Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
9427126 |
91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 576 total aligned reads displayed.
TACGTCAACGCCTGTTGTAACATCATCAGTATTAATAAGTTTTCCTGTTAGGTTTGAGAAGAAGCCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTT > CP043523/838767‑839065
|
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ACGTCAACGCCTGTTGTAACATCATCAGTATTAATAAGTTTTCCTGTTAGGTTTGAGAAGAAGCCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCC < SRR13214404.2927186/150‑1 (MQ=60)
ACGTCAACGCCTGTTGTAACATCATCAGTATTAATAAGTTTTCCTGTTAGGTTTGAGAAGAAGCCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCC < SRR13214404.895134/150‑1 (MQ=60)
ACGTCAACGCCTGTTGTAACATCATCAGTATTAATAAGTTTTCCTGTTAGGTTTGAGAAGAAGCCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCC < SRR13214404.3795292/150‑1 (MQ=60)
ACGTCAACACCTGTTGTAACATCATCAGTATTAATAAGTTTTCCTGTTAAGTTTGAGAAGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTC > SRR13214404.4041277/1‑150 (MQ=60)
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GTCAACACCTGTTGTAACATCATCAGTATTAATAAGTTTTCCTGTTAAGTTTGAGAAGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCC > SRR13214404.779377/1‑150 (MQ=60)
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AACACCTGTTGTAACATCATCAGTATTAATAAGTTTTCCTGTTAAGTTTGAGAAGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTT < SRR13214404.351571/150‑1 (MQ=60)
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CTGTTGTAACATCATCAGTATTAATAAGTTTTCCTGTTAAGTTTGAGAAGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTT < SRR13214404.2903053/150‑1 (MQ=60)
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TAACATCATCAGTATTAATAAGTTTTCCTGTTAAGTTTGAGAAGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTT > SRR13214404.967234/1‑150 (MQ=60)
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AAGTTTTCCTGTTAAGTTTGAGAAGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGG < SRR13214404.638626/150‑1 (MQ=60)
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CTGTTAAGTTTGAGAAGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTT < SRR13214404.1370351/150‑1 (MQ=60)
TGTTAAGTTTGAGAAGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTT > SRR13214404.2525802/1‑150 (MQ=60)
TGTTAAGTTTGAGAAGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTT < SRR13214404.3080784/150‑1 (MQ=60)
GTTAGGTTTGAGAAGAAGCCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTT < SRR13214404.4027707/150‑1 (MQ=60)
GTTAAGTTTGAGAAGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTT < SRR13214404.1925081/150‑1 (MQ=60)
TTAGGTTTGAGAAGAAGCCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTT > SRR13214404.1176483/1‑150 (MQ=60)
TAAGTTTGAGAAGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTC > SRR13214404.2411470/1‑150 (MQ=60)
TAAGTTTGAGAAGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTC > SRR13214404.4074190/1‑150 (MQ=60)
AGGTTTGAGAAGAAGCCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCT < SRR13214404.4240416/150‑1 (MQ=60)
GGTTTGAGAAGAAGCCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTG > SRR13214404.4145900/1‑150 (MQ=60)
GTTTGAGAAGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGC > SRR13214404.4270892/1‑150 (MQ=60)
GTTTGAGAAGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGC > SRR13214404.4558661/1‑150 (MQ=60)
TTGAGAAGAAGCCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCA > SRR13214404.571441/1‑150 (MQ=60)
TTGAGAAGAAGCCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCA < SRR13214404.4456606/150‑1 (MQ=60)
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GAAGAAGCCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGT < SRR13214404.2500279/150‑1 (MQ=60)
GAAGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGT > SRR13214404.916361/1‑150 (MQ=60)
AGAAGCCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTC > SRR13214404.11389/1‑150 (MQ=60)
AGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTC < SRR13214404.172305/150‑1 (MQ=60)
AGAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTC > SRR13214404.2266860/1‑150 (MQ=60)
GAAGCCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCC > SRR13214404.3751144/1‑150 (MQ=60)
GAACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCC > SRR13214404.3881290/1‑150 (MQ=60)
AAGCCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCA < SRR13214404.3706966/150‑1 (MQ=60)
AAGCCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCA > SRR13214404.2170516/1‑150 (MQ=60)
AACCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCA < SRR13214404.3899853/150‑1 (MQ=60)
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CCCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGACCCCTTAATTTCTTGTTGGGcatcatttattttaagaaaatctagttctgccttagtgcgtac > SRR13214404.4362823/1‑107 (MQ=60)
CCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAAT < SRR13214404.4006281/150‑1 (MQ=60)
CCACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAAT < SRR13214404.1952522/150‑1 (MQ=60)
CACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATG > SRR13214404.4371814/1‑150 (MQ=60)
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ACCTTCTACAGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGGTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGC > SRR13214404.1395070/1‑150 (MQ=60)
CCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCT > SRR13214404.4573581/1‑150 (MQ=60)
CCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCT < SRR13214404.4625944/150‑1 (MQ=60)
CTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTT > SRR13214404.2698856/1‑150 (MQ=60)
TTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTT > SRR13214404.2672531/1‑150 (MQ=60)
TCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTC > SRR13214404.4183115/1‑150 (MQ=60)
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TACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCAT > SRR13214404.149615/1‑150 (MQ=60)
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TTCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTC > SRR13214404.738840/1‑150 (MQ=60)
TCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTCTCC < SRR13214404.4714179/150‑1 (MQ=60)
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TAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTT > SRR13214404.3837942/1‑150 (MQ=60)
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CTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGA < SRR13214404.1111081/150‑1 (MQ=60)
CTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGA < SRR13214404.2799328/150‑1 (MQ=60)
CTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGA < SRR13214404.3455098/150‑1 (MQ=60)
TTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGAT > SRR13214404.3501649/1‑150 (MQ=60)
TTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATT > SRR13214404.356674/1‑150 (MQ=60)
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AACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAAT < SRR13214404.2559958/150‑1 (MQ=60)
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AGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTC > SRR13214404.704297/1‑150 (MQ=60)
TCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGatttttt > SRR13214404.1769460/1‑143 (MQ=60)
TCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGatttttt < SRR13214404.4285594/150‑8 (MQ=60)
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TACGTCAACGCCTGTTGTAACATCATCAGTATTAATAAGTTTTCCTGTTAGGTTTGAGAAGAAGCCACCTTCTACGGAAAGAAGTCCATCCACTGATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTT > CP043523/838767‑839065
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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |