Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F13 I0 R1
|
203 |
85.6 |
3649704 |
98.8% |
3605907 |
146.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
4,768,005 |
T→A |
100% |
intergenic (+112/‑70) |
fpvA → / → tpaK |
TonB‑dependent outer membrane ferripyoverdine receptor FpvA/probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 4,768,005 | 0 | T | A | 100.0%
| 300.1
/ ‑6.8
| 90 | intergenic (+112/‑70) | fpvA/tpaK | TonB‑dependent outer membrane ferripyoverdine receptor FpvA/probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (45/44); total (45/45) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGT > NC_002947_CJ‑RC/4767859‑4768144
|
gCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGtata < 3:18985/149‑1 (MQ=255)
gCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGtata < 6:207127/149‑1 (MQ=255)
gCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGtata < 6:213775/149‑1 (MQ=255)
cAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCATGTTCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATaa < 7:76684/149‑1 (MQ=37)
ttCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAAtgt > 1:363747/1‑148 (MQ=255)
ttCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAAtgt > 1:418217/1‑148 (MQ=255)
cACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGa < 5:107068/148‑1 (MQ=255)
ccATCACCGCCAAGTTCAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGTTTTTTTTAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGTCTCGTATAATGTGATCa < 8:180007/149‑1 (MQ=25)
tCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCAATAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGAc > 7:437004/1‑149 (MQ=255)
ccAATTACAGCTTCTGATCGCCTGACGGTGAACGCAAAAAACCGCACCCATGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGaa < 8:362921/149‑1 (MQ=21)
ccAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGaa < 7:258634/149‑1 (MQ=255)
ccAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGaa > 1:107946/1‑149 (MQ=255)
ccAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGAATGATTAATATAGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGaa > 3:370680/1‑149 (MQ=25)
cAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATAAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAAt > 6:266775/1‑149 (MQ=255)
aaGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAAtt < 4:275683/149‑1 (MQ=255)
gTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATtgt < 8:207241/149‑1 (MQ=255)
gTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATtgt < 3:429053/149‑1 (MQ=255)
gTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATtgt < 3:422337/149‑1 (MQ=255)
tACAGATTCTGATCGCCTGACGTTGAACGATAAAAACCGCACGGAGGTGCGGTTTTTTGAATTCTCTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTTTTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATtgt < 1:297771/148‑1 (MQ=18)
cTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCg > 4:2645/1‑148 (MQ=255)
aTCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATaa < 2:107460/147‑1 (MQ=255)
aTCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATa < 8:441269/146‑1 (MQ=255)
aTCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGATCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAAc > 2:110615/1‑148 (MQ=255)
ccTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGa > 1:144321/1‑148 (MQ=18)
ccTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTc < 2:363747/149‑1 (MQ=255)
ccTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTc < 6:377510/149‑1 (MQ=255)
cTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCt > 5:353193/1‑149 (MQ=255)
tGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCt > 8:209882/1‑148 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCTGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTaa < 1:108421/149‑1 (MQ=255)
aCGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTaa < 2:329875/149‑1 (MQ=255)
ttGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGAt < 7:345181/149‑1 (MQ=255)
gCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACt > 7:244177/1‑148 (MQ=255)
gCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACt > 5:428761/1‑148 (MQ=255)
cAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTca < 3:255062/149‑1 (MQ=255)
cAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTca > 2:6845/1‑149 (MQ=255)
aaaaaaCCGCACCTGGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTca > 4:373874/1‑148 (MQ=14)
aaaaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTcaca > 8:434406/1‑149 (MQ=255)
aaaaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGAtt > 6:430607/1‑148 (MQ=17)
aaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAg < 7:79042/149‑1 (MQ=255)
aaCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAg < 2:418217/149‑1 (MQ=255)
aCCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAg > 3:429717/1‑148 (MQ=255)
ccGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAg > 8:400870/1‑147 (MQ=255)
cACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGat < 5:319406/149‑1 (MQ=255)
cccAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGatat < 2:9921/149‑1 (MQ=255)
cAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCa < 7:209882/149‑1 (MQ=255)
aGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCat < 1:382985/149‑1 (MQ=255)
gTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCatat < 3:193983/149‑1 (MQ=255)
tGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATg > 1:181509/1‑149 (MQ=255)
gTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCt > 2:123378/1‑149 (MQ=255)
gTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCt > 3:149575/1‑149 (MQ=255)
ttttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTa < 8:43684/148‑1 (MQ=255)
ttGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCa > 4:329908/1‑149 (MQ=11)
tGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCAc > 3:34858/1‑149 (MQ=255)
aCTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATcgc < 2:115979/148‑1 (MQ=255)
gtagtCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGt < 3:224777/148‑1 (MQ=255)
gtCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGaca > 1:93049/1‑149 (MQ=255)
ctATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGc > 1:11313/1‑149 (MQ=255)
tATGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAATCATCGGCTCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGt > 4:224162/1‑148 (MQ=11)
aTGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCg > 8:286625/1‑149 (MQ=255)
tGGAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGcc < 8:313727/147‑1 (MQ=255)
gAGGTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGa < 7:286625/148‑1 (MQ=255)
ggTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGAttt < 3:373874/149‑1 (MQ=255)
gTCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTc < 3:2645/149‑1 (MQ=255)
tCATGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCa < 1:178676/149‑1 (MQ=255)
tCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTc < 7:122053/148‑1 (MQ=255)
tCAGGTATGATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCa > 2:156914/1‑149 (MQ=255)
tATGATTACTATTGACTATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGAGGTGGAATTGTGAGCGGATAACATTTCTTATGATTAACTCTCACATGTGATATCATATGTCCTTAGCTCCATCGCGCGTGACACTGGGGGATTTCTTCGa < 4:370680/148‑1 (MQ=255)
gATTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTcg > 2:198380/1‑149 (MQ=255)
aTTACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTcgc > 3:15115/1‑149 (MQ=255)
ttACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTcgcg < 7:400870/149‑1 (MQ=255)
ttACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCCGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCAACATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTcgcg > 7:155751/1‑149 (MQ=18)
tACTATTGACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAGTTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCgg > 3:158677/1‑149 (MQ=255)
ctattgaCAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGc < 1:156914/142‑1 (MQ=255)
tattgaCAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGc > 1:27854/6‑147 (MQ=255)
tattgaCAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCa < 2:181509/144‑1 (MQ=255)
ttgaCAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGt < 6:227213/146‑1 (MQ=255)
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aCAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTATAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCg > 5:71916/1‑123 (MQ=255)
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CACGCAACTTCACCATCACCGCCAAGTACAGCTTCTGATCGCCTGACGTTGAACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAATTCACTAGTAGTCTCTATGGAGGTCAGGTATGATTACTAATTACAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑TCATCGGCTCGTTTAATGTGATCAGACCTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCTTAAGATTAACTCACACAGGAGATATCATATGTCCTTAGCACCATCGCGCGTGACACTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCG > NC_002947_CJ‑RC/4767856‑4768150
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
