Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F25 I1 R1
|
60 |
73.8 |
3348830 |
98.7% |
3305295 |
145.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
5,396,064 |
A→G |
V231A (GTA→GCA) |
tphBII ← |
4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 5,396,064 | 0 | A | G | 99.4%
| 576.4
/ NA
| 156 | V231A (GTA→GCA) | tphBII | 4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (69/86); minor base T (0/1); total (69/87) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
ACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTACTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATGTCT > NC_002947_CJ‑RC/5395920‑5396208
|
accCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAg < 1:192138/149‑1 (MQ=255)
ccTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGc > 8:169143/1‑149 (MQ=255)
ccTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGc > 5:47789/1‑149 (MQ=255)
ccTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGc > 4:60270/1‑149 (MQ=255)
cACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCgcgc < 1:118406/149‑1 (MQ=255)
cGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTg > 7:91896/1‑149 (MQ=255)
cGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTg > 7:47466/1‑149 (MQ=255)
atagatagTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTgcg < 5:172982/149‑1 (MQ=255)
gatagTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCa < 5:5043/148‑1 (MQ=255)
atagTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAgt > 1:59857/1‑149 (MQ=255)
atagTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAgt < 2:238733/149‑1 (MQ=255)
atagTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGACCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAgt > 8:302455/1‑149 (MQ=255)
tGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGtct < 8:109205/149‑1 (MQ=255)
gcgcTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGtctc > 8:83889/1‑149 (MQ=255)
cgcTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGtctc < 5:369064/148‑1 (MQ=255)
cgcTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGtctc < 6:200464/148‑1 (MQ=255)
cTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGa > 2:415021/1‑148 (MQ=255)
gCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGc < 7:272743/149‑1 (MQ=255)
cTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCg > 4:130478/1‑149 (MQ=255)
cTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCg < 6:321664/149‑1 (MQ=255)
tCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCgg > 7:321684/1‑149 (MQ=255)
tCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCgg > 8:202744/1‑149 (MQ=255)
cGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCggg < 6:69155/148‑1 (MQ=255)
cGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCggg > 7:283054/1‑148 (MQ=255)
gTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCGGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGaa > 5:127361/1‑149 (MQ=255)
gTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGaa < 8:275600/149‑1 (MQ=255)
ttAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAAc < 1:415021/149‑1 (MQ=255)
ggTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACgg < 8:283054/148‑1 (MQ=255)
tGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGa > 3:178780/1‑149 (MQ=255)
gCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGAt > 8:194963/1‑149 (MQ=255)
cagcagCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGa > 6:20333/1‑131 (MQ=255)
cagcagCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGa < 5:20333/131‑1 (MQ=255)
agcagcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTg < 3:223743/149‑1 (MQ=255)
gcagcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTgg < 7:349612/149‑1 (MQ=255)
agcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGa < 6:99329/149‑1 (MQ=255)
agcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGa < 5:72629/149‑1 (MQ=255)
agcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGa < 1:303425/149‑1 (MQ=255)
agcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGa < 3:212453/149‑1 (MQ=255)
aTGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGtcctc < 5:115334/149‑1 (MQ=255)
gggATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAg > 6:334394/1‑149 (MQ=255)
ggATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAgg > 7:88173/1‑149 (MQ=255)
ggATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAgg > 5:312187/1‑149 (MQ=255)
gATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACgg < 4:249679/128‑1 (MQ=255)
tGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAgt > 8:360672/1‑105 (MQ=255)
ggCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGaa > 3:8995/1‑148 (MQ=255)
gCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGaac < 5:10446/148‑1 (MQ=255)
gCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGaac < 6:69766/148‑1 (MQ=255)
gCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGaac > 5:369776/1‑148 (MQ=255)
cccTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGaacaa > 5:80579/1‑149 (MQ=255)
aTCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTc < 7:131438/149‑1 (MQ=255)
aTCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTc < 3:175498/149‑1 (MQ=255)
tGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTc < 7:397408/149‑1 (MQ=255)
cagcaTGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCa < 1:76076/148‑1 (MQ=255)
cagcaTGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCa < 8:306210/148‑1 (MQ=255)
tacatacaGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAg > 8:354864/1‑149 (MQ=255)
catacaGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAgg < 7:311123/148‑1 (MQ=255)
catacaGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAg < 4:34457/147‑1 (MQ=255)
atacaGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGGACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGt > 5:25889/1‑149 (MQ=255)
atacaGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGt > 4:122749/1‑149 (MQ=255)
atacaGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGt < 7:173597/149‑1 (MQ=255)
atacaGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGt < 6:80579/149‑1 (MQ=255)
acaGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTg < 8:328292/127‑1 (MQ=255)
ggTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATc < 7:202744/149‑1 (MQ=255)
ggTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATc < 8:321684/149‑1 (MQ=255)
gTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATcc < 8:47466/149‑1 (MQ=255)
tCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTgc > 8:117308/1‑67 (MQ=255)
tCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATccc < 6:133234/149‑1 (MQ=255)
tGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCTGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCTCTTGCGCTGTGTCTCGACAGCGGGATCGTTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACATCTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGaa < 1:133891/149‑1 (MQ=255)
cTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATa < 1:111320/149‑1 (MQ=255)
cTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATa < 1:339164/149‑1 (MQ=255)
cgcTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAg < 4:211991/148‑1 (MQ=255)
cgcTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAg < 4:62425/148‑1 (MQ=255)
tgCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACtt > 6:320391/1‑149 (MQ=255)
ccAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACtttt > 1:411760/1‑149 (MQ=255)
ccAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACtttt > 1:28420/1‑149 (MQ=255)
ccAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGCCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACtttt > 8:303476/1‑149 (MQ=255)
cAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTg < 7:133800/149‑1 (MQ=255)
aGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGa > 4:263710/1‑127 (MQ=255)
aGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTgg > 3:306461/1‑149 (MQ=255)
gAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGt > 7:280135/1‑149 (MQ=255)
gAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGt < 2:3109/149‑1 (MQ=255)
aCCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGttt < 4:386657/149‑1 (MQ=255)
aCCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGtt > 1:244906/1‑148 (MQ=255)
cATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAg < 3:60270/149‑1 (MQ=255)
cATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAg < 6:369776/149‑1 (MQ=255)
aTGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAgg < 4:346947/149‑1 (MQ=255)
gCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTcc < 4:361557/149‑1 (MQ=255)
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GCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21210:20152:7017/151‑1 (MQ=60)
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TGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11609:10107:12349/150‑1 (MQ=60)
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CAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21207:20167:19182/1‑151 (MQ=60)
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AACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21106:21317:2411/1‑150 (MQ=60)
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CCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21606:11350:7120/1‑150 (MQ=60)
CCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21108:5737:5784/1‑150 (MQ=60)
CCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11305:20561:1318/1‑150 (MQ=60)
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ACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATGTCTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21309:23337:12520/149‑1 (MQ=60)
GCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAG > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11305:2903:11982/1‑131 (MQ=60)
|
GCACCACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTACTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATGTCTGCA > NC_002947_CJ‑RC/5395915‑5396211
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
