Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F250 I1 R1
|
466 |
525.0 |
9216842 |
90.5% |
8341242 |
150.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 513 total aligned reads displayed.
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|
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TCTAATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCC < SRR13214403.1272852/150‑1 (MQ=60)
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AATGCTAAACCTACAATCTTTTGCACAACTTTATCTTCATAAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTT > SRR13214403.130280/1‑150 (MQ=60)
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CTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATA < SRR13214403.3086393/150‑1 (MQ=60)
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TCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGT < SRR13214403.476797/150‑1 (MQ=60)
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TAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTC > SRR13214403.1086878/1‑150 (MQ=60)
AAGTCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCC < SRR13214403.1602085/150‑1 (MQ=60)
AAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCC > SRR13214403.3024105/1‑150 (MQ=60)
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TCAAAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGA < SRR13214403.1675850/150‑1 (MQ=60)
TCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGT > SRR13214403.49513/1‑150 (MQ=60)
AAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGattt < SRR13214403.3199548/150‑5 (MQ=60)
AAGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGattt < SRR13214403.2579207/150‑5 (MQ=60)
AGTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTTTTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGatttt > SRR13214403.3114056/1‑145 (MQ=60)
AGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTC < SRR13214403.2286330/150‑1 (MQ=60)
GTCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGattttt > SRR13214403.3211124/1‑144 (MQ=60)
TCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGatttttt < SRR13214403.391718/150‑8 (MQ=60)
TCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGatttttt < SRR13214403.3285597/150‑8 (MQ=60)
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CCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTT > SRR13214403.2787867/1‑150 (MQ=60)
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TTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGatttttttaaaa > SRR13214403.1408438/1‑138 (MQ=60)
TTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGatttttttaaaa < SRR13214403.2043892/150‑13 (MQ=60)
TAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAA > SRR13214403.2642305/1‑150 (MQ=60)
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ATGTTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAG > SRR13214403.2698146/1‑150 (MQ=60)
GTTTTCTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTG > SRR13214403.1220951/1‑150 (MQ=60)
GTTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTG < SRR13214403.3909648/150‑1 (MQ=60)
TTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGA > SRR13214403.2891292/1‑150 (MQ=60)
TTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAA > SRR13214403.966355/1‑150 (MQ=60)
TTTCTTGTACCATAATATTCTCCCTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAA < SRR13214403.4465613/150‑1 (MQ=60)
TTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAG > SRR13214403.1894272/1‑150 (MQ=60)
CTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGaccaccg < SRR13214403.2468364/150‑8 (MQ=60)
CTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGAT > SRR13214403.1159953/1‑150 (MQ=60)
CTTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGAT < SRR13214403.4438535/150‑1 (MQ=60)
TTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATA > SRR13214403.1041696/1‑150 (MQ=60)
TTGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATA > SRR13214403.2396740/1‑150 (MQ=60)
TGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATAC > SRR13214403.1167483/1‑150 (MQ=60)
TGTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATAC < SRR13214403.1382079/150‑1 (MQ=60)
NTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACA > SRR13214403.1956705/1‑150 (MQ=60)
GTACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACA > SRR13214403.1502126/1‑150 (MQ=60)
TACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACAC > SRR13214403.938684/1‑150 (MQ=60)
TACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACAC > SRR13214403.630891/1‑150 (MQ=60)
TACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACAC < SRR13214403.2423319/150‑1 (MQ=60)
TACCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACAC > SRR13214403.2981006/1‑150 (MQ=60)
TACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACAC < SRR13214403.3527152/150‑1 (MQ=60)
CCATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAC < SRR13214403.1613410/150‑1 (MQ=60)
ATAATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCAAACATCCAATAGTGAAGATACACACAG > SRR13214403.1770427/1‑150 (MQ=60)
AATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACACAGCA > SRR13214403.1051215/1‑150 (MQ=60)
AATATTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACACAGCA < SRR13214403.852256/150‑1 (MQ=60)
AATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCA < SRR13214403.922880/150‑1 (MQ=60)
TATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAAT > SRR13214403.3134104/1‑150 (MQ=60)
TTTTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACACAGCAATGA > SRR13214403.1784747/1‑150 (MQ=60)
NTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGA > SRR13214403.381100/1‑150 (MQ=60)
TCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAG > SRR13214403.3475663/1‑150 (MQ=60)
TCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAG > SRR13214403.2118209/1‑150 (MQ=60)
TTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATTGATCAATGATTCCTGATTTTTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACACAGCAATGAGT < SRR13214403.4479830/150‑1 (MQ=60)
CTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGT < SRR13214403.2699365/150‑1 (MQ=60)
CTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGT < SRR13214403.3693761/150‑1 (MQ=60)
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GATTCTAATGCTAGTCCTACAATCTTTTGCACCACTTTATCTTCATAAGTCAAAGCCCCCTTAATTTCTGGTTGGGTTTCCTTTGTTTTAGGAGTTTCTTTTTCTGCCATTGTTCCAAATGCTTTCATGTTTTCTTGTACCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGT > CP043523/838861‑839159
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
