Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
14 |
235.7 |
2988774 |
96.5% |
2884166 |
232.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 679 total aligned reads displayed.
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|
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tgctatcattacaggagtcGTAAGTCTTTCTGATGTATTAGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCAACTTTAACTTTTGTGGCTGTTATTCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATC < SRR12793241.275506/231‑1 (MQ=22)
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattaGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCAACTTTAACTTTTGTGGCTGTTATTCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATC < SRR12793241.2337727/210‑1 (MQ=22)
nnnnnnnnnnnnnnnagtcGTAAGTCTTTCTGATGTATTAGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCAACTTTAACTTTTGTGGCTGTTATTCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATC < SRR12793241.1479427/231‑1 (MQ=22)
nnnnnncattacaggagtcGTAAGTCTTTCTGATGTATTAGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCAACTTTAACTTTTGTGGCTGTTATTCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATC < SRR12793241.833694/231‑1 (MQ=22)
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tcattacaggagtcGTAAGTCTTTCTGATGTATTAGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCAACTTTAACTTTTGTGGCTGTTATTCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAAN > SRR12793241.301136/15‑250 (MQ=23)
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cattacaggagtcGTAAGTCTTTCTGATGTATTAGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCAACTTTAACTTTTGTGGCTGTTATTCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCCATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACG > SRR12793241.1148300/14‑250 (MQ=30)
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cattacaggagtcGTAAGTCTTTCTGATGTATTAGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCAACTTTAACTTTTGTGGCTGTTATTCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACG > SRR12793241.1027671/14‑250 (MQ=25)
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nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgatacatatggtcaaggcttcaaacggtaatggcttaaaaatgtttgtttttattatgttacttggggcaattgtagcaGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTG < SRR12793241.1593530/46‑1 (MQ=60)
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tcgtaagtctttctgatgtattagaagtaacaggtattgtttggaatgcaactttagcttttgtggctgtttttcttatttcattaatattagatgaaattggtttttttgaatggtctgcgatacatatggtcaaggcttcaaacggtaattgcttaaaaatgtttgtttttattatgttacttggggcaattttagcaGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATT > SRR12793241.89092/201‑250 (MQ=60)
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atgcaactttaacttttgtggctgttattcttatttcattaatattagatgaaattggtttttttgaatggtctgcgatacatatggtcaaggcttcaaacggtaatggcttaaaaatgtttgtttttattatgttacttggggcaattgtagcaGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTaaggaatctaggatttaatcaaaaagtgattttccn > SRR12793241.105650/156‑214 (MQ=60)
actttaacttttgtggctgttattcttatttcattaatattagatgaaattggtttttttgaatggtctgcgatacatatggtcaaggcttcaaacggtaatggcttaaaaatgtttgtttttattatgttacttggggcaattgtagcaGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTaaggaatctaggatttaatcaaaaagtgattttccccttta > SRR12793241.826573/151‑209 (MQ=60)
acttttgtggctgttattcttatttcattaatattagatgaaattggtttttttgaatggtctgcgatacatatggtcaaggcttcaaacggtaatggcttaaaaatgtttgtttttattatgttacttggggcaattgtagcaGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTaaggaatctaggatttaatcaaaaagtgattttcccctttattattg < SRR12793241.352408/106‑48 (MQ=60)
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ttttgtggctgttattcttatttcattaatattagatgaaattggtttttttgaatggtctgcgatacatatggtcaaggcttcaaacggtaatggcttaaaaatgtttgtttttattatgttacttggggcaattgtagcaGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTaaggaatctaggatttaatcaaaaagtgattttcccctttattattgcc < SRR12793241.720194/108‑50 (MQ=60)
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tggctgttattcttatttcattaatattagatgaaattggtttttttgaatggtctgcgatacatatggtcaaggcttcaaacggtaatggcttaaaaatgtttgtttttattatgttacttggggcaattgtagcaGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTaaggaatctaggatttaatcaaaaagtgattttcccctttattattgccagtgg < SRR12793241.2232775/113‑55 (MQ=60)
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tattcttatttcattaatattagatgaaattggtttttttgaatggtctgcgatacatatggtcaaggcttcaaacggtaatggcttaaaaatgtttgtttttattatgttacttggggcaattgtagcaGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTaaggaatctaggatttaatcaaaaagtgattttcccctttattattgccagtggttttatt < SRR12793241.625819/120‑62 (MQ=60)
nnnnnnnnnnnATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAG < SRR12793241.471171/239‑1 (MQ=60)
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nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgaatggtctgcgatacatatggtcaaggcttcaaacggtaatggcttaaaaatgtttgtttttattatgttacttggggcaattgtagcaGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTaaggaatctaggatttaatcaaaaagtgattttcccctttattattgccagtggttttattgctgatactac < SRR12793241.1473229/131‑73 (MQ=60)
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ggggcaattgtagcaGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTaaggaatctaggatttaatcaaaaagtgattttcccctttattattgccagtggttttattgctgatactacatcacttcccttaattgtaagtaacttagttaatatcgtttctgcagattacttcgatattggatttattgaatattttagccgaatgatcattcctaatatat > SRR12793241.29112/16‑74 (MQ=60)
gggcaattgtagcaGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn > SRR12793241.1545630/15‑68 (MQ=60)
nnnnnnngtagcaGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTaaggaatctaggatttaatcaaaaagtgattttcccctttattattgccagtggttttattgctgatactacatcacttcccttaattgtaagtaacttagttaatatcgtttctgcagattacttcgatattggatttattgaatattttagccgaatgatcattcctaatatattc < SRR12793241.228367/237‑179 (MQ=60)
NGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTaaggaatctaggatttaatcaaaaagtgattttcccctttattattgccagtggttttattgctgatactacatcacttcccttaattgtaagtaacttagttaatatcgtttctgcagattacttcgatattggatttattgaatattttagccgaatgatcattcctaatatattc < SRR12793241.759877/250‑179 (MQ=60)
tagcaGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTaaggaatctaggatttaatcaaaaagtgattttcccctttattattgccagtggttttattgctgatactacatcacttcccttaattgtaagtaacttagttaatatcgtttctgcagattacttcgatattggatttattgaatattttagccgaatgatcattcctaatatattctctctgat < SRR12793241.669152/245‑187 (MQ=60)
NCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTaaggaatctaggatttaatcaaaaagtgattttcccctttattattgccagtggttttattgctgatactacatcacttcccttaattgtaagtaacttagttaatatcgtttctgcagattacttcgatattggatttattgaatattttagccgaatgatcattcctaatatattctctctgattg < SRR12793241.2182766/250‑189 (MQ=60)
NNCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTaaggaatctaggatttaatcaaaaagtgattttcccctttattattgccagtggttttattgctgatactacatcacttcccttaattgtaagtaacttagttaatatcgtttctgcagattacttcgatattggatttattgaatattttagccgaatgatcattcctaatatattctctctgattgct < SRR12793241.1785069/250‑191 (MQ=60)
nnnnnnnnnnnnnnnGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAGTAGAATGATTATACCTAATTTATTCTCGCTTTTAGCAAGTATTATAG < SRR12793241.1005131/235‑1 (MQ=60)
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nnnnnnnngtGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTaaggaatctaggatttaatcaaaaagtgattttcccctttattattgccagtggttttattgctgatactacatcacttcccttaattgtaagtaacttagttaatatcgtttctgcagattacttcgatattggatttattgaatattttagccgaatgatcattcctaatatattctctctgattgctagtattctcgtt < SRR12793241.1770784/240‑203 (MQ=60)
AAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTaaggaatctaggatttaatcaaaaagtgattttcccctttattattgccagtggttttattgctgatactacatcacttcccttaattgtaagtaacttagttaatatcgtttctgcagattacttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn > SRR12793241.1795049/1‑48 (MQ=60)
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TGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTaaggaatctaggatttaatcaaaaagtgattttcccctttattattgccagtggttttattgctgatactacatcacttcccttaattgtaagtaacttagttaatatcgtttctgcagattacttcgatattggatttattgaatattttagccgaatgatcattcctaatatattctctctgattgctagtattctcgtttta > SRR12793241.410135/1‑45 (MQ=60)
TGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAGTAGAATGATTATACCTAATTTATTCTCGCTTTTAGCAAGTATTATAGnnnnn > SRR12793241.440723/1‑245 (MQ=60)
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GCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAGTAGAATGATTATACCTAATTTATTCTCGCTTTTAGCAAGTATTATAGTATTGTGGTTATATT > SRR12793241.1504332/1‑250 (MQ=60)
GCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAGTAGAATGATTATACCTAATTTATTCTCGCTTTTAGCAAGTATTATAGTATTGTGGTTATATT > SRR12793241.1334125/1‑250 (MQ=60)
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ATTGCTGTTATTACTGGTGTTGTAAGTTTTTCCGATGTTTTCGAAGTAACAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAGTAGAATGATTATACCTAATTTATTCTCGCTTTTAGCAAGTATTATAGTATTGTGGTTATATT > NC_002745/1831243‑1831735
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
