Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A1 F250 I1 R1
|
466 |
525.0 |
9216842 |
90.5% |
8341242 |
150.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 511 total aligned reads displayed.
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|
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TAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACG > SRR13214403.3133317/1‑150 (MQ=60)
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CTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCTCCTATAATCGGGTATCGATTTTTTTggcgaccaccg < SRR13214403.4204885/150‑12 (MQ=60)
TCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCTCCTATAATCGGGTATCGATTTTTTTCGAGATAATCCA < SRR13214403.4438416/150‑1 (MQ=60)
TTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACACAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCCCCTATAATTGGGTATCGATTTTTTTCGAAATAATCCAT > SRR13214403.1457992/1‑150 (MQ=60)
CTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCTCCTATAATCGGGTATCGATTTTTTTCGAGATAATCCAT < SRR13214403.1188589/150‑1 (MQ=60)
TTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACACAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCCCCTATAATTGGGTATCGATTTTTTTCGAAATAATCCATT > SRR13214403.3113957/1‑150 (MQ=60)
TTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCTCCTATAATCGGGTATCGATTTTTTTCGAGATAATCCATTG < SRR13214403.823946/150‑1 (MQ=60)
TAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCTCCTATAATCGGGTATCGATTTTTTTCGAGATAATCCATTGA > SRR13214403.2663802/1‑150 (MQ=60)
TAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCTCCTATAATCGGGTATCGATTTTTTTCGAGATAATCCATTGA > SRR13214403.1920791/1‑150 (MQ=60)
TAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACACAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCccctttaattggtttgacctttaattttattgctatttttgt < SRR13214403.792627/150‑43 (MQ=60)
TAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACACAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCCCCTATAATTGGGTATCGATTTTTTTCGAAATAATCCATTGA > SRR13214403.3495121/1‑150 (MQ=60)
atggatcaacacgctgtgcttggaaaagagtgtagatctcggtggtcgccgtatcatCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCTCCTATAATCGGGTATCGATTTTTTTCGAGATAATCCATTGAT > SRR13214403.2072792/58‑150 (MQ=60)
AAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACACAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCCCCTATAATTGGGTATCGATTTTTTTCGAAATAATCCATTGATCC < SRR13214403.1601639/150‑1 (MQ=60)
AAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACACAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCCCCTATAATTGGGTATCGATTTTTTTCGAAATAATCCATTGATCC < SRR13214403.3031485/150‑1 (MQ=60)
AATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCTCCTATAATCGGGTATCGATTTTTTTCGAGATAATCCATTGATCCC > SRR13214403.3098291/1‑150 (MQ=60)
AATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACACAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCCCCTATAATTGGGTATCGATTTTTTTCGAAATAATCCATTGATCCC > SRR13214403.1571378/1‑150 (MQ=60)
ATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCTCCTATAATCGGGTATCGATTTTTTTCGAGATAATCCATTGATCCCT > SRR13214403.3027146/1‑150 (MQ=60)
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GACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACACAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCCCCTATAATTGGGTATCGATTTTTTTCGAAATAATCCATTGATCCCTCCT < SRR13214403.1636247/150‑1 (MQ=60)
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ACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCTCCTATAATCGGGTATCGATTTTTTTCGAGATAATCCATTGATCCCTCCTA > SRR13214403.3842744/1‑150 (MQ=60)
CCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCTCCTATAATCGGGTATCGATTTTTTTCGAGATAATCCATTGATCCCTCCTAT < SRR13214403.513909/150‑1 (MQ=60)
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TAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACACAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCCCCTATAATTGGGTATCGATTTTTTTCGAAATAATGCATTGATCCCTCCTACATAACA > SRR13214403.3435998/1‑150 (MQ=60)
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AATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCTCCTATAATCGGGTATCGATTTTTTTCGAGATAATCCATTGATCCCTCCTATATAACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTT < SRR13214403.2406584/150‑1 (MQ=60)
AATCCAATAGTGAAGATACACACAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCCCCTATAATTGGGTATCGATTTTTTTCGAAATAATCCATTGATCCCTCCTACATAACACGTTGGCGTTTAGGGTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTT > SRR13214403.4318268/1‑150 (MQ=60)
ATCCAATAGTGAAGATACACACAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCCCCTATAATTGGGTATCGATTTTTTTCGAAATAATCCATTGATCCCTCCTACATAACACGTTGGCGTTTAGGGTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTA < SRR13214403.4543649/150‑1 (MQ=60)
ATCCAATAGTGAAGATACACACAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCCCCTATAATTGGGTATCGATTTTTTTCGAAATAATCCATTGATCCCTCCTACATAACACGTTGGCGTTTAGGGTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTA < SRR13214403.4600664/150‑1 (MQ=60)
TCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCTCCTATAATCGGGTATCGATTTTTTTCGAGATAATCCATTGATCCCTCCTATATAACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTAC > SRR13214403.2006890/1‑150 (MQ=60)
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TAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCTCCTATAATCGGGTATCGATTTTTTTCGAGATAATCCATTGATCCCTCCTATATAACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAA < SRR13214403.117168/150‑1 (MQ=60)
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AAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCTCCTATAATCGGGTATCGATTTTTTTCGAGATAATCCATTGATCCCTCCTATATAACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTA < SRR13214403.4124967/150‑1 (MQ=60)
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CACACAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCCCCTATAATTGGGTATCGATTTTTTTCGAAATAATCCATTGATCCCTCCTACATAACACGTTGGCGTTTAGGGTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTA > SRR13214403.2720984/1‑150 (MQ=60)
ACACAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCCCCTATAATTGGGTATCGATTTTTTTCGAAATAATCCATTGATCCCTCCTACATAACACGTTGGCGTTTAGGGTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTAT < SRR13214403.631200/150‑1 (MQ=60)
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CCATAATATTCTCCTTTTATAATGTTATTTACGATTTATAAATAGATCAATGATTCCTGTCCTCTTTAAAAATAGACCAATATAAATTCCTAATCCAATTAAAAATAAAACCAGAATCATTTTCCAAAATCCAATAGTGAAGATACACAGAGCAATGAGTGCACCTACGATTCCTCCTATAATCGGGTATCGATTTTTTTCGAGATAATCCATTGATCCCTCCTATATAACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTT > CP043523/839000‑839298
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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |