Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F29 I1 R1
|
57 |
65.8 |
2790598 |
98.6% |
2751529 |
146.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
1,842,575 |
Δ2 bp |
coding (2218‑2219/2754 nt) |
gacS ← |
sensor protein GacS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 1,842,575 | 0 | T | . | 100.0%
| 239.8
/ NA
| 52 | coding (2219/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (27/25); total (27/25) |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 1,842,576 | 0 | G | . | 100.0%
| 239.8
/ NA
| 52 | coding (2218/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (27/25); total (27/25) |
CACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTCTGGGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGC > NC_002947_CJ‑RC/1842434‑1842708
||
cACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTtct > 6:216412/1‑149 (MQ=255)
cACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTtct > 1:61595/1‑149 (MQ=255)
cACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTtct > 3:161519/1‑149 (MQ=255)
cACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTtct > 4:322016/1‑149 (MQ=255)
aCTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTtctc > 5:277203/1‑149 (MQ=255)
aCTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTtctc < 2:130901/149‑1 (MQ=255)
atcaCCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCca > 4:229275/1‑147 (MQ=255)
accaccTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGc > 7:22397/1‑149 (MQ=255)
accTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGa < 5:130485/149‑1 (MQ=255)
ggCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCt < 3:236576/147‑1 (MQ=255)
gCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGtt > 3:121454/1‑149 (MQ=255)
ccAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTc < 7:10332/149‑1 (MQ=255)
cAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCg > 2:284982/1‑149 (MQ=255)
aGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCgg < 1:159927/149‑1 (MQ=255)
gCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTAc < 6:104909/148‑1 (MQ=255)
ttCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGgcg > 3:233815/1‑149 (MQ=255)
gCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCgg > 4:59183/1‑149 (MQ=255)
gCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCgg > 2:33519/1‑149 (MQ=255)
tGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGcc > 2:249613/1‑149 (MQ=255)
aTCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGcc < 3:285731/147‑1 (MQ=255)
gTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCAt > 1:249191/1‑149 (MQ=255)
gTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCgg > 1:51711/1‑149 (MQ=255)
gTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGGTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCg < 1:319655/148‑1 (MQ=255)
gTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATc > 3:64396/1‑149 (MQ=255)
tAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCt < 2:61595/149‑1 (MQ=255)
gtcgtcCATGCCGCTGTGCAACAACGCTCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGc < 8:166378/149‑1 (MQ=255)
gtcCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGcaca > 1:268422/1‑149 (MQ=255)
aTGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCAcatcca > 5:319583/1‑149 (MQ=255)
tGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCAcatccat < 6:101524/149‑1 (MQ=255)
tGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCAGGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGGTCGGTACAGTCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCAcatccat < 1:340555/149‑1 (MQ=255)
gCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAg > 7:19323/1‑149 (MQ=255)
caacaaCGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAgg > 2:9503/1‑149 (MQ=255)
aacaacGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGt > 3:56762/1‑149 (MQ=255)
aacaacGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGt > 7:169289/1‑149 (MQ=255)
caacGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGATCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTc > 7:303104/1‑148 (MQ=255)
acGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGaa < 4:233815/149‑1 (MQ=255)
acGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGaa < 4:161519/149‑1 (MQ=255)
tttCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAAttctt < 3:316297/148‑1 (MQ=255)
tttCGTTGGCCATGGCATGGGATGTGTGAGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACTGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGAATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCTAACAAttctt < 8:107610/148‑1 (MQ=255)
cGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCt < 7:208303/148‑1 (MQ=255)
atggcatggGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCt < 2:51711/149‑1 (MQ=255)
aGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATaa < 8:31833/148‑1 (MQ=255)
aGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATaa < 1:9503/148‑1 (MQ=255)
aGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATaa < 8:237970/148‑1 (MQ=255)
aGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATaa < 4:121454/148‑1 (MQ=255)
gggCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAAc > 6:96720/1‑148 (MQ=255)
cgacgaTCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCAtt > 5:161107/1‑149 (MQ=255)
gacgaTCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCAttg < 3:229275/149‑1 (MQ=255)
gaTCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCACGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCAttgtt > 6:189903/1‑148 (MQ=255)
tCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGAc < 5:216412/149‑1 (MQ=255)
gCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGc < 8:22397/149‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGc > 8:259898/1‑148 (MQ=255)
||
CACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTCTGGGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGC > NC_002947_CJ‑RC/1842434‑1842708
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTCTGGGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTACCTCGGCACCC > NC_002947_CJ‑RC/1842426‑1842724
|
GGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTCGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11608:23305:3831/151‑1 (MQ=60)
GGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTCGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11407:13430:15200/1‑151 (MQ=60)
CCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11112:14405:15788/1‑151 (MQ=60)
CCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11310:2546:2432/1‑151 (MQ=60)
CACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21510:9393:1949/1‑151 (MQ=60)
CACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11405:12349:8009/1‑151 (MQ=60)
CACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGAT < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11603:10085:11069/151‑1 (MQ=60)
GGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21203:15066:11459/149‑1 (MQ=60)
GGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11302:7335:5173/1‑151 (MQ=60)
GCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11403:26703:1351/151‑1 (MQ=60)
CAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGT < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11308:6597:17991/151‑1 (MQ=60)
GTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21202:23523:10881/1‑151 (MQ=60)
GATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21302:15936:14565/149‑1 (MQ=60)
GGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATG > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21203:26668:4360/1‑151 (MQ=60)
GGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11110:3966:17355/1‑151 (MQ=60)
GGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGGTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21306:24449:15958/150‑1 (MQ=60)
GGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11202:12775:9909/1‑151 (MQ=60)
CGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21207:16098:4504/1‑151 (MQ=60)
CATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21606:3826:6790/1‑151 (MQ=60)
ATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCGATGGCAGGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGGTCGGTACAGTCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATC < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21311:18765:7152/151‑1 (MQ=60)
TGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11404:10877:15530/1‑151 (MQ=60)
CAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11610:11068:18576/1‑151 (MQ=60)
CAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11112:23151:18122/1‑151 (MQ=60)
ACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGATCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21601:8874:9736/1‑150 (MQ=60)
CGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGAgattcggaaggagcacacgtctgaactccagtcaccgctcattatctcgtatgccgtcttctgcttga > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21209:17586:13397/1‑82 (MQ=60)
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CGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGT < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21112:25950:16759/151‑1 (MQ=60)
ATCGGCAGCGGGTTGCCGCTC‑‑GGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21409:25936:4075/151‑1 (MQ=60)
CTCGGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTACCTCGGCACCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21504:8460:18077/1‑151 (MQ=60)
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GGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTTGCCGCTCTGGGTGTTCTCCCACAGGCGGATCTGTTCGGTACAGGCGCGGCCGTCCATGCCGGGCATCTGCACATCCATCAGCACCAGGTCGAACAATTCTTCCTGCACGGCCTGTACCGCCGCATAACCATTGTTGACGGCCAGTACCTCGGCACCC > NC_002947_CJ‑RC/1842426‑1842724
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
