Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F58 I1 R1
|
60 |
66.0 |
2910360 |
98.3% |
2860883 |
145.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
2,958,523 |
C→T |
A428V (GCA→GTA) |
PP_2589 → |
aldehyde dehydrogenase family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 2,958,523 | 0 | C | T | 100.0%
| 192.4
/ NA
| 56 | A428V (GCA→GTA) | PP_2589 | aldehyde dehydrogenase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (23/33); total (23/33) |
CATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGCAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCAGTCGGGGTTTGGC > NC_002947_CJ‑RC/2958380‑2958662
|
cATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGcc < 2:268364/148‑1 (MQ=255)
tCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCg < 7:319021/149‑1 (MQ=255)
gAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCgg < 6:302580/148‑1 (MQ=255)
ccGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGgtgt < 2:296108/148‑1 (MQ=255)
aCCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGtgtg > 2:115944/1‑146 (MQ=255)
aTTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGc > 6:324358/1‑147 (MQ=255)
tttttGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGcgac < 8:182727/149‑1 (MQ=255)
tttttGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGcgac < 8:225948/149‑1 (MQ=255)
ccGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACtt < 2:44816/148‑1 (MQ=255)
cGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTc > 7:287453/1‑148 (MQ=255)
ggTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCa < 1:195779/148‑1 (MQ=255)
gtgtCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCaa < 3:147953/148‑1 (MQ=255)
tCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAg < 8:61994/149‑1 (MQ=255)
gAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAg < 3:160988/147‑1 (MQ=255)
gggCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTg > 3:59728/1‑148 (MQ=255)
ggCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTg > 1:77067/1‑147 (MQ=255)
cATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCgg > 2:223241/1‑148 (MQ=255)
cATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCgg > 3:105615/1‑148 (MQ=255)
aGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAg > 6:19468/1‑148 (MQ=255)
cgcgAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGt < 1:343668/148‑1 (MQ=255)
cgAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGtt > 4:331143/1‑147 (MQ=255)
gaggagGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGa > 8:196407/1‑148 (MQ=255)
aggaggTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGaa < 2:332879/148‑1 (MQ=255)
gaggTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAg < 2:122988/148‑1 (MQ=255)
ggTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCg < 8:287453/149‑1 (MQ=255)
ttCGGCCCGGTACTGGCTGTCTGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGGATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTa < 8:47313/148‑1 (MQ=255)
cccGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTa < 1:292136/148‑1 (MQ=255)
cGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATc > 5:302255/1‑148 (MQ=255)
aCTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGt > 5:171671/1‑147 (MQ=255)
cTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGa < 7:103325/148‑1 (MQ=255)
tGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGaa > 5:339561/1‑148 (MQ=255)
gCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAac < 5:324358/147‑1 (MQ=255)
cGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCTGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAaca > 3:24052/1‑147 (MQ=255)
cTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATgcgc > 7:124604/1‑149 (MQ=255)
cGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCgg > 5:103549/1‑128 (MQ=255)
cGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCgg < 6:103549/128‑1 (MQ=255)
acacGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGa < 2:41665/148‑1 (MQ=255)
cacGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGAt > 3:128718/1‑148 (MQ=255)
acGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCt > 4:33990/1‑143 (MQ=255)
acGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCt < 3:33990/143‑1 (MQ=255)
ggAAGATGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGAtgtg < 5:2623/148‑1 (MQ=255)
gaagaagaaGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGTGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGAc < 7:179095/149‑1 (MQ=255)
gaagaagCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACgg > 6:13965/1‑148 (MQ=255)
agaagCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTg < 5:65289/148‑1 (MQ=255)
aagCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGcc > 5:17799/1‑148 (MQ=255)
tGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCgg < 2:101170/148‑1 (MQ=255)
cgcCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTgg < 8:124604/149‑1 (MQ=255)
cgcCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTg < 5:19468/148‑1 (MQ=255)
gcCTGGCCAACGACAGCAGCTCTGGCCGGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGGGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGGCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTggg < 7:347883/149‑1 (MQ=255)
ccTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTggg < 4:1625/148‑1 (MQ=255)
aaCGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCa < 7:196407/149‑1 (MQ=255)
aCGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAg > 1:331210/1‑146 (MQ=255)
cAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCAGTCg < 4:193381/148‑1 (MQ=255)
aTCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCAGTCGGGGt > 3:186222/1‑148 (MQ=255)
aTCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCAGTCGGGGt > 4:284449/1‑148 (MQ=255)
tGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCAGTCGGGGTTTGGc < 6:302255/148‑1 (MQ=255)
|
CATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGCAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCAGTCGGGGTTTGGC > NC_002947_CJ‑RC/2958380‑2958662
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CAACTACATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGCAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCAGTCGGGGTT > NC_002947_CJ‑RC/2958374‑2958658
|
CAACTACATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTA < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11208:2303:14486/151‑1 (MQ=60)
ACTACATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21602:21265:4653/150‑1 (MQ=60)
ATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21602:24317:6463/151‑1 (MQ=60)
CCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCA > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21508:1319:5877/1‑150 (MQ=60)
CGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21102:20089:10408/151‑1 (MQ=60)
GGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACC < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11306:25608:3690/151‑1 (MQ=60)
CGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGT < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11308:17768:12740/150‑1 (MQ=60)
GAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11201:16170:1512/1‑151 (MQ=60)
AGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11203:23744:4038/1‑150 (MQ=60)
CGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11210:11971:1883/1‑151 (MQ=60)
GCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21308:16781:14218/151‑1 (MQ=60)
GCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATC < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21209:19878:10738/151‑1 (MQ=60)
CCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21512:2491:15337/1‑151 (MQ=60)
GTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTG > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11610:12854:3140/1‑150 (MQ=60)
ACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21607:15636:13606/1‑151 (MQ=60)
ACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAA < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11508:14245:12195/150‑1 (MQ=60)
GGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCTGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11105:5672:18002/1‑150 (MQ=60)
GGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21604:2158:16843/150‑1 (MQ=60)
CCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11512:15933:12593/1‑151 (MQ=60)
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GACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATG > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11302:10171:10997/1‑151 (MQ=60)
ACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11107:16663:17875/147‑1 (MQ=60)
CGGAAGATGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11401:21251:11379/151‑1 (MQ=60)
GGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGTGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11611:5741:8480/151‑1 (MQ=60)
AAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11502:25469:4809/151‑1 (MQ=60)
AGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11404:5228:12891/1‑151 (MQ=60)
GCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11404:15913:19415/151‑1 (MQ=60)
CGCCTGGCCAACGACAGCAGCTCTGGCCGGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGGGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGGCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21608:1402:1521/151‑1 (MQ=60)
CAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21402:3585:16717/151‑1 (MQ=60)
CAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21306:11248:2434/1‑149 (MQ=60)
GCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCAGTCGGGGTT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21101:21192:8579/1‑151 (MQ=60)
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CAACTACATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGCAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCAGTCGGGGTT > NC_002947_CJ‑RC/2958374‑2958658
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
