Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
150 |
26.0 |
2053212 |
90.0% |
1847890 |
107.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AM260479 |
2,111,013 |
+G |
coding (553/1089 nt) |
h16_A1942 → |
Hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AM260479 | 2,111,012 | 1 | . | G | 100.0%
| 49.6
/ NA
| 14 | D184E (GAT→GAG) | h16_A1942 | Hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base G (7/7); total (7/7) |
GTGGTGGGACCGATCGCCAGCATGATTCCTCTTCCACAAGCGCAGTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGAT‑GACTCGACGA‑GATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTCGCGCCGCGGTGCGCGGCGTG > AM260479/2110884‑2111133
|
gtggtgGGACCGATCGCCAGCATGATTCCTCTTCCACAAGCGCAGTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGAT‑ggact > 2:468587/1‑130 (MQ=255)
gCCAGCATGATTCCTCTTCCACAAGCGCAGTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGAt > 2:543947/1‑134 (MQ=255)
acaAGCGCAGTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGc > 2:759497/1‑134 (MQ=255)
cgcAGTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGcc < 2:150860/134‑1 (MQ=255)
gATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGAc < 1:399720/106‑1 (MQ=255)
gATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGAc > 2:399720/1‑106 (MQ=255)
cgcATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTcgc < 1:759497/134‑1 (MQ=255)
gacgaGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCg > 2:36632/1‑134 (MQ=255)
gaCCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTCGCGCCGCgg < 1:543947/134‑1 (MQ=255)
cgaACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTCGCGCCGCGGTGCgcggcg > 1:675912/1‑134 (MQ=255)
cgaACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTCGCGCCGCGGTGCgcggcg > 1:798240/1‑134 (MQ=255)
aaCTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTCGCGCCGCGGTGCgcggcgcg < 1:468587/134‑3 (MQ=255)
aaCTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTCGCGCCGCGGTGCgcggcgcg < 2:798240/134‑3 (MQ=255)
gtggATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCcgcg < 1:866895/70‑1 (MQ=255)
gtggATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCcgcg > 2:866895/1‑70 (MQ=255)
|
GTGGTGGGACCGATCGCCAGCATGATTCCTCTTCCACAAGCGCAGTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGAT‑GACTCGACGA‑GATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTCGCGCCGCGGTGCGCGGCGTG > AM260479/2110884‑2111133
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCCGCGCGTGTGGTGGGACCGATCGCCAGCATGATTCCTCTTCCACAAGCGCAGTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGAT‑GACTCGACGA‑GATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTCGCGCCGCGGTGCGCGGCGTGGCCCAGGCGGTGCGA > AM260479/2110875‑2111148
|
gcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGA‑G < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1203:14977:5021/97‑1 (MQ=60)
CGCGCGTGTGGTGGGACCGATCGCCAGCATGATTCCTCTTCCACAAGCGCAGTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGA‑Gga < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2112:18842:97355/150‑3 (MQ=60)
CGCGCGTGTGGTGGGACCGATCGCCAGCATGATTCCTCTTCCACAAGCGCAGTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGA‑Gga < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2115:2856:34814/150‑3 (MQ=60)
gtataagagaacagTCCACAAGCGCAGTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1211:20212:51313/136‑1 (MQ=60)
acgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2206:2907:60835/102‑1 (MQ=60)
GCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2116:3318:57066/150‑1 (MQ=60)
GTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTCGCGCCGCGGTGCGCGGCGT > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2110:6073:60919/1‑150 (MQ=60)
GTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTCGCGCCGCGGTGCGCGGCGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2202:10875:19197/1‑150 (MQ=60)
AGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTCGCGCCGCGGTGCGCGGCGTGGCCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2102:17092:9346/150‑1 (MQ=60)
GAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTCGCGCCGCGGTGCGCGGCGcgcgcgaccgaggggag < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1215:6080:40346/150‑18 (MQ=60)
|
GCCGCGCGTGTGGTGGGACCGATCGCCAGCATGATTCCTCTTCCACAAGCGCAGTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGAT‑GACTCGACGA‑GATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTCGCGCCGCGGTGCGCGGCGTGGCCCAGGCGGTGCGA > AM260479/2110875‑2111148
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
