Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
152 |
24.9 |
2083062 |
91.6% |
1908084 |
109.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AM260480 |
2,018,102 |
+C |
intergenic (+111/+98) |
h16_B1778 → / ← h16_B1779 |
putative peptidase/putative peptidase, S33 family |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AM260480 | 2,018,101 | 1 | . | C | 100.0%
| 119.0
/ NA
| 31 | intergenic (+110/+99) | h16_B1778/h16_B1779 | putative peptidase/putative peptidase, S33 family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base C (13/18); total (13/18) |
AGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑CATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTAC > AM260480/2017977‑2018214
|
aGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATgcgcc < 1:766494/134‑2 (MQ=255)
cgcTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑cca < 1:138142/119‑3 (MQ=255)
cgcTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑cca > 2:138142/1‑117 (MQ=255)
cTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAg > 1:394792/1‑134 (MQ=255)
cTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAg > 1:470508/1‑134 (MQ=255)
cgcgGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGcgccg < 2:791842/134‑1 (MQ=255)
aGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGt > 2:740610/1‑134 (MQ=255)
gCATTGCCATG‑CTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAgcg < 1:717248/122‑1 (MQ=255)
gCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGc < 2:394792/134‑1 (MQ=255)
aaTGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATg < 2:674979/130‑1 (MQ=255)
aaTGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATg > 1:674979/1‑130 (MQ=255)
gCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGc > 1:361451/1‑132 (MQ=255)
ccTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCa < 2:653451/133‑1 (MQ=255)
cTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGcc > 2:734744/1‑85 (MQ=255)
cTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGcc < 1:734744/85‑1 (MQ=255)
cTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGt < 1:593469/134‑1 (MQ=255)
ttCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAg < 2:894709/108‑1 (MQ=255)
ttCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAg > 1:894709/1‑108 (MQ=255)
cgcCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAg > 1:351008/1‑133 (MQ=255)
cgccCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTgcgc < 1:97818/134‑1 (MQ=255)
cccTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCAt < 2:404308/134‑1 (MQ=255)
tGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTgcg > 1:117418/1‑134 (MQ=255)
cGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGccc < 2:470508/132‑1 (MQ=255)
cGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGa < 2:299761/48‑1 (MQ=37)
cGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGa > 1:299761/1‑48 (MQ=37)
cTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTc < 2:361451/134‑1 (MQ=255)
ggCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCg < 2:180038/78‑1 (MQ=255)
ggCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCg > 1:180038/1‑78 (MQ=255)
aTGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTg > 2:437193/1‑106 (MQ=255)
aTGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTg < 1:437193/106‑1 (MQ=255)
aTGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTc > 2:653318/1‑121 (MQ=255)
aTGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTc < 1:653318/121‑1 (MQ=255)
aTGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTAc < 1:740610/134‑1 (MQ=255)
|
AGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAAGCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑CATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTAC > AM260480/2017977‑2018214
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GAGTTGCGCGCAGCGTTCAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAA‑GCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑CATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTACATCGAGCACCGCCTGCGCA > AM260480/2017959‑2018233
|
GAGTTGCGCGCAGCGTTCAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAA‑GCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCG > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1212:17924:66646/1‑150 (MQ=60)
gcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGGCGCTGAA‑GCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCAC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2204:11236:44404/98‑1 (MQ=60)
GGCGTTCAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAA‑GCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑Ccatgcgcccggataagc < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1111:16772:15782/150‑18 (MQ=60)
GTTCAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAA‑GCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1215:7307:17699/1‑150 (MQ=60)
GTTCAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAA‑GCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1209:11996:98011/1‑150 (MQ=60)
GTTCAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAA‑GCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑Ccactgtctcttatacacatc > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2115:14183:75287/1‑130 (MQ=60)
CAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAA‑GCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑Ccatgcgcccggataagcgggcac < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2116:20308:32450/150‑24 (MQ=60)
cgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGAA‑GCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2115:10280:55401/115‑1 (MQ=60)
GCGGGCGCTGAAGGCATTGCCATG‑CTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2112:16893:56943/150‑1 (MQ=60)
GCGCTGAA‑GCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2110:7587:11949/1‑150 (MQ=60)
CTGAA‑GCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1206:2973:95538/1‑148 (MQ=60)
AA‑GCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATctgtctcttat > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2207:19768:74169/1‑138 (MQ=60)
TGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1206:15997:30667/1‑149 (MQ=60)
CCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2104:6092:99340/150‑1 (MQ=60)
CGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1108:14117:89596/1‑150 (MQ=60)
CCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1106:9342:65378/150‑1 (MQ=60)
CCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaa > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1202:16542:95714/1‑78 (MQ=60)
gtataagagacagCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1213:14004:36716/136‑1 (MQ=60)
GTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTActgtctcttatacacatctccgagcccacggacggagctac > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1113:1813:59690/1‑108 (MQ=60)
GCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTACAT < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2109:2677:84716/150‑1 (MQ=60)
ATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑Cctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaaaagtaacgatatcaaaaactatgtctgccaatctctagggaa > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2109:2604:71387/1‑31 (MQ=60)
CGCATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCtgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaatactagaaaaccagaatt > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2216:9850:12051/1‑57 (MQ=60)
CATGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTACATCGAGCACCGCCTG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2115:20432:86679/150‑1 (MQ=60)
gtataagagacaggcccgacCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTACATCGAGCACCGCCTGCG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1109:16150:25543/130‑1 (MQ=60)
TGGTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTACATCGAGCACCGCCTGCG > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2210:18676:10785/1‑150 (MQ=60)
GTCCGGGGCATGCCCGACCATTCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCActgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatgccgtctt > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1107:17714:9885/1‑91 (MQ=60)
GTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCActgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatgccgtctt > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2104:15166:28551/1‑91 (MQ=60)
GTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTACATCtgtctcttatacacat > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2109:6180:52145/1‑134 (MQ=60)
GTCCGGGGCATGCCCGACCATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTACATCGAGCACCGCCTGCGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1213:16813:36732/1‑149 (MQ=60)
|
GAGTTGCGCGCAGCGTTCAGGTCGTTGCGCTGAGCGCGGCAGGCGGGCGGCGGCGGGCGCTGAA‑GCATGGCAATGCCTTCAGCGCCCGAGCCGCCCTTGCTTCGTGCCCGCTTATCCGGGCGCATGGTCCGGGGCATGCCCGA‑CATGCGCACCGATGGCCAGCGCCGCCCAGCTCCGATGCCAGCGCTGACAGCGTCATGGCAGCCAGTATCAGCAATCTGCGCATTGCGCCCCTCATGCGTCAGCGCCTGTCTACATCGAGCACCGCCTGCGCA > AM260480/2017959‑2018233
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
