Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A1 F1 I1 R1
|
6081 |
0.0 |
0 |
0.0% |
0 |
0.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTTGAATCATCTGCATTCAATTGGATTGAAAAACGACAACACCAAGTGAGATCCGAAAACTTAATGAACAGATTATCTGCCTACTTTTTGCCCTTTTTGAGTAGAAGTTCTCACAAAGAACGTGTATTGTTGAGGCAATTAGGAAATAATGAAATAGCGAAGAGTGACAAGTGCCGTTACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAAAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAGGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCTATTATCACAGACATGACAACTGGAGAGGCAGTTCCGGCACCCGAGGTTGATATGGAATCATCAAACTTTAATGGTAACTTTTGGTCCAACTGGAATAGGTTGAGCAAAGGAAGAGGTTTTGTTTTAACTATTGCTGAAAAGGAT > BK006942/326253‑326837
|
GTTGAATCATCTGCATTCAATTGGATTGAAAAACGACAACACCAAGTGAGATCCGAAAACTTAATGAACAGATTATCTGCCTACTTTTTGCCCTTTTTGAGTAGAAGTTCTCACAAAGAACGTGTATTGTTGAGGCAATTAGGAAATAATGAAATAGCTAAGAGTGACAAGTGCCGTTACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCT < SRR13385771.898864/300‑1 (MQ=60)
ATCATCTGCATTCAATTGGATTGAAAAACGACAACACCAAGTGAGATCCGAAAACTTAATGAACAGATTATCTGCCTACTTTTTGCCCTTTTTGAGTAGAAGTTCTCACAAAGAACGTGTATTGTTGAGGCAATTAGGAAATAATGAAATAGCTAAGAGTGACAAGTGCCGTTACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGAT < SRR13385771.45251/301‑1 (MQ=60)
GCATTCAATTGGATTGAAAAACGACAACACCAAGTGAGATCCGAAAACTTAATGAACAGATTATCTGCCTACTTTTTGCCCTTTTTGAGTAGAAGTTCTCACAAAGAACGTGTATTGTTGAGGCAATTAGGAAATAATGAAATAGCTAAGAGTGACAAGTGCCGTTACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGC < SRR13385771.1294756/300‑1 (MQ=60)
AATTGGATTGAAAAACGACAACACCAAGTGAGATCCGAAAACTTAATGAACAGATTATCTGCCTACTTTTTGCCCTTTTTGAGTAGAAGTTCTCACAAAGAACGTGTATTGTTGAGGCAATTAGGAAATAATGAAATAGCTAAGAGTGACAAGTGCCGTTACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTAT < SRR13385771.1673830/301‑1 (MQ=60)
AAACGACAACACCAAGTGAGATCCGAAAACTTAATGAACAGATTATCTGCCTACTTTTTGCCCTTTTTGAGTAGAAGTTCTCACAAAGAACGTGTATTGTTGAGGCAATTAGGAAATAATGAAATAGCTAAGAGTGACAAGTGCCGTTACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGTGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTAGAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAG < SRR13385771.557010/301‑1 (MQ=60)
AACACCAAGTGAGATCCGAAAACTTAATGAACAGATTATCTGCCTACTTTTTGCCCTTTTTGAGTAGAAGTTCTCACAAAGAACGTGTATTGTTGAGGCATTTAGGAAATAATGAAAGAGCTAAGAGTGATAAGTGCCGTTACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTTATCCCGACTGGGTCAATGCGCAAACTGCAAATTTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCGTTGTTAGGTTATATCTTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTAC > SRR13385771.946662/1‑301 (MQ=60)
TACTTTTTGCCCTTTTTGAGTAGAAGTTCTCACAAAGAACGTGTATTGTTGAGGCAATTAGGAAATAATGAAATAGCTAAGAGTGACAAGTGCCGTTACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGCTTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATCCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAA > SRR13385771.1094083/1‑300 (MQ=60)
GAAGTTCTCACAAAGAACGTGTATTGTTGAGGCAATTAGGAAATAATGAAATAGCTAAGAGTGACAAGTGCCGTTACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGA > SRR13385771.1426969/1‑300 (MQ=60)
CAAAGAACGTGTATTGTTGAGGCAATTAGGAAATAATGAAATAGCTAAGAGTGACAAGTGCCGTTACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGCTTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAAC > SRR13385771.1322365/1‑301 (MQ=60)
GTGGAGGCAATTAGGAAATAATGAAATAGCTAAGAGTGACAAGTGCCGTTACATTTGGTAAGTACTATACAAGATGGATGCCGACTGGTACAATGCGCAAACTGCAAAATTGTATAATGTTGATGGGGTAGATAACACGGTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGAGTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGGCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTGCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAATC < SRR13385771.1029336/300‑1 (MQ=60)
TTGAGGCAATTAGGAAATAATGAAATAGCTAAGAGTGACAAGTGCCGTTACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTACATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGACGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTG > SRR13385771.217311/1‑301 (MQ=60)
CAATTAGGAAATAATGAAATAGCTAAGAGTGACAAGTGCCGTTACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGT > SRR13385771.1729495/1‑301 (MQ=60)
TAGGAAATAATGAAATAGCTAAGAGTGACAAGTGCCGTTACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCC > SRR13385771.1314058/1‑301 (MQ=60)
AAATAGCTAAGAGTGACAAGTGCCGTTACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCTATTATCACAGA < SRR13385771.1454129/301‑1 (MQ=60)
AGCTAAGAGTGACAAGTGCCGTTACCTTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCACCCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGCAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCTATTATCACAGCCATG > SRR13385771.6923/1‑301 (MQ=60)
GTGACAAGTGCCGTTACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGTGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTG < SRR13385771.975240/239‑1 (MQ=60)
ACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCTATTATCACAGACATGACAACTGGAGAGGCAGTTCCGGC < SRR13385771.1221290/301‑1 (MQ=60)
ACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCGATTATCACAGACATGACAACTGGAGAGGCAGTTCCGG < SRR13385771.1736409/300‑1 (MQ=60)
CGTTTTGGAAGTGCTGTACAAGATTGATCCCGACTGGGACAAGGGGCAAGCTGCAAAAGTTTATGAGGTTGGTGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCGGGTCAATTAGTTCCTACTGCAATATTTGCAAATTCATCCGTAAAGCCTCATGATTTGCAAAACAGGATGTTTCCATccctgaagcacattcccgacgcctccccccccgccccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc < SRR13385771.399275/300‑83 (MQ=60)
AGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACGGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCTATTATCA < SRR13385771.1677034/260‑1 (MQ=60)
ATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCCAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATATTATGATTATTGATTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCTATTATCACAGACATGACAACTGGAGAGCCAGTTCAGGCACCCGAGGTTGATATGGCATCAT > SRR13385771.1500611/1‑301 (MQ=60)
GATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTACATCCTCATGATTTGCAACACAGAATGTTTCCCTTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCTATTATCACAGCCATGACAACTGGAGAGGCAGTTCCGGCACCCGCGGTTGATATGGAATCATCA > SRR13385771.597416/1‑300 (MQ=60)
AATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCTATTATCACAGACATGACAACTGGAGAGGCAGTTCCGGCACCCGAGGTTGATATGGAATCATCAAACTTTAATGGTAACT > SRR13385771.874153/1‑301 (MQ=60)
GCGCAAACTGCAAAAGTTGATTATGTTGATGGTGTGGAGAACACGTTGGTGTGATTGTTAGGGGAGAGATTAAGTTCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAGTCTGTAATGTGGCCTATTATCACAGACATGACAACTGGAGAGGCAGTTCCGGCACCCGAGGTTGATATGGAATCATCAAACTTTAATGGTAACTTT < SRR13385771.210963/300‑1 (MQ=60)
AAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCTATTATCACAGACATGAGAACTGGAGAGGCAGTTCCGGCACCCGAGGTTGATATGGAATCATCAAACTTTAATGGTAACTTTTGGTC > SRR13385771.1826656/1‑301 (MQ=60)
ACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCTATTATCACAGACATGACAACTGGAGAGGCAGTTCCGGCACCCGAGGTTGATATGGAATCATCAAACTTTAATGGTAACTTTTGGTCC > SRR13385771.1363709/1‑300 (MQ=60)
GCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCTATTATCACAGACATGACAACTGGAGAGGCAGTTCCGGCACCCGAGGTTGATATGGAATCATCAAACTTTAATGGTAACTTTTGGTCCAA < SRR13385771.1172432/299‑1 (MQ=60)
AAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCTATTATCACAGACATGACAACTGGAGAGGCAGTTCCGGCACCCGAGGTTGATATGGAATCATCAAACTTTAATGGTAACTTTTGGTCCAACTGG < SRR13385771.1574003/301‑1 (MQ=60)
AATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCTATTATCACAGACATGACAACTGGAGAGGCAGTTCCGGCACCCGAGGTTGATATGGAATCATCAAACTTTAATGGTAACTTTTGGTCCAACTGGA > SRR13385771.374477/1‑300 (MQ=60)
GTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCTATTATCACAGACATGACAACTGGAGAGGCAGTTCCGGCACCCGAGGTTGATATGGAATCATCAAACTTTAATGGTAACTTTTGGTCCAACTGGAATAGGTTGAGCAAAGGAAG > SRR13385771.1481027/1‑299 (MQ=60)
ACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAGAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCTATTATCACAGACATGACAACTGGAGAGGCAGTTCCGGCACCCGAGGTTGATATGGAATCATCAAACTTTAATGGTAACTTTTGGTCCAACTGGAATAGGTTGAGCAAAGGAAGAGGTTTTGTTT > SRR13385771.1758206/1‑301 (MQ=60)
GGAGAGATTAAGATCTTATGAGTATTGCTTTTGATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGGTTCCATTTCGGAAGAAAATTAACGAAGAATCCAAAACTGTAATGTGGCTTATTATCACAGACATGACAACTGGAGAGGCAGTTCCGGCACCCGAGGTTGATATGGAATCATCAAACTTTAATGGTAACTTTTGGTCCAACTGTAATAGGTTGAGCAAAGGAAGAGGTTTTGTTTTAACTATTGCTGAAAAGGAT < SRR13385771.1727035/301‑1 (MQ=60)
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GTTGAATCATCTGCATTCAATTGGATTGAAAAACGACAACACCAAGTGAGATCCGAAAACTTAATGAACAGATTATCTGCCTACTTTTTGCCCTTTTTGAGTAGAAGTTCTCACAAAGAACGTGTATTGTTGAGGCAATTAGGAAATAATGAAATAGCGAAGAGTGACAAGTGCCGTTACATTTTTGAAGTACTATACAAGATTGATCCCGACTGGGACAATGCGCAAACTGCAAAATTTTATAATGTTGATGGTGTAGATAACACGTTGGCCTCATTGTTAGGGGAAAGATTAAGATCTTATGATTATTGCTTTTTATCTGGTCAATTAGATCCTACTGCAATATTTGCAAATTCAACCGTAAATCCTCATGATTTGCAAAACAGAATGTTTCCATTTCTGAAGAAAATTAACGAGGAATCCAAAACTGTAATGTGGCCTATTATCACAGACATGACAACTGGAGAGGCAGTTCCGGCACCCGAGGTTGATATGGAATCATCAAACTTTAATGGTAACTTTTGGTCCAACTGGAATAGGTTGAGCAAAGGAAGAGGTTTTGTTTTAACTATTGCTGAAAAGGAT > BK006942/326253‑326837
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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |