Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R2
|
775 |
327.3 |
10718052 |
97.2% |
10417946 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,660,178 |
+C |
coding (314/351 nt) |
ynfA ← |
YnfA family protein |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,660,174 | 1 | . | C | 97.1%
| 662.8
/ 10.5
| 208 | coding (318/351 nt) | ynfA | YnfA family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/2); new base C (81/121); total (85/123) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
TCGAAAAAAGCCGGAGTGATCACAAAAAAAGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCTTACGTGCG‑C‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGCCACATCAACGCCGTGCAGACATAAACGCCACCATAAG > NZ_CP025268/1660035‑1660307
|
cGAAAAAAGCCGGAGTGATCACAAAAAAAGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTgcg‑c > 1:5133164/1‑140 (MQ=255)
gAAAAAAGCCGGAGTGATCACAAAAAAAGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCG‑c‑c > 1:3484963/1‑140 (MQ=255)
gAAAAAAGCCGGAGTGATCACAAAAAAAGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCG‑c‑c > 1:2908028/1‑140 (MQ=255)
gAAAAAAGCCGGAGTGATCACAAAAAAAGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCG‑c‑c > 1:2298743/1‑140 (MQ=255)
aaaaaGCCGGAGTGATCACAAAAAAAGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTTACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCG‑c‑c‑c‑c < 2:4964087/140‑1 (MQ=255)
aaaaaGCCGGAGTGATCACAAAAAAAGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATCCCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTCTGTTCCTACGTGCG‑c‑c‑c‑c < 1:3236444/140‑1 (MQ=255)
aaaGCCGGAGTGATCACAAAAAAAGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCG‑c‑c‑c‑cca < 1:4380783/140‑3 (MQ=255)
gCCGGAGTGATCACAAAAAAAGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCG‑c‑c‑c‑ccagcc < 1:2530714/140‑6 (MQ=255)
gCCGGAGTGATCACAAAAAAAGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCG‑c‑c‑c‑ccagcc < 1:3826422/140‑6 (MQ=255)
gCCGGAGTGATCACAAAAAAAGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCG‑c‑c‑c‑ccagcc > 2:5192067/1‑135 (MQ=255)
gCCGGAGTGATCACAAAAAAAGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCG‑c‑c‑c‑ccagcc > 2:1270341/1‑135 (MQ=255)
ccGGAGTGATCACAAAAAAAGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGccc > 2:1336281/1‑140 (MQ=255)
tGATCACAAAAAAAGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGcaaca < 1:484635/140‑1 (MQ=255)
tGATCACAAAAAAAGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGcaaca < 1:176643/140‑1 (MQ=255)
cacaAAAAAAGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGa > 2:3335910/1‑140 (MQ=255)
aaaaaaaGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCa < 1:3636622/140‑1 (MQ=255)
aaaaaaaGGCGTATATTTGCGCTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCa < 1:77717/140‑1 (MQ=255)
ttGAGCTGTGAATGGTTGACAACAGATGAAATAGAATCCCTTTTGCCAGCTGACCCTTCCACTTATCTTATTGATAAAATGGCTTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAgcgc < 2:1386524/140‑1 (MQ=255)
cgccatgtaAATGCTTGACAAAAGCAGACACAGAATACATCTTAAAAGCCGACACCTCCTCTAATCTTACTGATAAAACGGATTAAAGTTCCTACGTGCG‑C‑CAC‑A‑AGCCCGCAACAACGATCAACATGCCGCAAAGCGCa < 2:161287/135‑1 (MQ=255)
gcgcTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATGTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGGGCaa > 2:3832303/1‑140 (MQ=255)
cgcTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAAt > 1:4507921/1‑140 (MQ=255)
cgcTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAAt > 1:1892912/1‑140 (MQ=255)
cTGTGAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCa > 1:141298/1‑140 (MQ=255)
gtgAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAAc > 1:2148974/1‑140 (MQ=255)
gtgAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAAc > 1:5241751/1‑140 (MQ=255)
tgAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACg > 1:834100/1‑140 (MQ=255)
tgAATGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACg > 1:5012742/1‑140 (MQ=255)
tGGTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCAcc < 2:1631754/140‑1 (MQ=255)
gTTGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCg > 1:3732428/1‑140 (MQ=255)
tGACAACAGATGAAACAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTc < 2:3821604/140‑1 (MQ=255)
tGACAAAAGATGAAATAGCATACCTTTTGTCAGCTGACCCTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGAAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCCCAATCAACGAACCCGTc < 2:560459/140‑1 (MQ=255)
tGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTc < 2:3667471/140‑1 (MQ=255)
tGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTc < 1:1672661/140‑1 (MQ=255)
tGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTc < 1:1454882/140‑1 (MQ=255)
tGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTc < 1:133731/140‑1 (MQ=255)
tGACAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCACTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCACCGAACCCGTc < 2:626005/140‑1 (MQ=255)
tGACAAAAGATGAAATAGAATACCCTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGAAAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTc < 2:1981245/140‑1 (MQ=255)
aCAAAAGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCa > 2:915553/1‑140 (MQ=255)
aGATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCAt > 1:1595858/1‑140 (MQ=255)
gATGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCATACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATa < 2:4934205/140‑1 (MQ=255)
aaTGAAATAGAATCCCTTCTGCCAGCTGACATTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATCTATGTCACTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAAGAATGAGCAACATGCCGCAAAGCGCAATCATCGCACCCGACCAGTCATa < 2:4364332/139‑1 (MQ=255)
aTGAAATAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATaa > 1:2629361/1‑140 (MQ=255)
aaTAGAATCCGTTTTGTCAGCTGACACTTCCTATTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCG‑C‑C‑CTC‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCAGCAAAGCGCAACCAACGCACCCGTACAGTCATAAagag > 2:1166015/1‑140 (MQ=255)
aaTAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTc > 1:200521/1‑127 (MQ=255)
aTAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGt < 2:203766/140‑1 (MQ=255)
aTAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGt < 1:964952/140‑1 (MQ=255)
aTAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGt < 1:3429365/140‑1 (MQ=255)
aTAGAATACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGt < 1:415619/140‑1 (MQ=255)
aaTACCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTACTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACGCGTCCAGTCATACAGAGTCAGt > 2:2812154/1‑140 (MQ=255)
aTACCTTTAGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACATTCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATAATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGtt > 2:2207730/1‑140 (MQ=255)
aCCTTTTGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTc < 2:4655000/140‑1 (MQ=255)
ttttGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAACATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAATGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGCCAGTTTCACg > 2:3720677/1‑140 (MQ=255)
ttttGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACg < 1:5230712/140‑1 (MQ=255)
ttttGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACg < 1:2706988/140‑1 (MQ=255)
tttGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGc < 1:3001368/140‑1 (MQ=255)
tttGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTAATGTTGCTACGTGCG‑C‑C‑C‑CAAGCCCGCAACAATGATCAAGATGCCGCAAAGCGCAATAAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGCTTAACGc > 2:4546563/1‑140 (MQ=255)
tGTCAGCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCa > 2:1047279/1‑140 (MQ=255)
gCTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCcac > 2:1323146/1‑140 (MQ=255)
cTGACACTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCcaca > 2:2387206/1‑140 (MQ=255)
acacTTCCTCGTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAAcg < 2:1856733/140‑1 (MQ=255)
cacTTCCTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAAcgc > 1:4851333/1‑140 (MQ=255)
ccTCTTATCTTATTGATCAAATGGATCTATCTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑CGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGc < 2:1805769/140‑1 (MQ=255)
ccTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGCGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGc < 2:291966/140‑1 (MQ=255)
ccTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGc < 1:4032977/140‑1 (MQ=255)
ccTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGc < 1:307533/140‑1 (MQ=255)
ccTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGc < 1:3741798/140‑1 (MQ=255)
ccTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGc < 2:1172614/140‑1 (MQ=255)
ccTCTTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGc < 2:2524605/140‑1 (MQ=255)
ctctTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGcc > 2:1490383/1‑140 (MQ=255)
ctctTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGc > 1:3562707/1‑139 (MQ=255)
ctctTATCTTATTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGc < 2:3562707/139‑1 (MQ=255)
tatTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGCCACATCAACg < 1:3919786/140‑1 (MQ=255)
tatTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGCCACATCAACg < 2:2690547/140‑1 (MQ=255)
tatTGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAAAAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGCCACATCAACg < 1:664361/140‑1 (MQ=255)
ttGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGCCACATCAACGcc > 1:1130693/1‑140 (MQ=255)
ttGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGCCACATCAACGcc > 1:3582203/1‑140 (MQ=255)
ttGATAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGGCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGCCACATCAACGcc > 2:5327294/1‑140 (MQ=255)
aTAAAATGTATTTATGCTCCGACGAGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAATGCTCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATGAAGAGTCCGTTTCACGCCATCCACAACGCGGAGCCTCATGCACGCCGTg < 2:3497186/140‑1 (MQ=255)
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aTAAAATGGATTTATGTTCCTACGTGCGCC‑C‑C‑C‑AGCCCGCAACAATGATCAACATGCCGCAAAGCGCAATCAACGCACCCGTCCAGTCATAAAGAGTCAGTTTCACGCCATCCACAACGCGCAGCCACATCAACGCCGTg < 1:1009966/140‑1 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |