Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F204 I0 R1
|
1155 |
255.8 |
8356456 |
95.7% |
7997128 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
291,453 |
A→T |
8.1% |
L452* (TTA→TAA) |
intF ← |
CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 291,453 | 0 | A | T | 8.1%
| 716.0
/ 40.5
| 218 | L452* (TTA→TAA) | intF | CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (124/76); new base T (11/7); total (135/83) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
GTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAGTGGGAACTTCAACCCACTCGGCCAAAGTACCA > CP009273/291304‑291602
|
gTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATc < 2:2355021/150‑1 (MQ=255)
ttGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATcc < 1:172639/150‑1 (MQ=255)
tGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGt > 1:4142150/1‑150 (MQ=255)
tGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGt > 1:4037824/1‑150 (MQ=255)
tATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGtct > 2:3261611/1‑150 (MQ=255)
tATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGtct > 2:1321451/1‑150 (MQ=255)
aTCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGtctc < 2:3817785/150‑1 (MQ=255)
aTCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGtctc < 1:3925377/150‑1 (MQ=255)
tCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCa > 2:3105436/1‑150 (MQ=255)
aTTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATCTCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTTAGATCCATGTCTCAAt > 2:1063213/1‑150 (MQ=255)
aTTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAAt > 2:3452853/1‑150 (MQ=255)
aTTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAAt < 2:292222/150‑1 (MQ=255)
ttGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTTAGATCCATGTCTCAAtt < 2:3969551/150‑1 (MQ=255)
aaaCTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCg < 1:3131289/150‑1 (MQ=255)
aaCTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGt < 1:84149/150‑1 (MQ=255)
tgtgTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGcc > 2:481719/1‑150 (MQ=255)
tgtATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCAt > 1:2369760/1‑150 (MQ=255)
tgtATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCAt > 2:1441875/1‑150 (MQ=255)
tgtATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATAGCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCAt > 2:1056407/1‑150 (MQ=255)
gtATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCAtt < 1:939866/150‑1 (MQ=255)
tACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCg > 1:1638382/1‑150 (MQ=255)
aCATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTTAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAg > 1:731073/1‑150 (MQ=255)
cATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGa > 2:3608654/1‑150 (MQ=255)
aaaaTCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTa < 1:3728290/150‑1 (MQ=255)
aaaaTCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGATGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTATCTCGTGACATTTTCGTAACAGATCTa > 2:2548127/1‑150 (MQ=255)
aaTCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAAc > 1:1268413/1‑150 (MQ=255)
aaTCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAAc > 2:3491582/1‑150 (MQ=255)
tatctTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac > 2:1266127/1‑150 (MQ=255)
tatctTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac < 1:3241311/150‑1 (MQ=255)
tatctTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac < 1:425824/150‑1 (MQ=255)
gATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGc < 1:2329523/150‑1 (MQ=255)
tCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTTAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGa > 1:98592/1‑150 (MQ=255)
ctattgTTGATGATTTTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGATTGAACGGATATCAACTTTGTTTTTTATGGTAATAACTGCTTCATTTTATATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTTACAGATCTAACGGTCGAAGGCGAt < 2:1596072/145‑1 (MQ=255)
cAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTTAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGAt < 2:489859/150‑1 (MQ=255)
cAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGAt < 1:3063206/150‑1 (MQ=255)
cAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGAt < 2:1774365/150‑1 (MQ=255)
cAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACATGCTTCATTTTAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGAt > 2:195394/1‑150 (MQ=255)
gTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAgtgt > 1:387118/1‑150 (MQ=255)
gatgatATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGtttt > 2:145935/1‑150 (MQ=255)
gatgatATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGtttt > 2:659578/1‑150 (MQ=255)
gatgatATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGtttt > 2:659756/1‑150 (MQ=255)
gatgatATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGtttt < 1:1098060/150‑1 (MQ=255)
tatTTTGTAATATGTAGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGAACTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGc > 2:1026937/1‑150 (MQ=255)
atTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCa > 1:1246680/1‑150 (MQ=255)
tttGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTTAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAag > 2:3566309/1‑150 (MQ=255)
gTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAgc > 1:4027668/1‑150 (MQ=255)
gTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAgc < 1:764364/150‑1 (MQ=255)
gTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAgc < 2:496580/150‑1 (MQ=255)
tAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAgcg < 1:1500317/150‑1 (MQ=255)
atatGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTTAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCt > 1:1375552/1‑150 (MQ=255)
atatGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCt > 2:2195597/1‑150 (MQ=255)
atGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTgg < 2:3053674/150‑1 (MQ=255)
atGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTgg > 1:2450398/1‑150 (MQ=255)
tGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGttt < 1:3615355/150‑1 (MQ=255)
tGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAAGACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGttt < 1:226887/150‑1 (MQ=255)
gATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTtg > 2:3868534/1‑150 (MQ=255)
aTTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTtgt > 1:3367283/1‑150 (MQ=255)
tttttAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTtgtg > 1:146913/1‑150 (MQ=255)
tttttAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTtgtg > 2:546372/1‑150 (MQ=255)
tttAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTc > 1:1684439/1‑150 (MQ=255)
tttAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTc > 1:2390926/1‑150 (MQ=255)
tttAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTc > 1:2817556/1‑150 (MQ=255)
aaTGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCa > 1:62970/1‑150 (MQ=255)
aTGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACATGCTTCATTTAAGATACATGTCTCAATTTTATCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTAGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCAt > 1:2134533/1‑150 (MQ=255)
tGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATa > 1:1465409/1‑150 (MQ=255)
ggAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATaa > 2:123371/1‑150 (MQ=255)
aTCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAAttt > 1:575322/1‑150 (MQ=255)
aTCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCACATAAttt > 1:3647022/1‑150 (MQ=255)
tCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTg < 2:3842245/150‑1 (MQ=255)
cAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGa > 1:3165139/1‑150 (MQ=255)
aaCGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTTAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAg > 2:4146758/1‑150 (MQ=255)
gCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGcaa < 1:367406/150‑1 (MQ=255)
gCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGcaa < 1:2852787/150‑1 (MQ=255)
gCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATATTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGcaa > 2:1388612/1‑150 (MQ=255)
cATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGcaac > 2:375974/1‑150 (MQ=255)
cATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGcaac > 2:2543880/1‑150 (MQ=255)
atatCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGcaaca > 1:3717791/1‑150 (MQ=255)
atCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAAt > 2:1716266/1‑150 (MQ=255)
tCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATa < 2:617638/150‑1 (MQ=255)
cAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATAc < 2:3594519/150‑1 (MQ=255)
cAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATAc < 1:2157228/150‑1 (MQ=255)
cGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAg > 2:3167476/1‑150 (MQ=255)
cGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAg < 1:1737468/150‑1 (MQ=255)
ttgttTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAGTg < 1:3792523/150‑1 (MQ=255)
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tttATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAGTGGGAACt < 1:2780176/150‑1 (MQ=255)
aTGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGTCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAGTGGGAACTTCa > 1:1958071/1‑150 (MQ=255)
aTGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAGTGGGAACTTCa > 1:2564/1‑150 (MQ=255)
tGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAGTGGGAACTTCaa > 1:1597943/1‑150 (MQ=255)
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tACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAGTGGGAACTTCAACCCACt < 1:3015739/150‑1 (MQ=255)
cTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAGTGGGAACTTCAACCCACTCgg > 1:351261/1‑150 (MQ=255)
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aTTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAGTGGGAACTTCAACCCACTCGGCCAAAGt > 1:2908619/1‑150 (MQ=255)
ttAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAGTGGGAACTTCAACCCACTCGGCCAAAGTAc < 1:3984021/150‑1 (MQ=255)
tAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAGTGGGAACTTCAACCCACTCGGCCAAAGTAcc > 1:2864173/1‑150 (MQ=255)
aaGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAGTGGGAACTTCAACCCACTCGGCCAAAGTACCa > 1:1853853/1‑150 (MQ=255)
aaGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAGTGGGAACTTCAACCCACTCGGCCAAAGTACCa > 1:2062187/1‑150 (MQ=255)
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GTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAGTGGGAACTTCAACCCACTCGGCCAAAGTACCA > CP009273/291304‑291602
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
