Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
155 |
25.8 |
2285122 |
88.0% |
2010907 |
104.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AM260480 |
2,018,102 |
+C |
intergenic (+111/+98) |
h16_B1778 → / ← h16_B1779 |
putative peptidase/putative peptidase, S33 family |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AM260480 | 2,018,101 | 1 | . | C | 100.0%
| 105.1
/ NA
| 28 | intergenic (+110/+99) | h16_B1778/h16_B1779 | putative peptidase/putative peptidase, S33 family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base C (14/14); total (14/14) |
GCAGCGTTCAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑CATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCT > AM260480/2017968‑2018212
|
gcAGCGTTCAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGa < 2:339997/134‑1 (MQ=255)
cAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATgcg > 1:470839/1‑133 (MQ=255)
cAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑cc > 1:710352/1‑127 (MQ=255)
cAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑cc < 2:710352/128‑2 (MQ=255)
cgggcgCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAgcg < 2:470839/134‑1 (MQ=255)
gCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGa > 1:171025/1‑115 (MQ=255)
gCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGa < 2:171025/115‑1 (MQ=255)
aaTGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAg > 2:877806/1‑134 (MQ=255)
aaTGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAg > 1:867417/1‑134 (MQ=255)
aTGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGc > 2:112733/1‑134 (MQ=255)
gCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGc > 1:496656/1‑132 (MQ=255)
cTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGt < 1:877806/134‑1 (MQ=255)
cAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTAt > 1:594656/1‑133 (MQ=255)
ccGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAAt < 2:720173/134‑1 (MQ=255)
aGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTg < 2:867417/134‑1 (MQ=255)
gccgccCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAgcg < 2:665471/98‑1 (MQ=255)
gccgccCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAgcg > 1:665471/1‑98 (MQ=255)
gccgccCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTgc > 1:806197/1‑134 (MQ=255)
cccTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCAt < 1:112733/134‑1 (MQ=255)
gCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTgcg < 2:602421/133‑1 (MQ=255)
ccGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATgcgc > 2:1095061/1‑44 (MQ=37)
ccGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATgcgc < 1:1095061/44‑1 (MQ=37)
cGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCg > 1:728757/1‑134 (MQ=255)
cTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTc < 2:728757/134‑1 (MQ=255)
gcATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCt < 2:806197/134‑1 (MQ=255)
aTGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCa > 2:168269/1‑85 (MQ=255)
aTGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCa < 1:168269/85‑1 (MQ=255)
aTGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAgcgc > 1:986050/1‑53 (MQ=38)
aTGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAgcgc < 2:986050/53‑1 (MQ=38)
tGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAgcg > 2:176323/1‑51 (MQ=38)
tGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAgcg < 1:176323/51‑1 (MQ=38)
|
GCAGCGTTCAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑CATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCT > AM260480/2017968‑2018212
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CAAGAGTTGCGCGCAGCGTTCAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑CATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTACATCGAGCACCGCCTGCGCAAACGCCGTGGG > AM260480/2017956‑2018244
|
CAAGAGTTGCGCGCAGCGTTCAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑Cca < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2216:5090:74597/149‑3 (MQ=60)
GTTGCGCGCAGCGTTCAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2109:8999:44046/1‑149 (MQ=60)
GTTGCGCGCAGCGTTCAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1210:13851:89984/1‑149 (MQ=60)
tttttttttcaagcagaagacggcatacgagattagcgagtgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2214:17512:70069/74‑1 (MQ=60)
GCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCTGTC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1110:16569:18084/1‑150 (MQ=60)
ttcaagcagaagacggcatacgagattagcgagtgtctcgtgggctcggagatgtgcataagagacagGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1110:11217:46840/81‑1 (MQ=60)
ttttttcaagcagaagacggcatacgagattagcgagtgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1113:8194:63985/78‑1 (MQ=60)
GCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCAGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2201:4805:81856/1‑150 (MQ=60)
CTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCAGCC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1212:7387:17665/1‑148 (MQ=60)
GCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCAGCCAGTATC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2103:3935:37232/1‑149 (MQ=60)
tcaagcagaagacggcatacgagattagcgagtgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagtgcccgacCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCAGCCAGTATCAGCAA < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1212:16641:47763/74‑1 (MQ=60)
gtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1110:7692:2912/115‑1 (MQ=60)
GCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCtgtctcttatacacatctccg > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2107:14824:79838/1‑129 (MQ=60)
GCCTTCAGCGCACGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCG > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2115:1390:53331/1‑150 (MQ=60)
CCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2203:10308:48074/150‑1 (MQ=60)
atacgagattagcgagtgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1108:10669:79909/100‑1 (MQ=60)
GCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1106:5594:94648/150‑1 (MQ=60)
CCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGT > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2111:17474:44739/1‑150 (MQ=60)
atgtgtataagagacaGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTACAT < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2214:4780:39878/134‑1 (MQ=60)
CGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactcgctaatctcgtatgccgtcttctgcttg > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2207:16376:95995/1‑83 (MQ=60)
atgtgtataagagacagacCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTACATCGAGCACCGCCTGCGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2115:2757:36178/131‑1 (MQ=60)
gtcgggcatgccccggacCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactcgctaatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaa > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2211:18825:85596/19‑77 (MQ=60)
GGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCtgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactcgctaatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaaaatcctaacg > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2215:8504:38631/1‑64 (MQ=60)
GGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTACATCGAGCACCGCCTGCGCAAACGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1115:13222:64729/1‑150 (MQ=60)
GCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTACATCGAGCACCtgtctcttatacacatctcc > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2203:8201:100659/1‑130 (MQ=60)
|
CAAGAGTTGCGCGCAGCGTTCAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑CATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGC‑GTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTACATCGAGCACCGCCTGCGCAAACGCCGTGGG > AM260480/2017956‑2018244
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
