Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
152 |
24.9 |
2083062 |
91.6% |
1908084 |
109.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AM260479 |
1,042,407 |
T→G |
K131N (AAA→AAC) |
h16_A0947 ← |
Coproporphyrinogen III oxidase, Fe‑S oxidoreductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AM260479 | 1,042,407 | 0 | T | G | 100.0%
| 61.7
/ NA
| 17 | K131N (AAA→AAC) | h16_A0947 | Coproporphyrinogen III oxidase, Fe‑S oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (8/9); total (8/9) |
CCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGTTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGCTGGGCGTGCCGCCGCCGATAAAGACCGTATGCAC > AM260479/1042300‑1042535
|
ccGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTc > 2:746312/1‑134 (MQ=255)
aGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGc < 1:470226/128‑1 (MQ=255)
aGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGc > 2:470226/1‑128 (MQ=255)
aGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGc < 2:276354/134‑1 (MQ=255)
aGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAACCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGc > 2:757324/1‑128 (MQ=255)
aGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAACCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGc < 1:757324/128‑1 (MQ=255)
ctctGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATc < 2:381027/134‑1 (MQ=255)
ccGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCg > 1:223648/1‑82 (MQ=255)
ccGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCg < 2:223648/82‑1 (MQ=255)
cAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCa > 1:878782/1‑134 (MQ=255)
cGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTg < 1:750758/60‑1 (MQ=255)
cGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTg > 2:750758/1‑60 (MQ=255)
gTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCAtgcctg > 1:315248/1‑134 (MQ=255)
ccGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGccgccg < 2:878782/133‑1 (MQ=255)
gcgGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGc > 1:355987/1‑134 (MQ=255)
gCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGCTGGGCGTgcc < 2:315248/134‑1 (MQ=255)
ccGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGCTGGGCGTGCCGCCGCCGATAAAGACCGTATGCAc < 2:355987/134‑1 (MQ=255)
|
CCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGTTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGCTGGGCGTGCCGCCGCCGATAAAGACCGTATGCAC > AM260479/1042300‑1042535
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCTTCGGCACCGCCGTGGATGCGCCCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGTTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGCTGGGCGTGCCGCCGCCGATAAAGACCGTATGCACCGGCCGGCCCCACACCAGCG > AM260479/1042276‑1042555
|
gaagacggcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2114:21079:42781/91‑1 (MQ=60)
GCCGTGGATGCGCCCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCtgtctcttatacacatctccg > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1111:13698:49856/1‑129 (MQ=60)
CCGTGGATGCGCCCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCctgtctcttatacacatctccg > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2114:11100:36516/1‑126 (MQ=60)
GCGCCCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1215:1768:16500/150‑1 (MQ=60)
GCGCCCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAACCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2114:17518:79901/150‑1 (MQ=60)
TTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCtgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgg > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1114:12553:2924/1‑113 (MQ=60)
CTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCAT > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2206:13146:74299/1‑150 (MQ=60)
GCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1205:8753:96467/1‑150 (MQ=60)
GTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGCT > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1206:5165:61672/1‑150 (MQ=60)
GGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGCTGGGCGTGCCGCCGCCGATAAAGACCGTATGCACCGGCCGGCCCCACACCAGCG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1104:5943:7111/150‑1 (MQ=60)
|
GCTTCGGCACCGCCGTGGATGCGCCCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGTTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGCTGGGCGTGCCGCCGCCGATAAAGACCGTATGCACCGGCCGGCCCCACACCAGCG > AM260479/1042276‑1042555
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
