Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R3
|
779 |
308.9 |
10220750 |
96.7% |
9883465 |
138.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
2,033,768 |
(C)5→6 |
pseudogene (190/920 nt) |
yedA → |
drug/metabolite exporter YedA |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 2,033,763 | 1 | . | C | 97.5%
| 802.1
/ 10.8
| 246 | pseudogene (185/920 nt) | yedA | drug/metabolite exporter YedA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/2); new base C (114/125); total (119/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
TGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACT‑C‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCC > NZ_CP025268/2033625‑2033897
|
tGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACT‑c > 1:1596981/1‑140 (MQ=255)
gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACT‑c‑c > 2:2640516/1‑140 (MQ=255)
gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACT‑c‑c > 2:2165604/1‑140 (MQ=255)
gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACT‑c‑c > 1:4325141/1‑140 (MQ=255)
gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACT‑c‑c > 1:1281800/1‑140 (MQ=255)
gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTGTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACT‑c‑c > 1:3091310/1‑140 (MQ=255)
tataTCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACT‑c‑c‑c < 1:423735/140‑1 (MQ=255)
tagatCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCATCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACT‑c‑c‑c < 1:135790/137‑1 (MQ=255)
atatCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTTGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGTCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACT‑c‑c‑cc > 1:1895809/1‑140 (MQ=255)
atatCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACT‑c‑c‑cc > 1:3291455/1‑140 (MQ=255)
atatCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACT‑c‑c‑cc > 1:2173665/1‑140 (MQ=255)
atCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACT‑c‑c‑cccc < 1:2253748/140‑2 (MQ=255)
cATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACT‑c‑c‑ccccgc > 2:1582287/1‑137 (MQ=255)
ttGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTAc < 1:130503/140‑1 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTGGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGt > 2:1037040/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGTCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGt > 1:4211694/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGt > 1:367741/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGt > 2:4640815/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGt > 1:1695543/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGt > 2:138019/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGt > 1:971152/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGt > 1:1175248/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGGATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGt > 2:4523563/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGGTCGATGCCTGGCAGCCGGTATTTTAGTGCTGGGATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑TCT‑CGC‑CCCGCTACGt > 2:3655338/1‑140 (MQ=255)
gCTCACCCTGTTTTCTCATTCGGATTCGCGTGGCAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCCATCCCTGCCAGCCCGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCg < 2:1119811/140‑1 (MQ=255)
gCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCg < 2:2479037/140‑1 (MQ=255)
gCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCg < 1:1089359/140‑1 (MQ=255)
gCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCg < 1:393608/140‑1 (MQ=255)
gCTCAACATATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCg < 2:3463434/140‑1 (MQ=255)
aCCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCgctgct < 2:4917243/140‑1 (MQ=255)
aTTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAAt > 2:4653835/1‑140 (MQ=255)
ttttGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATg > 2:2541108/1‑140 (MQ=255)
gTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCcgc < 2:1225356/140‑1 (MQ=255)
gTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCcgc > 1:1035617/1‑140 (MQ=255)
gTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCcgc < 1:3723918/140‑1 (MQ=255)
cATTCGGGTTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCgcgc > 1:3957562/1‑140 (MQ=255)
cATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCgcgc > 1:4474302/1‑140 (MQ=255)
ttCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGGTGGCGGGCGTTCGATTCCTGGGAGCCGGTAGTTTATTGCTGGCGTTTTGGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTg > 2:4343933/1‑140 (MQ=255)
ttCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTg > 1:1442406/1‑140 (MQ=255)
tCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGGCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGa > 2:3057514/1‑140 (MQ=255)
tCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGa < 1:468996/140‑1 (MQ=255)
cGGATTGTCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACGGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAt > 2:4042012/1‑140 (MQ=255)
cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAt < 1:3208378/140‑1 (MQ=255)
cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAt > 1:4771430/1‑140 (MQ=255)
ttGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGc < 1:1408732/140‑1 (MQ=255)
gCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTg < 1:2410546/140‑1 (MQ=255)
gCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTg < 2:64758/140‑1 (MQ=255)
gAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTAtt > 2:2693937/1‑140 (MQ=255)
gAAAGCTGGCCTCCGGTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGGAGTTTATTGCTGGCATTTTGGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCCCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCGGATTGGCCGGTTAtt > 1:862801/1‑140 (MQ=255)
aaaGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTg > 2:227793/1‑140 (MQ=255)
cttgcttCCTTTTATGATGGCTGGCACTCTTGTGCTGGCAGGCGGTCCTTTATTGCCGTCATTTTTCTTACTGCCCGTACACAA‑CCTCC‑C‑CCCGATACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATGGGCCTGTTATTgctgg < 2:3910891/134‑1 (MQ=255)
cTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctgg > 2:580725/1‑140 (MQ=255)
ccTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGt < 1:1510609/140‑1 (MQ=255)
cGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTTCTGGCATGTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACT‑C‑CGCCCGCGACGTCCGCTGCTCAACGCCGCGCTGATTGGCGGGGTATTGCGGGCGGACGGt > 2:4994927/1‑140 (MQ=255)
cGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGGCGGt > 2:2121320/1‑140 (MQ=255)
tgatgGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCTCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGc < 1:3053260/140‑1 (MQ=255)
tgatgGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGc < 2:1918563/140‑1 (MQ=255)
tgatgGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGc < 1:2088343/140‑1 (MQ=255)
ggcgggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCTCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATgg > 2:4171571/1‑140 (MQ=255)
ggcgggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATgg > 2:888443/1‑140 (MQ=255)
ggcgggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATgg > 1:412245/1‑140 (MQ=255)
ggcgggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATgg > 1:2912811/1‑140 (MQ=255)
ggcgggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGGTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATgg > 2:2307017/1‑140 (MQ=255)
gcgggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGt < 2:3291455/140‑1 (MQ=255)
gcgggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGCATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGt > 1:4660406/1‑140 (MQ=255)
cgggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCAGGCTGTCGGTAATGGCATGGTg > 2:2821743/1‑140 (MQ=255)
aTTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCg < 2:833155/140‑1 (MQ=255)
aTTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCg < 2:2142416/140‑1 (MQ=255)
ttCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGa < 1:2738101/140‑1 (MQ=255)
ggCAGGCGGTATTTTCTTGCTGGCCTTTTTGCTACTGCGCGGCCACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGGCGGTTGCCGAAcctg > 2:3042312/1‑137 (MQ=255)
ccGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑AGTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGCTGACGGTTGCCGAACATCAAAAt > 1:4935497/1‑140 (MQ=255)
ccGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAAt > 2:1637532/1‑140 (MQ=255)
tttATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGttcctt < 1:3367338/140‑1 (MQ=255)
cTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCAt > 1:277862/1‑140 (MQ=255)
cTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCAt > 1:3760988/1‑140 (MQ=255)
cTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCAt > 1:432220/1‑140 (MQ=255)
cTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCAt > 1:3835329/1‑140 (MQ=255)
cTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCAt > 2:3261489/1‑140 (MQ=255)
ggCATTTTTGCTCCTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCCCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCCAACAGCAAAATGTTCCTTCCGGCATcg > 1:1008428/1‑140 (MQ=255)
ggCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACg < 1:4175848/106‑1 (MQ=255)
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ggCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAA‑ACTCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATcg < 1:1554855/140‑1 (MQ=255)
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acactcCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCC < SRR14920166.3754647/145‑1 (MQ=60)
aacctcCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCC < SRR14920166.4883435/145‑1 (MQ=60)
aacctcCCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCC < SRR14920166.3506357/145‑1 (MQ=60)
C‑CCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGC > SRR14920166.3524881/1‑151 (MQ=60)
C‑CCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGC > SRR14920166.4329121/1‑151 (MQ=60)
C‑CCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGC > SRR14920166.217994/1‑151 (MQ=60)
CCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTT > SRR14920166.1418145/1‑151 (MQ=60)
CC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTC < SRR14920166.2263892/151‑1 (MQ=60)
CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAG > SRR14920166.4934856/1‑151 (MQ=60)
|
TTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑CCCC‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAG > NZ_CP025268/2033618‑2033918
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |