Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F24 I1 R1
|
58 |
74.9 |
3151412 |
98.7% |
3110443 |
147.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
4,768,005 |
T→A |
intergenic (+112/‑70) |
fpvA → / → tpaK |
TonB‑dependent outer membrane ferripyoverdine receptor FpvA/probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 4,768,005 | 0 | T | A | 100.0%
| 234.8
/ NA
| 71 | intergenic (+112/‑70) | fpvA/tpaK | TonB‑dependent outer membrane ferripyoverdine receptor FpvA/probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (34/37); total (34/37) |
ACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACAT > NC_002947_CJ‑RC/4767862‑4768148
|
aCTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACCATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAAtg > 3:344495/1‑149 (MQ=255)
cTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAAtgt > 4:115020/1‑149 (MQ=255)
ttCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAAtgt > 5:290963/1‑148 (MQ=255)
cACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGa < 1:334170/148‑1 (MQ=255)
ccATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATAATCGGCTCGTATAATGTGAt > 2:164942/1‑147 (MQ=255)
cATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGAt > 1:288268/1‑146 (MQ=255)
aTCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGACAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAg > 3:258607/1‑148 (MQ=255)
tCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGAc < 5:44002/149‑1 (MQ=255)
tCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGAc < 8:283357/149‑1 (MQ=255)
ccGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTg > 6:188087/1‑149 (MQ=255)
cGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTgg < 5:156282/149‑1 (MQ=255)
cAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAAt > 2:119600/1‑149 (MQ=255)
gTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATtgt > 8:353483/1‑149 (MQ=255)
tACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATtgt > 7:291510/1‑148 (MQ=255)
aCAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATtgt > 7:308275/1‑147 (MQ=255)
cAGCTTCTGATCGCGTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGa < 4:370034/148‑1 (MQ=255)
ttCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGTGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGa > 3:16949/1‑149 (MQ=255)
cTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGa < 6:165839/147‑1 (MQ=255)
gATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATaa > 4:110275/1‑148 (MQ=255)
aTCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATaat > 1:268779/1‑147 (MQ=255)
ccTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTc > 2:87967/1‑149 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCtt > 6:273503/1‑147 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTaa < 3:381463/149‑1 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTaa < 4:199067/149‑1 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTa < 1:119600/148‑1 (MQ=255)
cGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTaa < 1:83985/148‑1 (MQ=255)
cGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAg < 2:288268/149‑1 (MQ=255)
gTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGa < 2:138062/149‑1 (MQ=255)
ttGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGAt > 4:44079/1‑149 (MQ=255)
gAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGAtt < 5:3356/148‑1 (MQ=255)
aaaaaaCCGCACCTGGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTATTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTca > 8:122129/1‑148 (MQ=14)
aaaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTcaca > 7:74708/1‑148 (MQ=255)
aaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTcacaca < 5:220978/149‑1 (MQ=255)
aCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAgg < 2:53684/149‑1 (MQ=255)
ccGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAg > 8:320770/1‑147 (MQ=255)
ccGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGga < 5:172697/149‑1 (MQ=255)
cgcgCCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAg > 6:96369/1‑146 (MQ=14)
ccAGGTGCGTTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATc < 4:188652/149‑1 (MQ=11)
ccAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGatat > 4:4997/1‑148 (MQ=255)
aGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACTCAGGAGATATCat < 8:155354/149‑1 (MQ=11)
aGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCat < 8:310758/149‑1 (MQ=255)
ttttttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCtt < 6:59838/149‑1 (MQ=255)
ttttttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCtt < 8:98909/149‑1 (MQ=255)
tttttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCtt < 6:54667/148‑1 (MQ=255)
ttttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTa < 1:250268/148‑1 (MQ=255)
aaTTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCa < 7:363306/149‑1 (MQ=255)
aTTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCAt < 3:110591/149‑1 (MQ=255)
ttCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATc > 7:53445/1‑149 (MQ=255)
cTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcgc > 3:279654/1‑149 (MQ=255)
cTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcgc < 3:380100/149‑1 (MQ=255)
tagtagTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgcgcg > 3:353962/1‑149 (MQ=255)
tctcTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGacac > 4:135543/1‑149 (MQ=255)
tATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGcc > 5:201111/1‑149 (MQ=255)
tGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGcc < 4:169821/147‑1 (MQ=255)
tGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCg > 5:54147/1‑148 (MQ=255)
gAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGa < 7:83127/148‑1 (MQ=255)
gTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGAttt > 5:7754/1‑148 (MQ=255)
aGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGTTAATAATTCTTAAGTTTAACTCAGACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCTCCTTCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCAt < 4:258607/148‑1 (MQ=17)
aTGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGAtt > 4:140257/1‑149 (MQ=255)
ctattgaCAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGc < 1:359777/142‑1 (MQ=255)
ttgaCAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGATTTGTGAGCGGTTAATAATTCTTTAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGGGGCCAGt < 6:184325/146‑1 (MQ=18)
ttgaCAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGAAATCATATGTCATTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGt > 8:304253/4‑149 (MQ=18)
aCAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGa < 8:308275/148‑1 (MQ=255)
cAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGt < 7:353483/149‑1 (MQ=255)
cAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGt < 7:122129/149‑1 (MQ=255)
cAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGt < 1:254317/149‑1 (MQ=255)
aaTTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTc > 3:296379/1‑149 (MQ=255)
aaTTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTc < 1:87967/149‑1 (MQ=255)
aTTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGTAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACAATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGTCCAGTGAGTc > 1:130753/1‑148 (MQ=21)
atcatcGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATa < 1:65171/148‑1 (MQ=255)
cTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAATAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACAt > 8:58958/1‑149 (MQ=255)
|
ACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACAT > NC_002947_CJ‑RC/4767862‑4768148
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATAC > NC_002947_CJ‑RC/4767861‑4768140
|
AACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACCATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21306:17595:11415/1‑151 (MQ=60)
CTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTG > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21506:2855:9574/1‑150 (MQ=60)
TCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGAT < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21212:17364:10523/150‑1 (MQ=60)
CCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21204:6947:1670/1‑148 (MQ=60)
CATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGACAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGA > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21112:6506:7027/1‑150 (MQ=60)
ATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11409:20183:7245/151‑1 (MQ=60)
CCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGA < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11605:19541:2854/151‑1 (MQ=60)
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AACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATAC > NC_002947_CJ‑RC/4767861‑4768140
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
