (MQ=255)
gggCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACt < 2:69626/148‑1 (MQ=255)
cGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCgg > 2:722201/1‑148 (MQ=255)
gTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCggt < 1:1445155/148‑1 (MQ=255)
ttAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCggtt > 2:779669/1‑148 (MQ=255)
ttAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCggtt < 2:1175588/148‑1 (MQ=255)
tAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCggttg > 1:1722002/1‑148 (MQ=255)
tAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCggttg > 1:485740/1‑148 (MQ=255)
tAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCggttg > 1:3766345/1‑148 (MQ=255)
ttGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCggttggtt > 1:1811525/1‑148 (MQ=255)
gctgcGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGc > 1:2776027/1‑148 (MQ=255)
gctgcGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGc > 1:2776023/1‑148 (MQ=255)
tACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCCCCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCaa > 1:841785/1‑148 (MQ=255)
tACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCaa < 2:1114884/148‑1 (MQ=255)
aCGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAat < 1:1230480/148‑1 (MQ=255)
cGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAata < 2:3552715/148‑1 (MQ=255)
cGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAata < 2:2228815/148‑1 (MQ=255)
gCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAatat < 2:2023281/148‑1 (MQ=255)
ccGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATg < 2:445195/148‑1 (MQ=255)
ccGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATg < 1:737501/148‑1 (MQ=255)
ccGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATg < 1:1507242/148‑1 (MQ=255)
cGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGc > 2:1661080/1‑148 (MQ=255)
ttATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGAGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCg > 2:2467202/1‑148 (MQ=255)
ttATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCg < 2:1087944/148‑1 (MQ=255)
tATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGt > 2:185168/1‑148 (MQ=255)
aTCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTg > 1:3258058/1‑148 (MQ=255)
cGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTgcg > 1:3128624/1‑148 (MQ=255)
aTCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGcc > 1:3038211/1‑148 (MQ=255)
tCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCa > 2:2923772/1‑148 (MQ=255)
tCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCa > 2:2923831/1‑148 (MQ=255)
tCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCa > 2:3425472/1‑148 (MQ=255)
tCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCa > 2:3483435/1‑148 (MQ=255)
cTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAg > 1:1231399/1‑148 (MQ=255)
tGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGt < 2:1326074/148‑1 (MQ=255)
ggCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTa < 2:535688/148‑1 (MQ=255)
ggCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGGTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCCGTa > 1:782683/1‑148 (MQ=255)
gcgcTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTaa < 2:2649746/148‑1 (MQ=255)
gcTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAAtt < 2:3109166/148‑1 (MQ=255)
tGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAAtttt > 1:242306/1‑148 (MQ=255)
gCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTg > 1:214558/1‑148 (MQ=255)
gCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTg < 1:592507/148‑1 (MQ=255)
cATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGt < 1:2801347/148‑1 (MQ=255)
tatTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTa > 2:1316410/1‑148 (MQ=255)
tatTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTa > 1:455104/1‑148 (MQ=255)
atTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAATCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAg > 2:53789/1‑148 (MQ=255)
atTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCTAAACTGGTATTACTCGGTTGGTTAATCGGCGTGCAATATGCCCGGGCGCCCGTAATTTTGTTAg > 1:971709/1‑148 (MQ=255)
atTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAg > 2:3176785/1‑148 (MQ=255)
ttgttgGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGt < 1:1058417/148‑1 (MQ=255)
tgGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTc < 1:1653568/148‑1 (MQ=255)
tgGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTc > 2:3281463/1‑148 (MQ=255)
tAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAat < 2:1605880/148‑1 (MQ=255)
gTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAatat < 1:2506151/148‑1 (MQ=255)
aGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCt > 2:306434/1‑148 (MQ=255)
ggCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTc > 1:1682310/1‑148 (MQ=255)
ggCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTc > 1:1275207/1‑148 (MQ=255)
gCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCa < 1:309676/148‑1 (MQ=255)
cAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCaa > 2:2751456/1‑148 (MQ=255)
aGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAAc < 1:3818764/148‑1 (MQ=255)
tCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACAt < 1:3217971/148‑1 (MQ=255)
gAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGc > 2:2392727/1‑148 (MQ=255)
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cTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTctggctg > 2:40777/1‑148 (MQ=255)
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tCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTg < 2:1746735/148‑1 (MQ=255)
aTCCGCGGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGc < 1:1575115/148‑1 (MQ=255)
ccGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTg > 1:819089/1‑148 (MQ=255)
|
CGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTG > CP009273/4247982‑4248272
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
