Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
6081 |
0.0 |
0 |
0.0% |
0 |
0.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTAATAATTTTACTCAATTCTTACTATTGCTTTACCAATCCTTGTATTTGAGCTCTCATAAAGTTCGCTGACTACTTCTCACGACTCATGTCATCTCCTTATACTGTATATGATAATATACTGGTGGTGAATGACAGCAAACTCTTTCTGGAAAACTTCTTGTCCTAAAGAACAAAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACATATTTTTTATAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATAAAAATAATAGCGCTGCTACTCCAACTATATAACCCATGTTCTTGGATTCAACCTTCATACCAGCACCTTCATAGACAGAGACATTTGCGGTACTACTTGGGGTAGTAGCAGCGGTAGTCTCAGGTCCAGACGCAGTGGCTTGGATTTGACCATCACTGATCTGTGAAATAGCGGCATCTTGCTTTTTGCCGGGTTGATGATCTGCAAC > BK006934/359350‑359914
|
GTAATAATTTTACTCAATTCTTACTATTGCTTTACCAATCCTTGTATTTGAGCTCTCATAAAGTTCGCTGACTACTTCTCACGACTCATGTCATCTCCTTATACTGTATATGATAATATACTGGTGGTGAATGACAGCAAAATCTTTCTGGAAAACTTCTTGTCCTAAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTAGGCTTATAAAATTATAACATGTACTTATTTTTTTTAAA > SRR13385771.1032799/1‑300 (MQ=60)
AATTTTACTCAATTCTTACTATTGCTTTACCAATCCTTGTATTTGAGCTCTCATAAAGTTCGCTGACTACTTCTCACGACTCATGTCATCTCCTTATACTGTATATGATAATATACTGGTGGTGAATGACAGCAAAATCTTTCTGGAAAACTTCTTGTCCTAAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAA < SRR13385771.1154434/300‑1 (MQ=60)
TTTTACTCAATTCTTACTATTGCTTTACCAATCCTTGTATTTGAGCTCTCATAAAGTTCGCTGACTACTTCTCAAGACTCATGTCATCTCCTTATACTGTATATGATAATATAATGGTGGTGAATGACAGCAAAATCTTTCTGGAAAACTTCTTGTCCTAAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAA > SRR13385771.119632/1‑300 (MQ=60)
TTCTTACTATTGCTTTACCAATCCTTGTATTTGAGCTCTCATAAAGTTCGCTGACTACTTCTCACGACTCATGTCATCTCCTTATACTGTATATGATAATATACTGGTGGTGAATGACAGAAAAATCTTTCTGGAAAAATTCTTGTCCTAAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATATGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAACTGAAAATACTATTGTCC > SRR13385771.696844/1‑301 (MQ=60)
TGTATTTGAGCTCTCATAAAGTTCGCTGACTACTTCTCACGACTCATGTCATCTCCTTATACTGTATATGATAATATACTGGTGGTGAATGACAGCAAAATCTTTCTGGAAAACTTCTTGTCCTAAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTT < SRR13385771.274849/299‑1 (MQ=60)
TTCGCTGACTACTTCTCACGACTCATGTCCTCTCCTTATACTGTATATGATAATATACTGGTGGTGAATGACAGCAAAATCTTTCTGGAAACCTTCTTGTCCTAAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGACAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATA > SRR13385771.1456997/1‑293 (MQ=60)
CGCTGACTACTTCTCACGACTCATGTCATCTCCTTATACTGTATATGATAATATACTGGTGGTGAATGACAGCAAAAGCTTTCTGGAAAACTTCTTGTCCTAAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATAAAAATAATAG < SRR13385771.413603/301‑1 (MQ=60)
TGACTACTTCTCACGACTCATGTCATCTCCTTATACTGTATATGATAATATACTGGTGGTGAATGACAGCAAAATCTTTCTGGAAAACTTCTTGTCCTAAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATAAAAATAATAGCGC > SRR13385771.1336385/1‑301 (MQ=60)
ACTTCTCACGACTCATGTCATCTCCTTATACTGTATATGATAATATACTGGTGGTGAATGACAGCAAAATCTTTCTGGAAAACTTCTTGTCCCAAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAATACTATTGCCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGCAGGCCAAATTAGAAAAATAATAGCGCTGCT > SRR13385771.1854709/1‑300 (MQ=60)
CGACTCATGTCATCTCCTTATACTGTATATGATAATATACTGGTGGTGAATGACAGCAAAATCTTTCTGGAAAACTTCTTGTCCTAAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATAAACATAATAGCGCTGCTACTCCAACT > SRR13385771.1180442/1‑301 (MQ=60)
ACTCATGTCATCTCCTTATACTGTATATGCTAATATACTGGTGGTGAATGACAGCAACATCTTTCTGGAACACTTCTTGTCCTAAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTCACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGACAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCACATTATAAAACTCATAGCGCTGATACTCCAACTAT > SRR13385771.1077791/1‑301 (MQ=60)
TATACTGTATATGATAATATACTGGTGGTGAATGACAGCAAAATCTTTCTGGAAAACTTCTTGTCCTAAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATAAAAATAATAGCGCTGCTACTCCAACTATATAACCCATGTTCTTG > SRR13385771.291253/1‑301 (MQ=60)
ATACTGTATATGATAATATACTGGTGGTGAATGACAGCAAAATCTTTCTGGAAAACTTCTTGTCCTAAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATAAAAATAATAGCGCTGCTACTCCAACTATATAACCCATGTTCTTGG > SRR13385771.1908550/1‑301 (MQ=60)
AATCTTTCTGGAAAACTTCTTGTCCTAAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATAAAAATAATAGCGCTGCTACTCCAACTATATAACCCATGTTCTTGGATTCAACCTTCATACCAGCACCTTCATAGACAGAGACATT > SRR13385771.516838/1‑301 (MQ=60)
GGAAAACTTCTTGTCCTAAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATAAAAATAATAGCGCTGCTACTCCAACTATATAACCCATGTTCTTGGATTCAACCTTCATACCAGCACCTTCATAGACAGAGACATTTGCGGTAC < SRR13385771.296405/300‑1 (MQ=60)
AAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATAAAAATAATAGCGCTGCTACTCCAACTATATAACCCATGTTCTTGGATTCAACCTTCATACCAGCACCTTCATAGACAGAGACATTTGCGGTACTACTTGGGGTAGTAGCA < SRR13385771.1547528/300‑1 (MQ=60)
AAAGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATAAAAATAATAGCGCTGCTACTCCAACTATATAACCCATGTTCTTGGATTCA < SRR13385771.983841/240‑1 (MQ=60)
AGAAC‑AAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATAAAAATAATAGCGCTGCTACTCCAACTATATAACCCATGTTCTTGGATTCAACCTTCATACCAGCACCTTCATAGACAGAGACATTTGCGGTACTACTTGGGGTAGTAGCAGCG > SRR13385771.256401/1‑301 (MQ=60)
AGGCCAGTGGTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGGAAAATGACTGCTTTTTCGTCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTGTTTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATAAAAATAATAGCGCTGCTACTCCAACTAGATAACCCATGTTCTTGGATTCAACCTTCATACCAGCACCTTCATAGACAGAGACATTTGCGGTACTACTTGGGGTAGTAGCAGCGGTAGTCTCAGGTCCAGACGCA < SRR13385771.987410/300‑1 (MQ=60)
GCCAGTGTTATGTTGTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATAAAAATAATAGCGCTGCTACTCCAACTATATAACCCATGTTCTTGGATTCAACCTTCATACCGGCACCTTCATAGACAGAGACATTTGCGGTACTACTTGGGGTAGTAGCAGCGGTAGTCTCGGGTCCAGACGCAGTG < SRR13385771.1279355/301‑1 (MQ=60)
TGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATAAAAATAATAGCGCTGCTACTCCAACTATATAACCCATGTTCTTGGATTCAACCTTCATACCAGCACCTTCATAGACAGAGACATTTGCGGTACTACTTGGGGTAGTAGCAGCGGTAGTCTCAGGTCCAGACGCAGTGGCTTGGATTT > SRR13385771.422923/1‑301 (MQ=60)
GACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCTGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTGAATTGTACAAGTGTTACATTTGGAGGCCACATTATAAAAATAATAGCGCTGCTACTCCAACTATATAACCCATGTTCTTGTATTCAACCTTCTTACCAGCACCTTCATAGACAGTTACATTTGCTGTACTACTTGGGGTAGTAGCAGCTGTAGTCTCAGGTCCAGACGCAGTGGCTTGGATTTGACCATCACTGATCT < SRR13385771.675991/301‑1 (MQ=60)
CGGCTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTGTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGACAAATTATAAAAATAATAGCGCTGCTACTCCAACTATATAACCCATGTTCTTGGATTCAACCTTCATACCAGCACCTTCATAGACAGAGACATTTGCGGTACTACTTGGGGTAGTAGCAGCGGTAGTCTCAGGTCCAGACGCAGTGGCTTGGATTTGACCATCACTGATCTGTGAAATAGCGGCATCTTGCTTTTTGCCGGGTTGATGATCTGCA < SRR13385771.1708486/301‑1 (MQ=60)
CTTATAAAATTCTAACATGTACTTATTTTTTTTAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATAAAAATAATAGCGCTGCTACTCCAACTATATAACCCATGTTCTTGGATTCAACCTTCATACCAGCACCTTCATAGACAGAGACATTTGCGGTACTACTTGGGGTAGTAGCAGCGGTAGTCTCAGGTCCAGACGCAGTGGCTTGGATTTGACCATCACTGATCTGTGAAATAGCGGCATCTTGCTTTTTGCCGGGTTGATGATCTGCAAC > SRR13385771.1466877/1‑300 (MQ=60)
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GTAATAATTTTACTCAATTCTTACTATTGCTTTACCAATCCTTGTATTTGAGCTCTCATAAAGTTCGCTGACTACTTCTCACGACTCATGTCATCTCCTTATACTGTATATGATAATATACTGGTGGTGAATGACAGCAAACTCTTTCTGGAAAACTTCTTGTCCTAAAGAACAAAATCAGTGTAATGTGTAGGCCAGTGTTATGTTTTCATGAATATGACATCTGATAAGAATAAAACAACTGGTAAAATGACTGCTTTTTCGGCTTATAAAATTCTAACATGTACATATTTTTTATAAAATGAAAATACTATTGTCCTTAATTGTACAATTTTTACATTTGGAGGCCAAATTATAAAAATAATAGCGCTGCTACTCCAACTATATAACCCATGTTCTTGGATTCAACCTTCATACCAGCACCTTCATAGACAGAGACATTTGCGGTACTACTTGGGGTAGTAGCAGCGGTAGTCTCAGGTCCAGACGCAGTGGCTTGGATTTGACCATCACTGATCTGTGAAATAGCGGCATCTTGCTTTTTGCCGGGTTGATGATCTGCAAC > BK006934/359350‑359914
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
