Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F250 I1 R1
|
466 |
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90.5% |
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150.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 303 total aligned reads displayed.
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|
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TCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGT > SRR13214403.1379911/1‑150 (MQ=2)
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CCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagatacttcacggtt > SRR13214403.3092305/1‑122 (MQ=60)
CCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagatacttcacggtt > SRR13214403.1330124/1‑122 (MQ=60)
CCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTT > SRR13214403.489720/1‑150 (MQ=0)
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ATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgggatacttcgcggttcg > SRR13214403.2270674/1‑120 (MQ=60)
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TTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGAT > SRR13214403.3886120/1‑150 (MQ=60)
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CTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTagctcaatgaggctattgagatacttcgcggttcgatgc > SRR13214403.3903797/1‑111 (MQ=60)
CTTCGGTTCTTTTTGTATATGCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagatacttcgcggttcgatgc < SRR13214403.3376551/150‑35 (MQ=60)
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TGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTAT > SRR13214403.447977/1‑150 (MQ=60)
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ATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAA > SRR13214403.1601599/1‑150 (MQ=60)
ATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAA < SRR13214403.3141519/150‑1 (MQ=60)
ATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAA > SRR13214403.1999139/1‑150 (MQ=60)
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TTAACACCTTAATTATGCTGATATCCTCCGTAAACCTTAAATTTCAAGCAATACCGAAAAACCGAAGAGCTTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATGCCTCGAATAGTCTCCATGCCCTTTATCGTGGTTGAGGCAGTACGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCTATTAGATTGTTAAGGTATTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAT > CP043523/1882357‑1882603
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |