Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F204 I0 R1
|
1155 |
255.8 |
8356456 |
95.7% |
7997128 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,360,830 |
A→T |
22.0% |
A182A (GCA→GCT) |
yhcF → |
putative transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,360,830 | 0 | A | T | 22.0%
| 608.2
/ 179.6
| 268 | A182A (GCA→GCT) | yhcF | putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (101/108); new base T (31/28); total (132/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
AATATCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACTTGATGGGAAAGCTGT > CP009273/3360681‑3360979
|
aaTATCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCa < 1:1194492/150‑1 (MQ=255)
aaTATCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCa > 2:3373319/1‑150 (MQ=255)
aaTATCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCa < 2:2162176/150‑1 (MQ=255)
aaTATCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCa < 1:938670/150‑1 (MQ=255)
aaTATCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCa < 1:1883381/150‑1 (MQ=255)
atatCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAg < 1:3339338/150‑1 (MQ=255)
atatCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAg < 2:4115614/150‑1 (MQ=255)
tatCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGt < 2:3456463/150‑1 (MQ=255)
tatCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGt < 1:1491116/150‑1 (MQ=255)
gTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATc < 2:662333/150‑1 (MQ=255)
gTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATc < 1:948641/150‑1 (MQ=255)
tAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCa < 2:1671297/150‑1 (MQ=255)
tAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCa < 1:3527727/150‑1 (MQ=255)
aGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCaa > 2:2785086/1‑150 (MQ=255)
ttATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAg > 2:4153233/1‑150 (MQ=255)
ttATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATACGCTTGCAGTCGATCAAAg < 1:2503285/150‑1 (MQ=255)
tATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGc > 2:1329147/1‑150 (MQ=255)
tATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGc > 2:768671/1‑150 (MQ=255)
tATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATGAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGc > 1:1616070/1‑150 (MQ=255)
tGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCta < 1:1801432/150‑1 (MQ=255)
tgtTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTattatt < 1:1825955/150‑1 (MQ=255)
gtTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTAttatta > 1:579715/1‑150 (MQ=255)
gtTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTAttatta > 1:3882040/1‑150 (MQ=255)
tAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTaca > 2:2718486/1‑150 (MQ=255)
tAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTaca < 2:2892367/150‑1 (MQ=255)
tAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTaca > 2:3649121/1‑150 (MQ=255)
ttGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCt < 2:2626123/150‑1 (MQ=255)
agtctAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCt > 2:1611200/5‑150 (MQ=255)
gATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCttt < 1:2943665/150‑1 (MQ=255)
gATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCttt > 1:1301933/1‑150 (MQ=255)
gATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCttt > 2:1691067/1‑150 (MQ=255)
tAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGt > 1:682773/1‑150 (MQ=255)
acaTTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAg < 2:824900/150‑1 (MQ=255)
acaTTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAg > 2:2633124/1‑150 (MQ=255)
acaTTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAg < 2:3506141/150‑1 (MQ=255)
caTTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAgg > 1:3124239/1‑150 (MQ=255)
caTTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAgg < 2:4000326/150‑1 (MQ=255)
ttAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTg < 1:4088485/150‑1 (MQ=255)
tAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGa > 2:2073787/1‑150 (MQ=255)
tAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGa > 1:2977925/1‑150 (MQ=255)
tAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGa < 1:2728619/150‑1 (MQ=255)
gTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTGAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGaaa < 2:2548228/150‑1 (MQ=255)
gCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAaaca > 2:1138978/1‑150 (MQ=255)
ccAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAaacaa > 1:2000324/1‑150 (MQ=255)
aGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAAcc < 2:2960678/150‑1 (MQ=255)
cAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAAcccc > 1:4008495/1‑150 (MQ=255)
aaTGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCa > 1:1084366/1‑150 (MQ=255)
aaTGGGAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCa < 2:1809833/150‑1 (MQ=255)
aTGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCaa < 1:54225/150‑1 (MQ=255)
tGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAAc > 2:794688/1‑150 (MQ=255)
gttgCCTGAAGTTAGCTGTATCAATATCTGGTGCAGATGCGGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGTCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCTACGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTc < 1:865935/147‑1 (MQ=255)
tAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTCTTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTcc > 2:1978300/1‑150 (MQ=255)
tAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTcc > 1:2884428/1‑150 (MQ=255)
aGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCt > 1:3608179/1‑150 (MQ=255)
cAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTa > 1:3002710/1‑150 (MQ=255)
tcTGTTTCAATTGCTGTTGACGATGCCTTCTTAACCGGGC‑AAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCACAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGACCGCCa < 1:1583903/149‑1 (MQ=255)
cTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCa > 2:333816/1‑150 (MQ=255)
tGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCAt > 2:558840/1‑150 (MQ=255)
tGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCAt > 2:3133919/1‑150 (MQ=255)
tATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATta < 2:1421681/150‑1 (MQ=255)
tATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATta < 1:193293/150‑1 (MQ=255)
aTCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATtat > 2:386084/1‑150 (MQ=255)
aaTAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATAcc > 1:1031651/1‑150 (MQ=255)
aaTAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATAcc < 2:711179/150‑1 (MQ=255)
aTAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCg > 1:475555/1‑150 (MQ=255)
aGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCa < 1:1725357/150‑1 (MQ=255)
ggTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAg < 2:3577585/150‑1 (MQ=255)
aTGCCGTAATAACAGTTCAAAAAAGATCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGATTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAgcg < 1:204907/150‑1 (MQ=255)
gCCCTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCACACCGCTTATCCGCTTGCATTCGATCAAAGCTATTATTACACATGTGTACAACAAGGAGAAACAACCCCAACTCCTGAAACTAACCCCAATATACCGCATCAGGTTAGCGCa > 2:1030625/1‑150 (MQ=255)
gTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCt > 2:3488524/1‑150 (MQ=255)
tCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTa > 1:2392979/1‑150 (MQ=255)
aTAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATc > 1:3245099/1‑150 (MQ=255)
aaCAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATcgc > 1:3803562/1‑150 (MQ=255)
aCAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATcgcg > 1:3300575/1‑150 (MQ=255)
ggCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATg < 2:2949499/150‑1 (MQ=255)
ggCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATg < 1:3492024/150‑1 (MQ=255)
cAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGAt < 2:2241920/150‑1 (MQ=255)
aaaGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAg > 2:1459489/1‑150 (MQ=255)
aaaGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAg > 1:2614263/1‑150 (MQ=255)
agagCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGc < 2:621347/150‑1 (MQ=255)
gCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGAGTTAGGCGGt > 2:3355174/1‑150 (MQ=255)
aTGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTc < 1:1405257/150‑1 (MQ=255)
aTGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTc < 1:1000897/150‑1 (MQ=255)
ggCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAg > 2:4062015/1‑150 (MQ=255)
gCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAAt > 2:1895963/1‑150 (MQ=255)
gCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAAt < 2:582441/150‑1 (MQ=255)
cTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATc < 1:2214841/150‑1 (MQ=255)
aCCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGaa < 1:774494/150‑1 (MQ=255)
aCCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGaa > 2:1821078/1‑150 (MQ=255)
aCCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGaa < 1:2863356/150‑1 (MQ=255)
ccGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAAc < 2:1531392/150‑1 (MQ=255)
cGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACt < 2:1313297/150‑1 (MQ=255)
gCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACtt > 2:1642380/1‑150 (MQ=255)
gCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACtt < 1:545052/150‑1 (MQ=255)
ttATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACTTGa > 2:2110969/1‑150 (MQ=255)
gCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACTTGATGGGaa > 1:2734112/1‑150 (MQ=255)
cTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACTTGATGGGaaa < 1:2597585/150‑1 (MQ=255)
tGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACTTGATGGGAAAGc < 2:1081721/150‑1 (MQ=255)
gCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACTTGATGGGAAAGCt < 1:1364223/150‑1 (MQ=255)
cAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACTTGATGGGAAAGCtg < 2:1719925/150‑1 (MQ=255)
|
AATATCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACTTGATGGGAAAGCTGT > CP009273/3360681‑3360979
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
