Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R2
|
775 |
327.3 |
10718052 |
97.2% |
10417946 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
3,269,697 |
G→A |
G200S (GGT→AGT) |
yhaC → |
YhaC family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 3,269,697 | 0 | G | A | 100.0%
| 268.2
/ NA
| 71 | G200S (GGT→AGT) | yhaC | YhaC family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (37/34); total (37/34) |
TCTCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTGGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGA > NZ_CP025268/3269562‑3269827
|
tctctGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTc < 1:4103979/140‑1 (MQ=255)
tctGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCaa > 2:822387/1‑140 (MQ=255)
tctGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCaa > 2:1791799/1‑140 (MQ=255)
tctGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCaa > 2:1792641/1‑140 (MQ=255)
gACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAAcaca < 1:4380057/140‑1 (MQ=255)
gACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAAcaca < 1:4379988/140‑1 (MQ=255)
aCGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACg > 2:3180863/1‑140 (MQ=255)
cGTACTGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCGAATACTATGTTAAATCCCTTTACATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTGCAGGTGAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGc > 2:2787365/1‑140 (MQ=255)
cGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGc > 1:997159/1‑140 (MQ=255)
cGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGc > 2:992950/1‑140 (MQ=255)
aTGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCcaca < 2:1335363/140‑1 (MQ=255)
aTGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCcaca < 1:1345454/140‑1 (MQ=255)
aTGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCcaca < 2:344430/140‑1 (MQ=255)
aTGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTGTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAGACGCcaca < 1:883196/140‑1 (MQ=255)
aTGTCGATGTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTGAACAAATTTTACTAATGCTGAGATGTTTCAGGTGAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCcaca > 1:3830658/1‑140 (MQ=255)
gATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGCATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAAtctc > 1:1160096/1‑140 (MQ=255)
gATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAAtctc > 1:1159470/1‑140 (MQ=255)
ttattaTGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGatt > 2:2323800/1‑140 (MQ=255)
acaGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAAt > 1:577688/1‑140 (MQ=255)
aTAAACACATTGCTAATTCTTTTCTAAATCCTTTTAAATTGAATTCATTAAATTTTACTAATGCCAATATGTTTTAGATTAATTTACTTATTTAAAGATAAAACGCCTCTATCTCCTGCACATATTTACTTAAAATAAcc > 2:927350/1‑139 (MQ=255)
tAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGc < 1:3765439/140‑1 (MQ=255)
tAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGc < 2:5008939/140‑1 (MQ=255)
tAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGc < 1:4561412/140‑1 (MQ=255)
atGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACTATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGc < 2:4153687/133‑1 (MQ=255)
atGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGc > 1:4153687/1‑133 (MQ=255)
atGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGtttt > 1:3327277/1‑140 (MQ=255)
ggCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTtaa > 1:1368984/1‑140 (MQ=255)
ggCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTtaa > 1:54506/1‑140 (MQ=255)
ggCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTtaa > 2:1459272/1‑140 (MQ=255)
gCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTtaat < 1:2323800/140‑1 (MQ=255)
gCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTtaat < 1:992950/140‑1 (MQ=255)
aTACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGc > 1:5212770/1‑140 (MQ=255)
aTACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGc > 2:1019862/1‑140 (MQ=255)
aTACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGc > 1:4356529/1‑140 (MQ=255)
aTACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGc > 1:671575/1‑140 (MQ=255)
aCTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCAt < 2:997159/140‑1 (MQ=255)
aCTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCAt < 1:822387/140‑1 (MQ=255)
aCTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCAt < 1:5209190/140‑1 (MQ=255)
ttttAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc > 1:761129/1‑140 (MQ=255)
ttttAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc < 2:761129/140‑1 (MQ=255)
ttttAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc < 2:5247452/140‑1 (MQ=255)
ttttAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc > 2:162906/1‑140 (MQ=255)
ttttAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc > 1:4085430/1‑140 (MQ=255)
ttttAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc < 1:2485711/140‑1 (MQ=255)
ttttAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc > 2:2235139/1‑140 (MQ=255)
ttttAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc > 2:2235188/1‑140 (MQ=255)
ttttAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc > 1:3074066/1‑140 (MQ=255)
ttttAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc > 1:3531913/1‑140 (MQ=255)
ttttAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGACACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc < 2:5247306/140‑1 (MQ=255)
aaTCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGatat < 1:1019862/140‑1 (MQ=255)
ttttAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTAtt > 2:2647905/1‑140 (MQ=255)
ttttAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTAtt > 1:5321108/1‑140 (MQ=255)
ttttAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTAtt > 2:3696283/1‑140 (MQ=255)
tttAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTc > 1:2210719/1‑140 (MQ=255)
aaTTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGaaaa > 2:2977561/1‑140 (MQ=255)
aaTGCCAACATGTTTCATGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAg < 1:437602/140‑1 (MQ=255)
aaTGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAg < 1:3696283/140‑1 (MQ=255)
aaTGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAg < 1:437192/140‑1 (MQ=255)
aaTGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAg < 1:3097550/140‑1 (MQ=255)
tGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAgtt > 2:4426047/1‑140 (MQ=255)
gCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAgttg > 1:2036969/1‑140 (MQ=255)
ccAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAgttgt < 1:770805/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 2:4085430/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 2:4356529/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 2:5136293/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 2:5212770/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 1:1792641/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 1:1791799/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATGTTGTTAGTTCAACCCAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 2:1968619/140‑1 (MQ=255)
ttAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGga < 2:671575/140‑1 (MQ=255)
aaTTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGgaga > 2:3532392/1‑140 (MQ=255)
|
TCTCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTGGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGA > NZ_CP025268/3269562‑3269827
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTATCCTCTCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTGGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAG > NZ_CP025268/3269556‑3269826
|
CTATCCTCTCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTACTTTTGTTAGTTCAACAC < SRR14920189.1825905/151‑1 (MQ=60)
TCTCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACG < SRR14920189.4114119/151‑1 (MQ=60)
CTCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGC > SRR14920189.999482/1‑151 (MQ=60)
GGACTTACGTAATGTCGATGTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTGAACAAATTTTACTAATGCTGAGATGTTTCAGGTGAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACA > SRR14920189.3839820/1‑151 (MQ=60)
GACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAA < SRR14920189.4390845/151‑1 (MQ=60)
GACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAA < SRR14920189.4390776/151‑1 (MQ=60)
TACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGCATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTC > SRR14920189.1162737/1‑151 (MQ=60)
TACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTC > SRR14920189.1162111/1‑151 (MQ=60)
ATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAATCATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTGTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAGACGCCACAATCTCCTGGGA < SRR14920189.885309/151‑1 (MQ=60)
ATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGA < SRR14920189.1348472/151‑1 (MQ=60)
GATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACctgtctcttatacacatctccgcgccc > SRR14920189.1819996/1‑124 (MQ=60)
ATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAAT > SRR14920189.579162/1‑151 (MQ=60)
CAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTT > SRR14920189.3335246/1‑151 (MQ=60)
CAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTT > SRR14920189.4163904/1‑151 (MQ=60)
GATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAA > SRR14920189.54696/1‑151 (MQ=60)
GATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAA > SRR14920189.1372040/1‑151 (MQ=60)
TAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATA < SRR14920189.4572729/151‑1 (MQ=60)
TAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATA < SRR14920189.3774192/151‑1 (MQ=60)
ACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGC > SRR14920189.5225635/1‑151 (MQ=60)
ACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGC > SRR14920189.673245/1‑151 (MQ=60)
ACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGC > SRR14920189.4367276/1‑151 (MQ=60)
GGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGC > SRR14920189.3081347/1‑151 (MQ=60)
GGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGC > SRR14920189.763013/1‑151 (MQ=60)
GGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGC > SRR14920189.4095486/1‑151 (MQ=60)
GGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGC > SRR14920189.3540248/1‑151 (MQ=60)
GCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCG < SRR14920189.2329105/151‑1 (MQ=60)
GCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCG < SRR14920189.995267/151‑1 (MQ=60)
ACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGT < SRR14920189.824387/151‑1 (MQ=60)
ACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGT < SRR14920189.5222051/151‑1 (MQ=60)
ATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATT > SRR14920189.5334139/1‑151 (MQ=60)
TTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTC > SRR14920189.2215831/1‑151 (MQ=60)
TTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTC < SRR14920189.2491328/151‑1 (MQ=60)
AATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAG < SRR14920189.1022221/151‑1 (MQ=60)
ATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTG > SRR14920189.2041666/1‑151 (MQ=60)
AATGCCAACATGTTTCATGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATG < SRR14920189.438724/151‑1 (MQ=60)
AATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATG < SRR14920189.438313/151‑1 (MQ=60)
AATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATG < SRR14920189.3704927/151‑1 (MQ=60)
AATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATG < SRR14920189.3104871/151‑1 (MQ=60)
CCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCC < SRR14920189.772698/151‑1 (MQ=60)
ATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAG < SRR14920189.1795893/151‑1 (MQ=60)
ATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAG < SRR14920189.1796737/151‑1 (MQ=60)
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CTATCCTCTCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTGGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAG > NZ_CP025268/3269556‑3269826
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
