Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R1
|
775 |
316.5 |
10245680 |
97.2% |
9958800 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
3,309,691 |
A→G |
intergenic (‑82/+26) |
nlpI ← / ← pnp |
lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 3,309,691 | 0 | A | G | 95.1%
| 911.2
/ 20.8
| 287 | intergenic (‑82/+26) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (123/150); minor base C (10/4); total (133/154) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
CAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑CCCCCA‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAAC > NZ_CP025268/3309561‑3309827
|
cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCg > 1:5025982/1‑140 (MQ=255)
cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCg > 1:2516434/1‑140 (MQ=255)
aaGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCgg < 1:1503530/140‑1 (MQ=255)
aaGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCgg < 1:3658948/140‑1 (MQ=255)
gTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAggg < 1:1038111/140‑1 (MQ=255)
tAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGc > 1:1869744/1‑140 (MQ=255)
tAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGc < 2:1236371/140‑1 (MQ=255)
aGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCaa > 2:4949705/1‑140 (MQ=255)
tGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAAt < 2:1847162/140‑1 (MQ=255)
cTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATgg < 1:4708784/140‑1 (MQ=255)
tGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGc > 2:4587885/1‑140 (MQ=255)
gTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCa > 2:4351597/1‑140 (MQ=255)
tCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTTTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCaa > 2:734383/1‑140 (MQ=255)
cGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAc < 2:1343289/140‑1 (MQ=255)
cGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAc < 1:2914467/140‑1 (MQ=255)
aCGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTa > 2:3452565/1‑140 (MQ=255)
cGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTAc < 1:3509757/140‑1 (MQ=255)
aaCACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCg < 1:3382245/140‑1 (MQ=255)
aaCACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCg < 1:2007398/140‑1 (MQ=255)
aaCACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCGGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCg < 2:4164782/140‑1 (MQ=255)
cacCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGcc < 1:2555737/140‑1 (MQ=255)
cacCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGcc < 2:1685965/140‑1 (MQ=255)
cacCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGcc < 1:2307173/140‑1 (MQ=255)
cacCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGcc < 1:1118311/140‑1 (MQ=255)
cacCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGcc < 1:343700/140‑1 (MQ=255)
cacCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGcc < 1:3314767/140‑1 (MQ=255)
cccAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGccc < 2:303612/139‑1 (MQ=255)
cAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTg > 2:2713778/1‑140 (MQ=255)
gcgcAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGtt > 2:2734871/1‑140 (MQ=255)
gcgcAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGtt > 2:4751970/1‑140 (MQ=255)
cgcAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCCGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTc < 1:348544/140‑1 (MQ=255)
cgcAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTc > 1:1362014/1‑140 (MQ=255)
aTTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTc < 2:952717/140‑1 (MQ=255)
ttCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCg > 2:2551350/1‑140 (MQ=255)
ccACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTTTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtg < 2:3345992/140‑1 (MQ=255)
ccACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtg < 1:468443/140‑1 (MQ=255)
aCTCCCGAAGACCACGGTTGAATCAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtgct < 1:9131/140‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 2:2872657/140‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:80079/140‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 2:1590409/140‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 2:4063734/140‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 2:445888/140‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:942424/140‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:3222228/140‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:2216161/140‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:243286/140‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 2:528000/140‑1 (MQ=255)
cACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCGAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTga > 1:2829258/1‑140 (MQ=255)
cGGTTGAATGCACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGGTAACA‑GCCCCCCG‑CCGCCGCGGAGGGCAAGTGGCAACCTTTCTCCCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTgagg > 2:2465558/1‑139 (MQ=255)
cGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTgaga > 2:4146365/1‑140 (MQ=255)
cGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTgaga < 1:2576402/140‑1 (MQ=255)
cGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTgaga > 1:4325590/1‑140 (MQ=255)
aatgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTc > 2:157846/1‑140 (MQ=255)
tgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAg > 2:2408613/1‑140 (MQ=255)
gaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGt < 2:126681/140‑1 (MQ=255)
gaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGt < 1:4005836/140‑1 (MQ=255)
aCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCg > 1:1920684/1‑140 (MQ=255)
aCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCg > 1:1612217/1‑140 (MQ=255)
cGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGc < 2:3228252/140‑1 (MQ=255)
cGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGc > 2:2018427/1‑140 (MQ=255)
gTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGct > 2:4251261/1‑140 (MQ=255)
gTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGct > 1:3147906/1‑140 (MQ=255)
gTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTACCCGGCGAAAA‑GCCCCCCG‑CCTCAGCGTAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGct > 2:1710532/1‑140 (MQ=255)
tCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGctt < 1:358810/140‑1 (MQ=255)
tCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGctt < 1:458266/140‑1 (MQ=255)
cTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGcttct > 2:877984/1‑140 (MQ=255)
cccGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAAt > 1:3028979/1‑140 (MQ=255)
ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt > 1:4643525/1‑140 (MQ=255)
ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt < 1:3298032/140‑1 (MQ=255)
ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt < 2:2215425/140‑1 (MQ=255)
ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt > 2:1801417/1‑140 (MQ=255)
ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATCGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt < 1:4264048/140‑1 (MQ=255)
gTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTc > 1:2159858/1‑140 (MQ=255)
gTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTc > 1:3798432/1‑140 (MQ=255)
gTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTc > 1:4108362/1‑140 (MQ=255)
tGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAg < 1:717657/140‑1 (MQ=255)
tGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAg < 1:3759887/140‑1 (MQ=255)
gcaatcAAGGCGGCCTGCCCGTTTAAAC‑GCCCCCCG‑CCGCACCCGACGGCAAACGCCAACCTTTCTCGCCCTGCCCCCCCGCCGGACCGTCCGGTCTCGTAGCAGGATGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCCGa < 2:1964774/135‑1 (MQ=255)
gCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGa < 1:4159122/140‑1 (MQ=255)
gCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGa < 1:4770974/140‑1 (MQ=255)
cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc > 1:4483588/1‑140 (MQ=255)
cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc > 1:544200/1‑140 (MQ=255)
cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc > 1:2114908/1‑140 (MQ=255)
aaCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTTAGACgg > 2:3835297/1‑140 (MQ=255)
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CAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCC‑C‑GCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCT < SRR14920169.3262026/151‑1 (MQ=60)
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AGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCC‑C‑GCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGT < SRR14920169.1902927/151‑1 (MQ=60)
AGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCC‑C‑GCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGT < SRR14920169.1820203/151‑1 (MQ=60)
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TCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCC‑C‑GCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGC > SRR14920169.2344085/1‑151 (MQ=60)
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TGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCC‑C‑GCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGC < SRR14920169.3768926/151‑1 (MQ=60)
GCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCC‑C‑GCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCC < SRR14920169.3477288/151‑1 (MQ=60)
GCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCC‑C‑GCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCC < SRR14920169.4782522/151‑1 (MQ=60)
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GCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCC‑C‑GCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCC < SRR14920169.4169099/151‑1 (MQ=60)
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GCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCC‑CGGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCACCCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCC < SRR14920169.3477210/151‑1 (MQ=60)
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AAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCC‑C‑GCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCG < SRR14920169.3267950/151‑1 (MQ=60)
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CTGCCCGGTTAAAAGCCCCC‑C‑GCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATGAACTT > SRR14920169.1759474/1‑151 (MQ=60)
GCCCGGTTAAAAGCCCCC‑C‑GCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCC > SRR14920169.4362786/1‑151 (MQ=60)
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gcCCCC‑C‑GCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACC < SRR14920169.4792774/149‑1 (MQ=60)
gcCCCC‑C‑GCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACC < SRR14920169.3263550/149‑1 (MQ=60)
C‑C‑GCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTAC > SRR14920169.758066/1‑151 (MQ=60)
GCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGCGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTACTT < SRR14920169.2855979/151‑1 (MQ=60)
GCCGCAGAGGAGGGCACATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTATTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCAACGGTACTT < SRR14920169.2855715/151‑1 (MQ=60)
|
GGAAGTATTACTACATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCC‑C‑ACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTACTT > NZ_CP025268/3309541‑3309841
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |