Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F98 I0 R1
|
799 |
294.1 |
9752082 |
92.2% |
8991419 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,283,978 |
C→T |
21.8% |
V35I (GTA→ATA) |
purU ← |
formyltetrahydrofolate hydrolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,283,978 | 0 | C | T | 21.8%
| 382.8
/ 102.0
| 170 | V35I (GTA→ATA) | purU | formyltetrahydrofolate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/86); new base T (19/18); total (66/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.81e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
ACGACCGGCAGGATTCAGCTCACGCACGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGGAAAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGT > CP009273/1283829‑1284123
|
acgacCGGCAGGATTCAGCTCACGCACGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTAc > 1:3813131/1‑150 (MQ=255)
gggCAGTTTTCCGCTCACGCAGGGAGCCTTGTGTCATGGCGATATCGAGACCCGCCAGCCGGTTGTAAAAATAAAAAAGCCCTTCCATTTCGGTGCGAATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGatat < 1:1029135/149‑1 (MQ=255)
cGGCAGGATTCAGCTCACGCACGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCCGGGTGTAATCATAAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGatat < 2:3857477/150‑1 (MQ=255)
cGGCAGGATTCAGCTCACGCACGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGatat > 2:4773088/1‑150 (MQ=255)
ggCAGGATTCAGCTCACGCACGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATAtt > 1:4500480/1‑150 (MQ=255)
ggCAGGATTCAGCTCACGCACGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATAtt > 1:4500468/1‑150 (MQ=255)
gctggATTCAGCTCACGCAGGGCGCCTTCTGGCATTGCGCTTTCGTGATCCGCCAGCTGGGTGGAAACATTAAAAATCCCTTCCCGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATAttt < 2:4540300/147‑1 (MQ=255)
ccgtcttCCGCTCACGCCCGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCTCGCGCCGCCCGCCGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTCCCCGTGCCGTCCGCAAAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTa < 2:447817/145‑1 (MQ=255)
ggATTCAGCTCACGCACGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAAc > 2:4214182/1‑150 (MQ=255)
ggATTCAGCTCACGCACGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAAc > 2:4210714/1‑150 (MQ=255)
ttttCAGCTCACGCACGGCGCCTTGTGGAAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCTGGGTGTAATAATTAAAAATCCCTACCCGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACt < 2:543857/148‑1 (MQ=255)
ttCAGCTCACGCCCGGAGCATTCTGGAAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATAATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCg < 2:2219757/150‑1 (MQ=255)
tCAGCTCACGCACGTAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGATATCCGCCAGCTGGTTGTAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGAATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAATAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGt < 2:2172233/150‑1 (MQ=255)
acAGCTCACGCCCGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGAGCCGCCAGCCGGGTGTAATCATTAAAAATCCCTTCCCGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGt < 1:2807691/149‑1 (MQ=255)
gcacacgccggGAGCCTTCTGGAAATGCGCTATCGCTACCCGCCAGCTGGGTTTAATAATAAAAAATCCCTTCCAGTTCCGGGCCCAAAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCt < 1:966585/147‑1 (MQ=255)
gcacacgcacgGCGCCTTCTGGAAATGCGCTATCGCCATCCGCCAGCTGGGTGTAATAATTAAAAATCCCTTCCCGTCCCGTGCGAATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCt < 1:4036816/147‑1 (MQ=255)
gCTCACGCACGGAGCTTTCTGCAATTGCGATATCGATATCCCCCCGCTGGTTGTAAAAATTAAAAATCCCTCCCCGTTCCGTGCCAAAAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCt < 1:3811812/150‑1 (MQ=255)
gCTCACGCACGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCTGGGGGTAATAATTAAAAATCCCTGCCTGTTCCGGGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCt < 2:2969728/150‑1 (MQ=255)
gCTCACGCACGGAGCCTTCTGGAAATGCGCTATCGCGATCCGCCAGCTGGGTGTAATAATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGAATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCt < 1:4035020/150‑1 (MQ=255)
cTCACGCACGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCtt > 1:508081/1‑150 (MQ=255)
cTCACGCACGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCtt > 1:2939598/1‑150 (MQ=255)
gccgggcgCCTTCGGGCATTGCGCTATGGAGACCCGCCTGCGGGGTGTAAAAATTAAAAAGCCCTCCCCGGTCGGTGCGAATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGc < 1:4206416/143‑1 (MQ=255)
ccgGGGCCTCCTGGCACTGCGCTATCGAGATCCGCCCGCCGGTTGTAATCATAAAAAAGCCGTCCCTGTCCGGTGCCAAAAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCaa < 1:3747183/149‑1 (MQ=255)
cgGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCaaa > 2:4487120/1‑150 (MQ=255)
ggAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAat > 1:98628/1‑150 (MQ=255)
ggAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAat > 2:1082349/1‑150 (MQ=255)
ggAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAat > 2:66293/1‑150 (MQ=255)
ggAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAat > 2:66831/1‑150 (MQ=255)
cgcattCTGGAATTGCGCTATCGAGATCCGCCTGCTGGTTGTAAAAATTAAAAATCCCTTCCAGTTCGGTGCGAATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAatat < 1:3607866/146‑1 (MQ=255)
aGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGATATCCGCCAGCTGGGTGTAATAATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGAATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAatat < 1:3607880/150‑1 (MQ=255)
gCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATAtt > 1:237888/1‑150 (MQ=255)
cTTGTGGCATTGCGCTATCGAGATCCGCCAGCTGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCCGTTCCGGGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg < 2:4493102/150‑1 (MQ=255)
cTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg > 2:3991854/1‑150 (MQ=255)
gaattGCGCTATCGAGATCCGCCAGCCGGGTGGAATAATTAAAAATCCCTCCCTGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATAc < 1:1901456/146‑1 (MQ=255)
gCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATAc < 2:751033/150‑1 (MQ=255)
ttGCGCTATCGAGATCCGCCAGCTGGTTGTATTAATTAAAATTCCGTCCCATTTCGGGGCCATTAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTg < 1:276811/149‑1 (MQ=255)
aTGCCCTAACGATACCCGCATGCTGGTTGTAATAATAAAAAACCCCTCCCTGCTCGGTGCTAAAAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTg < 1:3335525/150‑1 (MQ=255)
tATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCa > 2:2608327/1‑150 (MQ=255)
cgagcgccGCCAGCTGGGTGTAATAATTAAAACTCCCTCCCCGGGCGGGGCGAAAAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGAc < 1:2103088/144‑1 (MQ=255)
gagaTCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTCATACGTGCGATCAGAcc > 2:3634614/1‑150 (MQ=255)
gagaTCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGAcc > 1:2381474/1‑150 (MQ=255)
agaTCCGCCTGCTGGGTTTAATAATTAAAAATCCCTCCCAGTTCCGTGCGCAAAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCt < 1:1435210/150‑1 (MQ=255)
agaTCCGCCAGCTGGGTGGAATAATTAAAAATCCCTTCCCGTTCCGTGCGCATAAACAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCt < 1:3930513/150‑1 (MQ=255)
agaTCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCt > 1:1868027/1‑150 (MQ=255)
taTCCGCCAGCTGGGTGTAATAATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCtt < 2:3264904/149‑1 (MQ=255)
gaTCCGCCAGCTGGGTGTAATAATTAAAAAGCCCTTCCAGTTCCGTGCGAAAAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCtt < 2:3264910/150‑1 (MQ=255)
ccGCCAGCAGGGTGTAATAATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCttttt < 2:1255598/150‑1 (MQ=255)
ccGCCAGCAGGGTGCAATAATAAAAAATCCCTTCCCGTTCCGTGCTCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCttttt < 2:1255587/150‑1 (MQ=255)
gCCAGCTGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGGGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTgg < 2:2672798/150‑1 (MQ=255)
gCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTgg > 2:3027960/1‑150 (MQ=255)
cagcagGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTc > 2:2805874/1‑150 (MQ=255)
cagcagGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTc > 2:1408674/1‑150 (MQ=255)
cagGGAGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCgg > 1:1511421/1‑150 (MQ=255)
gAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATa > 2:3606541/1‑150 (MQ=255)
aTCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTCGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGt > 2:180115/1‑150 (MQ=255)
aTCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGt > 1:3698918/1‑150 (MQ=255)
tCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTa > 2:4662106/1‑150 (MQ=255)
tCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTa > 2:1376114/1‑150 (MQ=255)
cATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTAc < 2:2562932/150‑1 (MQ=255)
aaaaTCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATCTTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGa > 2:4808081/1‑150 (MQ=255)
aaaaTCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGa > 2:4808083/1‑150 (MQ=255)
aaaTCCATTCCTGGTCCGTGCGAAAAAAAACGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGaa < 1:5219/150‑1 (MQ=255)
ccTTCATGTTCGGGGCGAAAAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTa < 1:1762337/150‑1 (MQ=255)
cAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTg < 2:387627/150‑1 (MQ=255)
cAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTg < 1:4729619/150‑1 (MQ=255)
aGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTGTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTgg > 2:3288189/1‑150 (MQ=255)
ccGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTg > 2:4740262/1‑150 (MQ=255)
gTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGaa > 2:2282500/1‑150 (MQ=255)
tGCGAAAAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAAt < 2:1108905/150‑1 (MQ=255)
tGCGAAAAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAAt < 1:2138403/150‑1 (MQ=255)
ctaaaaaaacaGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGc < 1:2015448/145‑1 (MQ=255)
cATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCAt > 2:977934/1‑150 (MQ=255)
cATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCAt > 2:3428128/1‑150 (MQ=255)
cATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCAt < 2:3813289/150‑1 (MQ=255)
aaaaaaaaGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCAtt < 1:1797492/148‑1 (MQ=255)
aaaaaGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCt > 2:1331700/1‑150 (MQ=255)
aaaaaGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACGTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCt > 2:1331703/1‑150 (MQ=255)
aaaGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTgg < 1:4145446/150‑1 (MQ=255)
aGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGGaa < 2:2897460/150‑1 (MQ=255)
gcgcCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGGaaa < 1:1905596/150‑1 (MQ=255)
cGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGGAAAAACCt > 2:1561336/1‑150 (MQ=255)
cGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGGAAAAACCt < 1:342170/150‑1 (MQ=255)
ggTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGGAAAAACCtt > 2:2433342/1‑150 (MQ=255)
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|
ACGACCGGCAGGATTCAGCTCACGCACGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGGAAAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGT > CP009273/1283829‑1284123
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
