Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F15 I1 R5
|
785 |
665.2 |
22963641 |
98.6% |
22642150 |
138.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
3,269,697 |
G→A |
G200S (GGT→AGT) |
yhaC → |
YhaC family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 3,269,697 | 0 | G | A | 99.1%
| 426.1
/ NA
| 113 | G200S (GGT→AGT) | yhaC | YhaC family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (57/55); minor base T (0/1); total (57/56) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTGGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGACAT > NZ_CP025268/3269564‑3269830
|
tctGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCaa > 2:1517749/1‑140 (MQ=255)
ttACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACaaaa > 1:6679600/1‑140 (MQ=255)
aCGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACg > 2:5069468/1‑140 (MQ=255)
aCGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACg > 2:176479/1‑140 (MQ=255)
cGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGc < 1:5656925/140‑1 (MQ=255)
aTTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTcc > 2:4123891/1‑140 (MQ=255)
aTTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTcc > 1:4610726/1‑140 (MQ=255)
aTTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTa > 1:5164656/1‑140 (MQ=255)
tttCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTaa > 2:5427732/1‑140 (MQ=255)
tAAACATATGTCTAATACTATTTTAAATCCCTTTAAATTGAATTCAAAAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTTGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGc < 1:9497745/140‑1 (MQ=255)
tAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGc < 1:8578024/140‑1 (MQ=255)
tAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGc < 2:6679599/140‑1 (MQ=255)
aCATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTg < 1:11426686/140‑1 (MQ=255)
ggCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTtaa > 2:4855371/1‑140 (MQ=255)
gCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTtaat < 1:8511848/140‑1 (MQ=255)
gCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTtaat < 1:4573054/140‑1 (MQ=255)
ttttAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc > 1:6457269/1‑140 (MQ=255)
tttAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCg < 1:682909/140‑1 (MQ=255)
aaTCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGatat > 2:3867431/1‑140 (MQ=255)
aaTCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGatat > 2:3986294/1‑140 (MQ=255)
tAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACAAGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCCTTAGCGATATGTATTCTg < 1:9522036/140‑1 (MQ=255)
aaTTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc < 1:2910328/120‑1 (MQ=255)
aaTTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc > 2:2910327/1‑120 (MQ=255)
aaTTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCg > 2:6979513/1‑121 (MQ=255)
aaTTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCg < 1:6979514/121‑1 (MQ=255)
aaTTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGaaaa > 2:10823547/1‑140 (MQ=255)
aaTTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGaaaa > 1:5829200/1‑140 (MQ=255)
aaTTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGaaaa > 2:9892942/1‑140 (MQ=255)
aaTTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGaaaa > 1:5399943/1‑140 (MQ=255)
ttCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGaaaaaa > 1:1593837/1‑140 (MQ=255)
aacaaATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCa > 2:6298892/1‑110 (MQ=255)
aacaaATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCa < 1:6298893/110‑1 (MQ=255)
aCTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc < 2:6043262/105‑1 (MQ=255)
tAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGc < 1:11197069/83‑1 (MQ=255)
tAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGc > 2:11197068/1‑83 (MQ=255)
aaTGCCAACATGTTTCAGGATAAGTGTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAg < 2:9007395/140‑1 (MQ=255)
tGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAgtt > 2:4560239/1‑140 (MQ=255)
gCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATg < 2:8971316/105‑1 (MQ=255)
gCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATg > 1:1129931/1‑105 (MQ=255)
gCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATg > 1:1129939/1‑105 (MQ=255)
gCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATg < 2:1129939/105‑1 (MQ=255)
gCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATg < 2:1129931/105‑1 (MQ=255)
gCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATg > 1:8971317/1‑105 (MQ=255)
aaCATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGttt > 1:1085682/1‑140 (MQ=255)
cATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGatat < 1:5330105/99‑1 (MQ=255)
cATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGatat > 2:5330104/1‑99 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 1:1517749/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 2:4610725/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 2:3510720/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 2:5399942/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 1:3986295/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 2:1593837/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 1:3947768/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa > 1:1633916/1‑140 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 1:3867432/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 1:5427733/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTACAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 2:3408078/140‑1 (MQ=255)
tGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAAt < 1:9974368/140‑1 (MQ=255)
tGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAAt < 1:1895234/140‑1 (MQ=255)
gTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAACCGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATg < 2:9179181/140‑1 (MQ=255)
tttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc < 2:845145/90‑1 (MQ=255)
tttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc > 1:845145/1‑90 (MQ=255)
tttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGt > 1:11059360/1‑118 (MQ=255)
tttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGa > 1:8606391/1‑140 (MQ=255)
tttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGa > 2:5643814/1‑140 (MQ=255)
ttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACt < 1:8973995/58‑1 (MQ=255)
ttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACt > 2:8973994/1‑58 (MQ=255)
ttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACt > 2:8974075/1‑58 (MQ=255)
ttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACt < 1:8974076/58‑1 (MQ=255)
ttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTa > 1:2317545/1‑59 (MQ=255)
ttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTa < 2:2317544/59‑1 (MQ=255)
ttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGc > 2:6509957/1‑69 (MQ=255)
ttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGc < 1:6509958/69‑1 (MQ=255)
ttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAAt < 2:8670257/137‑1 (MQ=255)
ttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAAt > 1:8670258/1‑137 (MQ=255)
tCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGc < 1:10823548/140‑1 (MQ=255)
aGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCt < 2:5164655/140‑1 (MQ=255)
aGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCt < 1:4560240/140‑1 (MQ=255)
ggTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTg > 1:4472279/1‑140 (MQ=255)
ggTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTg > 1:6244724/1‑140 (MQ=255)
gTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGattat > 1:11329531/1‑48 (MQ=255)
gTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGattat < 2:11329530/48‑1 (MQ=255)
gTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTta < 1:490815/72‑1 (MQ=255)
gTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 2:3945801/131‑1 (MQ=255)
gTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTgg > 2:4287695/1‑140 (MQ=255)
gTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTgg > 1:10545468/1‑140 (MQ=255)
gTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGNTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTgg > 1:6018694/1‑140 (MQ=255)
ttAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGga < 1:9892943/140‑1 (MQ=255)
ttAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGga < 2:10545467/140‑1 (MQ=255)
ttAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGga < 1:4287696/140‑1 (MQ=255)
aaTTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGgaga < 2:1633916/140‑1 (MQ=255)
aTTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc < 1:7323231/80‑1 (MQ=255)
aTTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc > 2:7323230/1‑80 (MQ=255)
aTTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGAc > 1:9534095/1‑140 (MQ=255)
aTTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGAc > 2:5764147/1‑140 (MQ=255)
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GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
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