Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
9427126 |
91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 217 total aligned reads displayed.
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|
ATAAATGAGTTAAAGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑T > SRR13214404.44870/1‑150 (MQ=60)
ATAAATGAGTTAAAGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑T < SRR13214404.662443/150‑1 (MQ=60)
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TAAATGAGTTAAAGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑T‑C > SRR13214404.2493368/1‑150 (MQ=60)
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TATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATGTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGATATTGAGTATAATTAGTGTTAT > SRR13214404.1295439/1‑150 (MQ=60)
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CTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTA > SRR13214404.4638691/1‑150 (MQ=60)
TACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTAC < SRR13214404.2424347/150‑1 (MQ=60)
TACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTAC > SRR13214404.1427189/1‑150 (MQ=60)
ACAGTTCATAAAATACATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACA < SRR13214404.2500154/150‑1 (MQ=60)
CAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAA > SRR13214404.2438245/1‑150 (MQ=60)
AGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAAT < SRR13214404.2456748/150‑1 (MQ=60)
GTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATT > SRR13214404.2066874/1‑150 (MQ=60)
ATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGT > SRR13214404.2551727/1‑150 (MQ=60)
ATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGT > SRR13214404.2551791/1‑150 (MQ=60)
TAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTC > SRR13214404.1359764/1‑150 (MQ=60)
TAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTC < SRR13214404.340160/150‑1 (MQ=60)
AAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGA > SRR13214404.2899051/1‑150 (MQ=60)
AATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAA > SRR13214404.627249/1‑150 (MQ=58)
AATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGCAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAA > SRR13214404.1615378/1‑150 (MQ=56)
ATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAA > SRR13214404.2543713/1‑150 (MQ=56)
ATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAA < SRR13214404.1065487/150‑1 (MQ=56)
CATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGA > SRR13214404.3416179/1‑150 (MQ=51)
CATGTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGA > SRR13214404.1165099/1‑150 (MQ=51)
GTCACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAAT > SRR13214404.1631145/1‑150 (MQ=46)
ACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑A > SRR13214404.2714020/1‑150 (MQ=46)
ACTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑A > SRR13214404.2762784/1‑150 (MQ=46)
CTACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑AT > SRR13214404.1540966/1‑150 (MQ=47)
ACGATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑ATAT > SRR13214404.649758/1‑150 (MQ=45)
GATATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑ATATat > SRR13214404.2095673/1‑148 (MQ=42)
TATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑ATATatta > SRR13214404.3091035/1‑146 (MQ=38)
TATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑ATATatta > SRR13214404.3508633/1‑146 (MQ=38)
TATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑ATATatta > SRR13214404.1190792/1‑146 (MQ=38)
TATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑ATATatta > SRR13214404.2509926/1‑146 (MQ=38)
ATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑ATATattat > SRR13214404.73190/1‑145 (MQ=36)
ATGGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑ATATattat > SRR13214404.744402/1‑145 (MQ=36)
GGATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAAATATATTATGG > SRR13214404.3061317/1‑150 (MQ=31)
GATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAAATATATTATGGC > SRR13214404.3080373/1‑150 (MQ=29)
ATTTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAAATATATTATGGCA < SRR13214404.812947/150‑1 (MQ=27)
TTTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAAATATATTATGGCAAA > SRR13214404.3283812/1‑150 (MQ=28)
TTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAAATATATTATGGCAAAT > SRR13214404.3238085/1‑150 (MQ=28)
TTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAAATATATTATGGCAAAT > SRR13214404.1571943/1‑150 (MQ=28)
TTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAAATATATTATGGCAAAT > SRR13214404.1571708/1‑150 (MQ=28)
TTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAAATATATTATGGCAAAT > SRR13214404.551177/1‑150 (MQ=28)
TTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAAATATATTATGGCAAAT > SRR13214404.551007/1‑150 (MQ=28)
TTATTAA‑TCAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAAATATATTATGGCAAAT > SRR13214404.2813615/1‑150 (MQ=28)
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ATAAATGAGTTAAAGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCATTACGATATGGATTTTATTAA‑T‑GGAGAGTAGTTTGACATTGACTATAATTAGTGTTATTATGAAGAAGTAAATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATGAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑ATATTATGGCAAAT > CP043523/1848012‑1848300
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
