Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R1
|
775 |
316.5 |
10245680 |
97.2% |
9958800 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
4,476,316 |
A→G |
pseudogene (259/585 nt) |
bdcR → |
TetR/AcrR family transcriptional regulator |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 4,476,316 | 0 | A | G | 99.7%
| 1124.0
/ NA
| 331 | pseudogene (259/585 nt) | bdcR | TetR/AcrR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (149/181); minor base T (0/1); total (149/182) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
TTATCTTGGTATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAAGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATATTGCCGTTCAATATTATCA > NZ_CP025268/4476180‑4476452
|
tATCTTGGTATTAGCCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGGACGGGAGCTATTCCGCTTGCCGATATTTGTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGa < 2:1957787/140‑1 (MQ=255)
tATCTTGGTATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGa < 1:5084435/140‑1 (MQ=255)
tATCTTGGTATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGa < 1:4558496/140‑1 (MQ=255)
tATCTTGGTATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGa < 1:4511119/140‑1 (MQ=255)
aTCTTGGTATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAg > 1:297415/1‑140 (MQ=255)
ttGGTATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGc > 2:1216512/1‑140 (MQ=255)
ggTATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCAGCTCTTGGCAGTAAAGCGGGGTGGTTTATCCGTGTACTCAATGAATACGGCGGAATGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATGCTGCGTGATGATCGTCCGCGAGGCGAGTGcag > 2:479807/1‑138 (MQ=255)
tATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTgg > 1:2811389/1‑140 (MQ=255)
ttAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGtt < 1:1281045/140‑1 (MQ=255)
ttAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGtt > 2:1863233/1‑140 (MQ=255)
tAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTg < 2:2068842/140‑1 (MQ=255)
tAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTg < 1:2613653/140‑1 (MQ=255)
aaCCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGa < 1:384492/140‑1 (MQ=255)
aaCCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGa < 2:1722757/140‑1 (MQ=255)
aCCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAg > 2:4448578/1‑140 (MQ=255)
ccGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTAtt > 2:2648732/1‑140 (MQ=255)
ccGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTAtt > 2:4044239/1‑140 (MQ=255)
ccGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTAtt > 1:495968/1‑140 (MQ=255)
ccGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTAtt > 1:3107813/1‑140 (MQ=255)
ccGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTAtt > 1:1493677/1‑140 (MQ=255)
ccGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTAtt > 1:1459240/1‑140 (MQ=255)
ccGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTAtt > 1:2189227/1‑140 (MQ=255)
ccTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAaag > 2:2127952/1‑140 (MQ=255)
tctACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAaagaa > 2:4650329/1‑140 (MQ=255)
tACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCGGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAgc > 1:5050389/1‑140 (MQ=255)
aCGCGGCTTTTGGCAGTAAAGGTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAgcg < 2:1798615/140‑1 (MQ=255)
aCGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAgcg < 1:1107058/140‑1 (MQ=255)
cgcgGCTGTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAgcgg < 1:3454999/140‑1 (MQ=255)
ggCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGgcgc < 1:4177887/140‑1 (MQ=255)
ggCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGgcgc < 2:3565102/140‑1 (MQ=255)
ggCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGgcgc > 2:1035468/1‑140 (MQ=255)
ggCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATGTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATGCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGgcgc > 2:219849/1‑140 (MQ=255)
gCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGgcgcg < 2:3280473/140‑1 (MQ=255)
gCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGgcgcg < 2:4907357/140‑1 (MQ=255)
cTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGgcgcgc > 2:1667518/1‑140 (MQ=255)
cTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGgcgcgc > 1:3152123/1‑140 (MQ=255)
tttGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCCATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAg > 1:4287886/1‑140 (MQ=255)
ttGGCAGAAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGa > 2:4965140/1‑140 (MQ=255)
ggCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGata > 2:2542436/1‑140 (MQ=255)
tAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGcc > 1:4771336/1‑140 (MQ=255)
ggTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAAcggc > 1:3207985/1‑140 (MQ=255)
tATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACggcggc < 2:4726447/140‑1 (MQ=255)
tATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACggcggc < 2:5071554/140‑1 (MQ=255)
tttAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTg > 2:3456374/1‑140 (MQ=255)
tAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTGTTAAAAGAAGCGGCGCGGAGCTATAGCCAAAACGGCGGCTgcg > 1:4658526/1‑140 (MQ=255)
tAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTgcg < 2:2291078/140‑1 (MQ=255)
tAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTgcg < 1:182950/140‑1 (MQ=255)
tAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTgcg < 2:2266311/140‑1 (MQ=255)
aGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTGGCCGATATTCTTCGTGGTGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTgcgc < 2:2991/140‑1 (MQ=255)
aGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGATATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTgcgc < 1:175971/140‑1 (MQ=255)
ccGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCgctg > 1:2007864/1‑140 (MQ=255)
gtgtACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCgctggc < 2:521137/140‑1 (MQ=255)
tACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGt > 1:2919951/1‑140 (MQ=255)
tACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGAGATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGt > 1:2106610/1‑140 (MQ=255)
aCTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTa < 2:918286/140‑1 (MQ=255)
aCTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTa < 1:3721445/140‑1 (MQ=255)
tCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAACCGGCGGCTGCGCTGGCTGTATg < 1:817876/140‑1 (MQ=255)
tCAATGAATACGTAGGTACGGAAGCTACTCCGCTCGCCGATATTCTTCGTGATGCTCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAAATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATg < 2:3035222/140‑1 (MQ=255)
cAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATgg > 1:1699843/1‑140 (MQ=255)
aaTGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGACGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGt > 1:4116891/1‑140 (MQ=255)
aTACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCTGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTg > 1:4804396/1‑140 (MQ=255)
aTACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTg < 1:4044239/140‑1 (MQ=255)
aCGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGaa > 1:588625/1‑140 (MQ=255)
cGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAg < 1:3644975/140‑1 (MQ=255)
gTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAgg < 1:3595928/140‑1 (MQ=255)
tCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGt < 2:3364862/140‑1 (MQ=255)
ggTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGGAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTAt > 1:1896764/1‑140 (MQ=255)
ggTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTAt > 1:3960625/1‑140 (MQ=255)
tACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTc < 1:4085787/140‑1 (MQ=255)
aCGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCa < 2:4287886/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGt > 2:572311/1‑140 (MQ=255)
ggtATTCCGCTTGCAGATATTCTTCGAGATGATCGTCGGGTAGGCGAGTGACTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGTCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCa < 2:4211690/138‑1 (MQ=255)
gCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCa < 1:355641/140‑1 (MQ=255)
gCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCa < 1:1594162/140‑1 (MQ=255)
gCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCa < 2:4341228/140‑1 (MQ=255)
gCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCa < 1:3397052/140‑1 (MQ=255)
gCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCa < 1:2662739/140‑1 (MQ=255)
gCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCa < 1:2541216/140‑1 (MQ=255)
gCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCa < 1:2297511/140‑1 (MQ=255)
gCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCa < 1:1636753/140‑1 (MQ=255)
gCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCa < 2:703290/140‑1 (MQ=255)
gCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCa < 1:3936914/140‑1 (MQ=255)
gCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCa < 1:4434053/140‑1 (MQ=255)
gCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCa < 1:4402086/140‑1 (MQ=255)
aTTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGa > 2:4559366/1‑140 (MQ=255)
aTTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGa > 2:2739009/1‑140 (MQ=255)
cTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCcaca > 1:697060/1‑140 (MQ=255)
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GTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATATTGCCGTTCAATATTATCACGCCGCAGAAA < SRR14920169.1512704/151‑1 (MQ=60)
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GGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATATTGCCGTTCAATATTATCACGCCGCAGAAACGA > SRR14920169.4266941/1‑151 (MQ=60)
|
TGAAGTTACTGATTATCTTGGTATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAAGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATATTGCCGTTCAATATTATCACGCCGCAGAAACGA > NZ_CP025268/4476168‑4476466
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |