Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R1
|
775 |
316.5 |
10245680 |
97.2% |
9958800 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
4,354,806 |
A→G |
*99* (TAA→TAG) |
ghoS → |
type V toxin‑antitoxin system endoribonuclease antitoxin GhoS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 4,354,806 | 0 | A | G | 100.0%
| 275.3
/ NA
| 83 | *99* (TAA→TAG) | ghoS | type V toxin‑antitoxin system endoribonuclease antitoxin GhoS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (25/58); total (25/58) |
CCTTCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAACCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACATATTCGTTTACT > NZ_CP025268/4354670‑4354937
|
ccTTCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCa < 2:1672027/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCa < 2:1672201/140‑1 (MQ=255)
ttCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCagg < 2:997429/140‑1 (MQ=255)
ttCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCagg < 1:2952382/140‑1 (MQ=255)
tCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCagga < 1:945549/140‑1 (MQ=255)
tCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCagga < 1:2062733/140‑1 (MQ=255)
tCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCagga < 1:2062392/140‑1 (MQ=255)
tCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCagga < 2:2554032/140‑1 (MQ=255)
tCGCAATAACGACATCGCTAGCCGCTAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCagga < 2:4627031/140‑1 (MQ=255)
gACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATaagaa < 1:3862712/140‑1 (MQ=255)
gACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATaagaa < 1:2170041/140‑1 (MQ=255)
agaTCGTTAGCAGCTAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCGCAAATGCTTAGTCTTACCGGATATTGATTTTGACCTCCACATGATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATaagaag < 2:1992166/138‑1 (MQ=255)
aCATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATaagaag < 2:1607109/140‑1 (MQ=255)
aCATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATaagaag < 1:4257222/140‑1 (MQ=255)
aCATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTGCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATaagaag < 1:1115596/140‑1 (MQ=255)
aCATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGAATTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATaagaag < 2:3587406/140‑1 (MQ=255)
ttAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATa < 1:2509654/140‑1 (MQ=255)
ttAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATa < 1:2509819/140‑1 (MQ=255)
ttAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATa < 1:2509950/140‑1 (MQ=255)
cGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATaaaaaa < 2:530464/140‑1 (MQ=255)
cAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCagga > 2:1741640/1‑116 (MQ=255)
cAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCagga < 1:1741640/116‑1 (MQ=255)
aaGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATgg < 1:1756415/140‑1 (MQ=255)
gTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCa < 2:2777327/140‑1 (MQ=255)
gTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCa < 2:4938108/140‑1 (MQ=255)
gTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATCACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCa < 1:692676/140‑1 (MQ=255)
aaaTCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTa < 2:2609413/140‑1 (MQ=255)
aTCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATAtt < 1:3256775/140‑1 (MQ=255)
cTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGa < 2:1642209/140‑1 (MQ=255)
ttAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGAt < 1:847812/140‑1 (MQ=255)
tAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGAtt < 1:4672873/140‑1 (MQ=255)
cTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGgtg < 2:481088/140‑1 (MQ=255)
cTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGgtg < 1:465591/140‑1 (MQ=255)
cTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGgtg < 2:1513631/140‑1 (MQ=255)
cTTACCGGATATTGATTTTGACCCAAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAATTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGgtg < 1:4629111/140‑1 (MQ=255)
tACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGtgtg < 2:1342534/140‑1 (MQ=255)
tACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGtgtg < 1:4733288/140‑1 (MQ=255)
aCCGGATGTTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGGTGACGACTATTTCGGTCAGCTTTAAAAATAGGTAGGGAGGATAAGAAGAAAATAAAAAATGACACTATTCTCTAAAATAGTAATGTTTTAAGTGATTGgtgtta > 2:4107170/1‑138 (MQ=255)
aCCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTGGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGa > 1:4049705/1‑140 (MQ=255)
aCCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGa > 1:1991117/1‑140 (MQ=255)
aCCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGa > 2:2073329/1‑140 (MQ=255)
aCCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGa > 2:2073311/1‑140 (MQ=255)
aCCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGa > 1:3929874/1‑140 (MQ=255)
aCCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGa > 2:4697514/1‑140 (MQ=255)
aCCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGa > 2:4115957/1‑140 (MQ=255)
aCCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGa > 1:3930142/1‑140 (MQ=255)
aCCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGGGATTGGTGTGa > 1:3879466/1‑140 (MQ=255)
aCCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTGTTATGTGATTGGTGTGa > 2:3155435/1‑140 (MQ=255)
ccGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGaa > 2:2134891/1‑140 (MQ=255)
ccGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGaa < 1:2302682/140‑1 (MQ=255)
gATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACat < 1:1827119/140‑1 (MQ=255)
tGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCt < 2:3274165/140‑1 (MQ=255)
ttttGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTg < 1:595826/140‑1 (MQ=255)
tCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTAAAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATc < 2:1358748/140‑1 (MQ=255)
cAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCt > 1:1272131/1‑140 (MQ=255)
aaCATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTg < 2:5063982/140‑1 (MQ=255)
aCATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTgg < 1:4715972/140‑1 (MQ=255)
tGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTGTTTAGGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTAtc > 2:659140/1‑140 (MQ=255)
tGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTCTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAGTATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTAACTGGTTTAta > 2:3750448/1‑139 (MQ=255)
gTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGa < 2:2565322/97‑1 (MQ=255)
gTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGa > 1:2565322/1‑97 (MQ=255)
ttGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACAt > 1:1327359/1‑140 (MQ=255)
ttGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACAt > 2:3398244/1‑140 (MQ=255)
ttGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATGTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACAt > 1:3240497/1‑140 (MQ=255)
gatgaCTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATga > 1:4472706/1‑140 (MQ=255)
gatgaCTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATga > 2:104168/1‑140 (MQ=255)
tttCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGgt < 2:4227249/91‑1 (MQ=255)
tttCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAacac > 2:4342305/1‑140 (MQ=255)
tttCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTACGTGATTGgt > 1:4227249/1‑91 (MQ=255)
ccGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACata < 2:1153825/140‑1 (MQ=255)
ccGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACata < 1:982366/140‑1 (MQ=255)
ccGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACata < 1:104168/140‑1 (MQ=255)
ccGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACata < 1:2134891/140‑1 (MQ=255)
ccGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACata < 2:4635743/140‑1 (MQ=255)
ccGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACata < 1:407826/140‑1 (MQ=255)
ccGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACata < 1:108346/140‑1 (MQ=255)
ccGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATGGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACata < 1:108787/140‑1 (MQ=255)
aGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACATATTCGt < 2:350505/140‑1 (MQ=255)
aGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACATATTCGt < 1:3270657/140‑1 (MQ=255)
aGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACATATTCGt < 2:1214242/140‑1 (MQ=255)
aGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACATATTCGt > 1:1961836/1‑140 (MQ=255)
aGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACATATTCGt < 1:3270763/140‑1 (MQ=255)
tACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACATATTCGTTTACt < 1:4672106/140‑1 (MQ=255)
|
CCTTCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAACCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACATATTCGTTTACT > NZ_CP025268/4354670‑4354937
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGAATGAAAACTCCTTCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAACCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACATATTCGTTTACTTAGTGCATTCCTGGTCGG > NZ_CP025268/4354658‑4354955
|
TGAATGAAAACTCCTTCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCC < SRR14920169.1545753/151‑1 (MQ=60)
TTCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAA < SRR14920169.2959282/151‑1 (MQ=60)
gtataagagacagATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAG < SRR14920169.1745515/138‑1 (MQ=60)
TCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAG < SRR14920169.2067433/151‑1 (MQ=60)
TCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAG < SRR14920169.947698/151‑1 (MQ=60)
TCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAG < SRR14920169.2067091/151‑1 (MQ=60)
GACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAA < SRR14920169.2174955/151‑1 (MQ=60)
GACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAA < SRR14920169.3871909/151‑1 (MQ=60)
ACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAA < SRR14920169.4267540/151‑1 (MQ=60)
ACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTGCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAA < SRR14920169.1118096/151‑1 (MQ=60)
TTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCAC < SRR14920169.2515532/151‑1 (MQ=60)
TTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCAC < SRR14920169.2515401/151‑1 (MQ=60)
TTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCAC < SRR14920169.2515234/151‑1 (MQ=60)
AAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCT < SRR14920169.1760336/151‑1 (MQ=60)
GTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATCACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAA < SRR14920169.694308/151‑1 (MQ=60)
ATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATG < SRR14920169.3264448/151‑1 (MQ=60)
TGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTGGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGA > SRR14920169.4059429/1‑151 (MQ=60)
TGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGA > SRR14920169.3939275/1‑151 (MQ=60)
TGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGA > SRR14920169.1995680/1‑151 (MQ=60)
TGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGA > SRR14920169.3939543/1‑151 (MQ=60)
TGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGGGATTGGTGTGA > SRR14920169.3888727/1‑151 (MQ=60)
TTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACA < SRR14920169.849740/151‑1 (MQ=60)
TAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACAT < SRR14920169.4684249/151‑1 (MQ=60)
CTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCC < SRR14920169.466690/151‑1 (MQ=60)
CTTACCGGATATTGATTTTGACCCAAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAATTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCC < SRR14920169.4640399/151‑1 (MQ=60)
TACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTT < SRR14920169.4744782/151‑1 (MQ=60)
CCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTG < SRR14920169.2307857/151‑1 (MQ=60)
GATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCA < SRR14920169.1831212/151‑1 (MQ=60)
GATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCT > SRR14920169.1274944/1‑151 (MQ=60)
TTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGG < SRR14920169.597230/151‑1 (MQ=60)
ACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACctgtctcttatacacatctccgagcccacgag > SRR14920169.2571015/1‑119 (MQ=60)
ACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACA < SRR14920169.4727433/151‑1 (MQ=60)
CATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACAT > SRR14920169.1330284/1‑151 (MQ=60)
CATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATGTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACAT > SRR14920169.3248149/1‑151 (MQ=60)
TTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGA > SRR14920169.4483561/1‑151 (MQ=60)
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CTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACATATTCGT > SRR14920169.1966289/1‑151 (MQ=60)
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TACAAGTAGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACATATTCGTTTACTTAGTGCATTCC < SRR14920169.4683481/151‑1 (MQ=60)
AGCCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTTTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACATATTCGTTTACTTAGTGCATTCCTGGTCGG > SRR14920169.1270734/1‑151 (MQ=60)
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TGAATGAAAACTCCTTCGCAATAACGACATCGTTAGCCGCAAGTGAAATCGAAGATTTAATCAGGCTCAAATGCTTAGACTTACCGGATATTGATTTTGACCTCAACATTATGACAGTTGATGACTATTTCCGTCAGTTTTACAAGTAACCAGGAAGGATAAGAAGAACATAAAAAATGGCACTATTCTCTAAAATATTAATTTTTTATGTGATTGGTGTGAACATATCCTTTGTCATTATCTGGTTTATCTCACATGAGAAAACACATATTCGTTTACTTAGTGCATTCCTGGTCGG > NZ_CP025268/4354658‑4354955
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
