Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
154 |
26.6 |
2069536 |
90.2% |
1866721 |
108.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AM260479 |
342,407 |
T→C |
L180L (TTG→CTG) |
amtB → |
ammonium transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AM260479 | 342,407 | 0 | T | C | 100.0%
| 78.0
/ NA
| 21 | L180L (TTG→CTG) | amtB | ammonium transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (10/11); total (10/11) |
TTTGCCTTCACCGAGGGCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAATTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGTTCACCTTCTCCTAC > AM260479/342293‑342535
|
tttGCCTTCACCGAGGGCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTc > 2:588018/1‑132 (MQ=255)
tttGCCTTCACCGAGGGCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTc > 2:368092/1‑132 (MQ=255)
aCCGAGGGCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCtt < 1:307393/134‑1 (MQ=255)
tCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGGTCATCGGCGCCTTCGcc > 2:29980/1‑134 (MQ=255)
aaGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAAcg < 2:288159/134‑1 (MQ=255)
aaGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAAcg > 1:288159/1‑134 (MQ=255)
aaGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAAcg < 2:634110/134‑1 (MQ=255)
gACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGt > 2:650347/1‑134 (MQ=255)
gACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGt > 2:351155/1‑134 (MQ=255)
gACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGt > 2:58493/1‑134 (MQ=255)
aCGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGt < 2:492263/133‑1 (MQ=255)
cGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTAc < 1:492290/59‑1 (MQ=255)
cGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTAc > 2:492290/1‑59 (MQ=255)
ccgccACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGgtg < 1:772522/134‑1 (MQ=255)
gccACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGtt > 1:88258/1‑134 (MQ=255)
ccTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCgtg < 1:368092/134‑1 (MQ=255)
aGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTgg < 1:588018/134‑1 (MQ=255)
gggCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGt < 1:351155/134‑1 (MQ=255)
gtggtggtgCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGc > 1:871352/1‑60 (MQ=255)
gtggtggtgCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGc < 2:871352/60‑1 (MQ=255)
cGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGTTCACCTTCTCCTAc < 2:88258/134‑1 (MQ=255)
|
TTTGCCTTCACCGAGGGCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAATTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGTTCACCTTCTCCTAC > AM260479/342293‑342535
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TATGGCTACAGCTTTGCCTTCACCGAGGGCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAATTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGTTCACCTTCTCCTACATCCCGATGGCCCACATG > AM260479/342281‑342553
|
agaagacggcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1214:19867:50531/89‑1 (MQ=60)
CACCGAGGGCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1205:4820:62445/150‑1 (MQ=60)
tttcaagcagaagacggcatacgagatgtagctccgtctcatgggctcggagatgtgtataagagacaGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAA < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1207:11357:5068/81‑1 (MQ=60)
GACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1202:13394:34537/1‑150 (MQ=60)
GTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1107:21042:100976/1‑150 (MQ=60)
GCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2116:17958:96933/150‑1 (MQ=60)
ACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatgccgtcttc > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2206:17214:54090/1‑90 (MQ=60)
ACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGTTCACC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1208:17861:52064/150‑1 (MQ=60)
AAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGTTCACCTTCTCCTAC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2104:7049:89892/150‑1 (MQ=60)
AGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGTTCACCTTCTCCTACA < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1206:17866:45614/150‑1 (MQ=60)
GCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGctgtctcttatacacatctccgagccc > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2116:13714:23015/1‑123 (MQ=60)
GAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGTTCACCTTCTCCTACATCCCGATGGCCCACATG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1201:19546:74527/150‑1 (MQ=60)
|
TATGGCTACAGCTTTGCCTTCACCGAGGGCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAATTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGTTCACCTTCTCCTACATCCCGATGGCCCACATG > AM260479/342281‑342553
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
