Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F14 I1 R1
|
58 |
76.7 |
3323998 |
98.6% |
3277462 |
146.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
1,842,575 |
Δ2 bp |
coding (2218‑2219/2754 nt) |
gacS ← |
sensor protein GacS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 1,842,575 | 0 | T | . | 100.0%
| 267.0
/ NA
| 58 | coding (2219/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (20/38); total (20/38) |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 1,842,576 | 0 | G | . | 100.0%
| 267.0
/ NA
| 58 | coding (2218/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (20/38); total (20/38) |
ACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTCTGGGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTACCT > NC_002947_CJ‑RC/1842435‑1842716
||
aCTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTtctc > 7:30614/1‑149 (MQ=255)
catcaCCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTtctc > 6:127364/1‑145 (MQ=255)
catcaCCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTtctc < 5:127364/145‑1 (MQ=255)
tcaCCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAg < 1:300271/149‑1 (MQ=255)
accaccTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGc < 6:119981/149‑1 (MQ=255)
accaccTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGc < 6:114043/149‑1 (MQ=255)
ccaccTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCg > 7:120502/1‑149 (MQ=255)
ccaccTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCg > 5:220567/1‑149 (MQ=255)
ccTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGAt < 5:284339/149‑1 (MQ=255)
gcgaGTTGCCGTTAGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTAGTCAATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGAATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGtt < 1:363788/146‑1 (MQ=255)
gCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGtt < 1:259678/149‑1 (MQ=255)
ccAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTc > 1:99041/1‑149 (MQ=255)
ccAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTc < 6:278607/149‑1 (MQ=255)
ccAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTc < 7:384441/149‑1 (MQ=255)
cAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCTGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCg < 1:203154/149‑1 (MQ=255)
cAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCg < 3:100552/149‑1 (MQ=255)
cAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCg < 8:399432/149‑1 (MQ=255)
aGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGTATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCgg < 8:171890/149‑1 (MQ=255)
ccGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAg < 2:58994/149‑1 (MQ=255)
ccGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAg < 5:215224/149‑1 (MQ=255)
gTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCAt < 6:188535/149‑1 (MQ=255)
tttGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATg > 7:171610/1‑149 (MQ=255)
tCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCggg < 4:375660/149‑1 (MQ=255)
tCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCggg > 6:178388/1‑149 (MQ=255)
tAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCt < 8:15505/149‑1 (MQ=255)
aGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTAAAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTg > 2:86752/1‑149 (MQ=255)
gtcgtcCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGc < 8:423160/149‑1 (MQ=255)
tcgtcCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGca > 8:377206/1‑149 (MQ=255)
tcgtcCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGc < 6:242911/148‑1 (MQ=255)
cATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCAcatcc < 4:45323/149‑1 (MQ=255)
cATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCAcatc > 3:202461/1‑148 (MQ=255)
tGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCAcatccat < 7:54423/149‑1 (MQ=255)
tgCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCAc < 5:312674/147‑1 (MQ=255)
caacaaCGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAgg > 5:310615/1‑149 (MQ=255)
aacaacGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGt > 7:380488/1‑149 (MQ=255)
caacGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCg < 7:377206/149‑1 (MQ=255)
tttCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAAttcttc > 8:165950/1‑149 (MQ=255)
tttCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAAttctt < 2:411914/148‑1 (MQ=255)
ttCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAAttcttc < 7:70821/148‑1 (MQ=255)
ttCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAAttcttc < 4:202461/148‑1 (MQ=255)
tCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTcc < 2:104709/148‑1 (MQ=255)
cGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTg > 5:146047/1‑149 (MQ=255)
gTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTg > 2:89413/1‑148 (MQ=255)
gTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTg < 2:99041/148‑1 (MQ=255)
ccATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGc < 8:112350/149‑1 (MQ=255)
catggcatggGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGcc > 8:199568/1‑149 (MQ=255)
catggcatggGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGcc < 2:236879/149‑1 (MQ=255)
tggcatggGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCAGATCCAGCAGCACCAGGTCGAAGAATTCTTCCTGCACGGCCTg > 2:233410/1‑149 (MQ=255)
tggcatggGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTg > 6:78134/1‑149 (MQ=255)
aGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATaa < 7:39062/148‑1 (MQ=255)
gCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCAt > 3:8838/1‑149 (MQ=255)
gacgaTCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCAttg < 4:130863/149‑1 (MQ=255)
gacgaTCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCAttg > 6:299694/1‑149 (MQ=255)
gacgaTCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCAttg < 8:380488/149‑1 (MQ=255)
aTCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTAGGTACAGGCGCGGCAGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGa < 6:220567/149‑1 (MQ=255)
ggTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTAc < 1:46685/149‑1 (MQ=255)
ttGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTACCt < 8:11299/149‑1 (MQ=255)
ttGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTACCt < 8:30614/149‑1 (MQ=255)
||
ACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTCTGGGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTACCT > NC_002947_CJ‑RC/1842435‑1842716
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTCTGGGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTACCTCGGC > NC_002947_CJ‑RC/1842430‑1842720
|
GGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21312:26101:2741/1‑151 (MQ=60)
CACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11406:22593:2513/1‑151 (MQ=60)
TCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11510:3072:20390/147‑1 (MQ=60)
ATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21203:13421:9198/151‑1 (MQ=60)
ACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11508:7400:16118/1‑151 (MQ=60)
ACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21402:13121:3371/1‑151 (MQ=60)
ACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21502:6316:3640/151‑1 (MQ=60)
GGCGAGTTGCCGTTAGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTAGTCAATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGAATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTC < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21302:15135:18898/151‑1 (MQ=60)
GGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTC < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21108:22260:6333/151‑1 (MQ=60)
GCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11204:14239:14703/1‑151 (MQ=60)
GCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21605:19388:14940/151‑1 (MQ=60)
CCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCTGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11310:11518:13776/151‑1 (MQ=60)
CCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11206:14171:12957/151‑1 (MQ=60)
GCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21401:5976:2839/151‑1 (MQ=60)
GTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11605:12654:12030/1‑151 (MQ=60)
TCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11311:3023:12319/1‑150 (MQ=60)
ATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21605:3455:18802/151‑1 (MQ=60)
ATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATC < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11409:20925:17302/151‑1 (MQ=60)
GTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21507:5909:4453/149‑1 (MQ=60)
GCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21506:24396:16323/1‑151 (MQ=60)
CAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21605:8672:1632/1‑151 (MQ=60)
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GCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTACCTCGGC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21601:25948:5245/151‑1 (MQ=60)
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GGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTCTGGGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTACCTCGGC > NC_002947_CJ‑RC/1842430‑1842720
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
