Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F64 I1 R1
|
60 |
70.4 |
2989830 |
98.5% |
2944982 |
146.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
1,842,575 |
Δ2 bp |
coding (2218‑2219/2754 nt) |
gacS ← |
sensor protein GacS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 1,842,575 | 0 | T | . | 100.0%
| 313.9
/ NA
| 68 | coding (2219/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (33/35); total (33/35) |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 1,842,576 | 0 | G | . | 100.0%
| 313.9
/ NA
| 68 | coding (2218/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (33/35); total (33/35) |
CACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTCTGGGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTACC > NC_002947_CJ‑RC/1842434‑1842715
||
cACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTtct > 5:77095/1‑149 (MQ=255)
cTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTcc < 7:138027/149‑1 (MQ=255)
catcaCCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCca < 8:177268/148‑1 (MQ=255)
tcaCCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAg > 6:166215/1‑149 (MQ=255)
caccacCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAgg > 1:34924/1‑149 (MQ=255)
caccacCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAgg > 8:179289/1‑149 (MQ=255)
accaccTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCATGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGc < 5:215556/149‑1 (MQ=255)
accTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGa < 3:341379/149‑1 (MQ=255)
ccAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTc < 2:259013/149‑1 (MQ=255)
ccAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTc < 1:36610/149‑1 (MQ=255)
aGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCgg < 7:172594/149‑1 (MQ=255)
gTTGCCGTTCGCAGATCGGTTAGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCgg > 4:109034/1‑148 (MQ=255)
ttGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTa > 4:85113/1‑149 (MQ=255)
ccGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAg > 3:358802/1‑149 (MQ=255)
cGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGgcgc < 1:46354/148‑1 (MQ=255)
cGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGgcgc < 1:40738/148‑1 (MQ=255)
cGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGgcgc < 7:265726/148‑1 (MQ=255)
tGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGcc > 8:271742/1‑149 (MQ=255)
tGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGcc > 4:198577/1‑149 (MQ=255)
gTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCAt > 7:59879/1‑149 (MQ=255)
gTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCAt < 4:236114/149‑1 (MQ=255)
gTTTGGTCAGGTAGTCGTAAATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGATTTTCGTTGGCCATGGCAGGGGCAGTGAGGGAGACGATCGGCAGAGGGTTGCCGCTC‑‑GTTGTTCTCACACAGGCGGATCTTTTCGGTACAGGCGAGGCCGTCCAt > 8:287783/1‑149 (MQ=255)
tCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCggg > 1:85519/1‑149 (MQ=255)
tCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCggg < 4:28288/149‑1 (MQ=255)
gTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATc > 7:289846/1‑149 (MQ=255)
gTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATc < 6:3854/149‑1 (MQ=255)
gtcgtcCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGc < 7:232030/149‑1 (MQ=255)
gtcCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGc > 5:74909/1‑140 (MQ=255)
gtcCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGc < 6:74909/140‑1 (MQ=255)
gtcCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGcaca > 7:316749/1‑149 (MQ=255)
cATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCAcatcc < 1:112436/149‑1 (MQ=255)
cATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCAcatc > 7:309922/1‑148 (MQ=255)
ccGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCAcatccatc < 8:80672/148‑1 (MQ=255)
cGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAg > 5:300713/1‑149 (MQ=255)
cGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAg > 2:160955/1‑149 (MQ=255)
cTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCa < 1:250620/149‑1 (MQ=255)
gCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCCGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATCCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAg > 6:77359/1‑149 (MQ=255)
caacaaCGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCTTCAGCACCAgg > 4:297041/1‑149 (MQ=255)
aacaacGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGt < 2:34924/149‑1 (MQ=255)
aacaacGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GCTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGt > 2:236846/1‑149 (MQ=255)
caacGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTc > 1:232100/1‑148 (MQ=255)
acGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGaa < 7:184839/149‑1 (MQ=255)
gcgcgTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAAc > 4:228010/1‑148 (MQ=255)
gcgcgTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAAc > 7:215213/1‑148 (MQ=255)
cgcgTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACaa < 5:166215/149‑1 (MQ=255)
gcgTTTTTCGTTGGCAATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAAt > 4:123447/1‑149 (MQ=255)
ttCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAAttcttc < 3:20232/148‑1 (MQ=255)
ttCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAAttcttc < 1:327298/148‑1 (MQ=255)
catggcatggGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGcc < 7:179289/149‑1 (MQ=255)
catggcatggGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGcc < 6:77095/149‑1 (MQ=255)
catggcatggGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGcc < 8:262881/149‑1 (MQ=255)
atggcatggGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCt < 6:300713/149‑1 (MQ=255)
gcatggGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCt < 4:115928/146‑1 (MQ=255)
gcatggGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCt > 3:115928/1‑146 (MQ=255)
gcatggGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTa > 8:254441/1‑149 (MQ=255)
gCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTAccgccg > 2:283351/1‑149 (MQ=255)
ggCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCa < 8:309922/149‑1 (MQ=255)
cgacgaTCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCAtt < 8:59879/149‑1 (MQ=255)
gaTCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACCTCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCAttgtt > 3:22690/1‑148 (MQ=255)
aTCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGa < 1:173843/149‑1 (MQ=255)
tCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGAc < 3:85113/149‑1 (MQ=255)
ggCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACgg < 8:31232/149‑1 (MQ=255)
ggCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACg < 8:123274/148‑1 (MQ=255)
gCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGc > 3:309883/1‑149 (MQ=255)
gCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGc > 4:236795/1‑149 (MQ=255)
cAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGcc < 8:164522/149‑1 (MQ=255)
gggTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTa > 2:231717/1‑149 (MQ=255)
gTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTAcc > 1:153375/1‑149 (MQ=255)
||
CACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTCTGGGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTACC > NC_002947_CJ‑RC/1842434‑1842715
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTCTGGGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTACCTCGGCACCC > NC_002947_CJ‑RC/1842430‑1842724
|
GGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21502:14363:3031/1‑151 (MQ=60)
CCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11504:13003:2380/1‑151 (MQ=60)
ACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCC < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11602:21724:13314/151‑1 (MQ=60)
TCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11107:24248:4185/1‑151 (MQ=60)
CACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCATGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21405:24411:19829/151‑1 (MQ=60)
CACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGAT < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21309:18764:7669/151‑1 (MQ=60)
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CCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21510:14904:19575/1‑151 (MQ=60)
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|
GGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTCTGGGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTACCTCGGCACCC > NC_002947_CJ‑RC/1842430‑1842724
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
