Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I1 R2
|
777 |
572.4 |
18918554 |
98.5% |
18634775 |
138.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
2,033,768 |
(C)5→6 |
pseudogene (190/920 nt) |
yedA → |
drug/metabolite exporter YedA |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 2,033,763 | 1 | . | C | 96.6%
| 2116.2
/ 57.7
| 626 | pseudogene (185/920 nt) | yedA | drug/metabolite exporter YedA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (18/3); new base C (267/336); total (287/339) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 700 total aligned reads displayed.
TTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACT‑CC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCC > NZ_CP025268/2033624‑2033898
|
gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACT‑cc > 1:4504640/1‑140 (MQ=255)
gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACT‑cc > 1:156554/1‑140 (MQ=255)
gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACT‑cc > 2:7982026/1‑140 (MQ=255)
tataTCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTTCTACTGCGCGGACACAAACT‑cc‑c < 1:5616877/140‑1 (MQ=255)
atatCATTTGGGGCTCAACCTAAATTGTCCTTCGGATTGGCGAGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACT‑cc‑cc < 2:4701149/140‑1 (MQ=255)
aTTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTGAATGATGGCGTGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACT‑cc‑cc‑ccgct < 2:560802/140‑5 (MQ=255)
tttGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACT‑cc‑cc‑ccgcta > 1:7062025/1‑135 (MQ=255)
tttGGGGCTCAAACTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATTATGGCGGGCGTTCGAAACCTGGCAGCCGGTATGTTAATGCTGGCATTTTGGCTCCAGCGCGGAAACAAACT‑cc‑cc‑cagcaa > 2:8947369/1‑135 (MQ=255)
taggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTAc < 1:9265641/138‑1 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGt > 1:4244213/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGt > 1:3656751/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGt > 1:6419426/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGt > 1:6932503/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGt > 2:391605/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGt > 2:5268931/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGt > 2:7277452/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGt > 2:7770238/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGt > 1:1488860/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGt > 1:1005789/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGGATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGt > 1:1192235/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCATGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTTCTACTGCGAGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGt > 2:3134721/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGAGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACT‑CC‑CCAC‑GCTACGt > 2:6897940/1‑140 (MQ=255)
gggCTCACCCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCAGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTAATTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACCTc < 2:1944856/140‑1 (MQ=255)
gggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTc < 2:2509607/140‑1 (MQ=255)
gggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTc < 1:3064226/140‑1 (MQ=255)
gggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTGATTGCTGGCATGTTTGCTACTGCGCGGACACATACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTc < 2:4424669/140‑1 (MQ=255)
gCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCg < 1:5267025/140‑1 (MQ=255)
aaCCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGTAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGTCATTTTTGATACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCAgctgc > 2:8421301/1‑140 (MQ=255)
aaCCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCgctgc > 1:5034124/1‑140 (MQ=255)
ccTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTc < 2:4647322/140‑1 (MQ=255)
aTTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAAt > 1:8676543/1‑140 (MQ=255)
tttGTCAGTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGATAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCT‑GCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGcc < 1:8368561/140‑1 (MQ=255)
tGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCcg > 1:5768680/1‑140 (MQ=255)
gTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCTATTCCTGGAAGCCGGTATTTTCTTGCTGGCATTTTTGATACTGCGCGGACACAAACT‑CCACC‑C‑GCTACGTACTCTGCTCTATGAcga > 2:2872795/1‑139 (MQ=255)
gTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCATGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTTAGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGAcgc > 2:6148020/1‑140 (MQ=255)
cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAt < 2:7898458/140‑1 (MQ=255)
cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAt > 1:7653990/1‑140 (MQ=255)
cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAt > 1:7876340/1‑140 (MQ=255)
cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTNAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAt < 1:6249918/140‑1 (MQ=255)
cGGATAGGCGTGGAAAGATGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGATGGCATATTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAt > 2:4186967/1‑140 (MQ=255)
aTTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTgg < 1:3535320/140‑1 (MQ=255)
aTTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTgg < 1:7982026/140‑1 (MQ=255)
tGGCGTGCAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGcc < 2:6241248/140‑1 (MQ=255)
gAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGGCTGTTAtt > 2:7574570/1‑140 (MQ=255)
aGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgct < 2:8268085/140‑1 (MQ=255)
cTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGTTATTTTAGTGCTGGCATTTGTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctgg < 2:5998003/140‑1 (MQ=255)
cTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctgg < 2:1462197/140‑1 (MQ=255)
tGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTAGTGTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACAGAAACG‑CCACC‑C‑GCTAGGTCCGCTGCTCACTGCCGCGCTGATGGGGCGGTTGGTgctggc > 2:8622523/1‑140 (MQ=255)
ggCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctggct < 2:3678746/140‑1 (MQ=255)
gCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTTCGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctggctg > 1:2061158/1‑140 (MQ=255)
ccGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACT‑CC‑CC‑CAGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCgg < 1:8108439/140‑1 (MQ=255)
cGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGt > 1:5520086/1‑140 (MQ=255)
ttAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa < 1:7225132/140‑1 (MQ=255)
gatgGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCa < 1:4655640/140‑1 (MQ=255)
ggcgggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATgg > 1:1975338/1‑140 (MQ=255)
ggcgggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATgg > 1:1344632/1‑140 (MQ=255)
cgggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCcgcg < 2:4079043/98‑1 (MQ=255)
ggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGt < 2:339154/122‑1 (MQ=255)
ggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGt > 1:339154/1‑122 (MQ=255)
tCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGACCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTg > 2:5725666/1‑140 (MQ=255)
tCGATTCATGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGTCATTTTTGCTAATGCGCGGACACAAACTACA‑CA‑C‑GCTACTTCCGCTCCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTTGCACTCGGTAATGGCATGGTGACGATTg > 2:158432/1‑140 (MQ=255)
cGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGc > 2:5848223/1‑140 (MQ=255)
gATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGcc < 1:4376853/140‑1 (MQ=255)
ggCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATc > 1:5191035/1‑140 (MQ=255)
ggCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATc > 1:2480313/1‑140 (MQ=255)
ccGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTCATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAAt > 2:8176340/1‑140 (MQ=255)
ccGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAAt > 2:2191076/1‑140 (MQ=255)
ccGGTATTTTAATGCTGGCATTTTTGCAACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGATGATTGGCCTGTTATAGCAGGCTGACGGTAAATGCATGGTGACGTATTCCGACCATCAAAAt > 2:2076483/1‑140 (MQ=255)
atGCTGGCATTATTGATACTGCGCGGACACAAAAT‑CCACA‑C‑GCTAAGTCCGCTTAACAAAGCCGCGATGATTTTCCTGTTATTTCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTTCCGAACATCAAAATGTTCATTCCgg > 2:493591/2‑140 (MQ=255)
cTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGTCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCAt < 2:1342583/140‑1 (MQ=255)
cTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCAt > 1:2259742/1‑140 (MQ=255)
cTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCAt > 2:763328/1‑140 (MQ=255)
ggCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTCATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGGTCCTTCCGGCATcg > 2:2656883/1‑140 (MQ=255)
ggCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATcg < 1:5430356/140‑1 (MQ=255)
tttGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGccgccg < 1:9432576/140‑1 (MQ=255)
tGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGTTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTa < 1:3225008/140‑1 (MQ=255)
tGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTa < 2:877492/140‑1 (MQ=255)
tGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTa < 1:7416492/140‑1 (MQ=255)
tGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTa < 1:6674577/140‑1 (MQ=255)
tGCTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTa < 1:5940974/140‑1 (MQ=255)
cTACTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGt < 1:3969761/140‑1 (MQ=255)
aCTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTgg > 1:8831077/1‑140 (MQ=255)
cTGCGCGGACACAAACTCCC‑CC‑C‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGt > 1:7577669/1‑140 (MQ=255)
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GCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAA‑CTCCCCCC‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGC < SRR14920173.8030440/151‑1 (MQ=60)
TCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAA‑CTCCCCCC‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCG > SRR14920173.5802229/1‑151 (MQ=60)
CAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAA‑CTCCCCCC‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGC > SRR14920173.211388/1‑151 (MQ=60)
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CATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAA‑CTCCCCCC‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTG < SRR14920173.7674196/151‑1 (MQ=60)
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AAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAA‑CTCCCCCC‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGT > SRR14920173.5552230/1‑151 (MQ=60)
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GCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAA‑CTCCCCCC‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGG < SRR14920173.2075493/151‑1 (MQ=60)
CATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAA‑CTCCCCCC‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGT > SRR14920173.7622627/1‑151 (MQ=60)
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GCGTTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAA‑CT‑CCCCC‑GCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAG > NZ_CP025268/2033621‑2033918
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |