Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
80 |
267.1 |
3493306 |
94.4% |
3297680 |
232.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002745 |
1,831,540 |
A→C |
K135Q (AAG→CAA) |
arsB → |
arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002745 | 1,831,540 | 0 | A | C | 76.8%
| 2733.5
/ inf
| 1083 | K135Q (AAG→CAA) | arsB | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (122/129); new base C (372/460); total (494/589) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.79e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 |
Only 100 of 1084 total aligned reads displayed.
GCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAGTAGAATGATTATACCTAATTTATTCTCGCTTTTAGCAAGTATTATAGTATTGTGGTTATATTTTAGAAAGGCGATACCTAAAACGTTTGATGATAATAAT > NC_002745/1831309‑1831773
|
cTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGc < 1:681928/234‑1 (MQ=255)
tCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGc < 2:1437681/234‑1 (MQ=255)
tCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGc < 1:179296/234‑1 (MQ=255)
tCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGt > 2:1283886/1‑234 (MQ=255)
tCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGt > 2:1514852/1‑234 (MQ=255)
tCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGt > 1:1215712/1‑234 (MQ=255)
tCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGt > 2:302083/1‑234 (MQ=255)
aaTATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTtat > 2:371770/1‑234 (MQ=255)
aaTATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTtat < 2:418706/234‑1 (MQ=255)
aaTATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGCCTGCGATACATATGGTTAAGGCTTCAAACGGTAATGGTTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTGGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCTTCTTTATTATTGATAGTGGTTTtat > 2:194966/1‑234 (MQ=255)
atatTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTtatt < 1:814818/234‑2 (MQ=255)
atatTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTtata > 2:396272/1‑234 (MQ=255)
atTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGc < 1:1006016/234‑1 (MQ=255)
atTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGc < 2:929392/234‑1 (MQ=255)
atTAGATGAAATTGGTGTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGc < 2:1545667/234‑1 (MQ=255)
gATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTA‑TCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGata < 1:1032045/234‑3 (MQ=255)
atgaaattGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGata < 2:1224412/228‑3 (MQ=255)
gaaattGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTtatt < 2:1611099/221‑2 (MQ=255)
aaattGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGatacta < 1:340832/231‑3 (MQ=255)
tggttgttttgAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAGACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatc < 1:241018/224‑1 (MQ=255)
tGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGc > 2:1168941/1‑222 (MQ=255)
tGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatc < 1:1296923/234‑1 (MQ=255)
gATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAATTGGTTTAAAAATGCTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAActtctt > 2:638974/1‑234 (MQ=255)
tttttgAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatc > 1:1133230/6‑229 (MQ=255)
gAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatcacttccctta < 1:1370949/234‑11 (MQ=255)
gAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTg > 1:434809/1‑234 (MQ=255)
tCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCt < 2:1189664/234‑1 (MQ=255)
gtcaaggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAATTTAGTTAat > 2:1468275/7‑234 (MQ=255)
tcatgcttcaAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAatat > 1:477417/1‑234 (MQ=255)
caaggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatat > 1:411089/5‑234 (MQ=255)
caaggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTACTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatat > 1:612269/5‑234 (MQ=255)
caaggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTACCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatat > 2:1104669/5‑234 (MQ=255)
aggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcg < 1:545706/232‑3 (MQ=255)
aggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcg < 1:215182/232‑3 (MQ=255)
ggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgt > 2:1327448/2‑231 (MQ=255)
cttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgttt > 2:468870/1‑229 (MQ=255)
cttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgttt > 1:1663834/1‑229 (MQ=255)
cttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTGCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgttt < 2:1066925/234‑6 (MQ=255)
ttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgtttn > 1:1320027/1‑228 (MQ=255)
caAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgtttctg < 1:89173/234‑9 (MQ=255)
acggtaaTGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcg < 1:998891/220‑3 (MQ=255)
acggtaaTGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTctgcag > 1:1446871/6‑232 (MQ=255)
acggtaaTGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTctgcag > 1:1484597/6‑232 (MQ=255)
gtaaTGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGatt < 2:265682/232‑1 (MQ=255)
taaTGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGatta < 1:591639/233‑1 (MQ=255)
taaTGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGatta < 1:267488/233‑1 (MQ=255)
aaaTGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGatta < 2:557684/234‑1 (MQ=255)
ggcttAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGATTActtc < 1:51558/231‑2 (MQ=255)
cttAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGATTActtcga < 1:1112969/233‑4 (MQ=255)
aaaaaTGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGATTActtcgatat < 1:1628980/234‑7 (MQ=255)
aaaaaTGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGATTActtcgatat < 2:21694/234‑7 (MQ=255)
aaaTGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGATTActtcgatattg < 1:140194/234‑9 (MQ=255)
aaaTGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGATTActtcgatattg > 1:1596895/1‑226 (MQ=255)
aaaTGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGCTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAg > 1:305771/1‑234 (MQ=255)
aTGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGATTActtcgatattgga > 2:1387646/1‑224 (MQ=255)
ttgTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGATTACTTCGATATTGGAttta < 2:82384/232‑3 (MQ=255)
ttgTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGATTACTTCGATATTGGAttta < 2:1634151/232‑3 (MQ=255)
gTTTTTATTATGTTACTTGGGGCACTTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGATTACTTCGATATTGGAtttatt > 2:148828/1‑230 (MQ=255)
cttggggcaaTTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGATTACTTCGATATTGGATTTATTGAATATTTtagc < 1:569984/222‑2 (MQ=255)
tggggcaaTTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGATTACTTCGATATTGGATTTATTGAATATTTTAGCCGAAt < 1:1169442/227‑1 (MQ=255)
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|
GCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAGTAGAATGATTATACCTAATTTATTCTCGCTTTTAGCAAGTATTATAGTATTGTGGTTATATTTTAGAAAGGCGATACCTAAAACGTTTGATGATAATAAT > NC_002745/1831309‑1831773
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
