Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F14 I0 R1
|
248 |
61.6 |
2601574 |
98.7% |
2567753 |
146.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
5,396,064 |
A→G |
100% |
V231A (GTA→GCA) |
tphBII ← |
4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 5,396,064 | 0 | A | G | 100.0%
| 170.8
/ NA
| 47 | V231A (GTA→GCA) | tphBII | 4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (22/25); total (22/25) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
ACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTACTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATGTCTG > NC_002947_CJ‑RC/5395920‑5396209
|
accCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAg > 3:309076/1‑149 (MQ=255)
cccTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAgg < 7:17740/149‑1 (MQ=255)
atagTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAgt < 5:184436/149‑1 (MQ=255)
cgcTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGtctc > 7:59349/1‑148 (MQ=255)
cTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGa > 3:95346/1‑148 (MQ=255)
aGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTg > 8:225122/1‑124 (MQ=255)
aGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTg < 7:225122/124‑1 (MQ=255)
ggTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATCTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGt < 5:200142/149‑1 (MQ=255)
cagcagCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGa < 4:170770/131‑1 (MQ=255)
cagcagCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGa > 3:170770/1‑131 (MQ=255)
agcagcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTTCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCATCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTg > 1:141409/1‑149 (MQ=255)
gcagcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTgg < 6:95429/149‑1 (MQ=255)
gcagcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTgg < 8:258895/149‑1 (MQ=255)
gcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAg < 1:162974/149‑1 (MQ=255)
aTGGGGATATGGCCCTGATCGTTCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGtcctc < 2:232680/149‑1 (MQ=255)
tGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGtcctcc < 5:266897/149‑1 (MQ=255)
ggATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAgg < 4:53732/149‑1 (MQ=255)
tGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGaa < 4:95346/149‑1 (MQ=255)
ggCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGaa > 3:163888/1‑148 (MQ=255)
cccTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGaacaa > 8:222220/1‑149 (MQ=255)
aTCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTc < 3:216260/149‑1 (MQ=255)
agcaTGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGa < 4:309076/149‑1 (MQ=255)
ggCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCAt > 4:5803/1‑149 (MQ=255)
cTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGa < 3:234057/149‑1 (MQ=255)
catacaGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAgg < 8:59349/148‑1 (MQ=255)
atacaGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGt > 3:144405/1‑149 (MQ=255)
acaGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTcc < 5:276785/130‑1 (MQ=255)
acaGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTcc > 6:276785/1‑130 (MQ=255)
tCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATccc > 7:139849/1‑149 (MQ=255)
cGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATccc > 1:42043/1‑148 (MQ=255)
tGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGTGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGaa < 7:22984/149‑1 (MQ=255)
tGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGaa < 7:176214/149‑1 (MQ=255)
tgCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACtt > 5:175237/1‑149 (MQ=255)
ccAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACtttt > 6:151479/1‑149 (MQ=255)
aGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTgg < 4:186270/149‑1 (MQ=255)
aGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTgg > 2:251410/1‑149 (MQ=255)
taaCCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCTCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGt < 7:50559/148‑1 (MQ=255)
cccATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTg > 4:216021/1‑133 (MQ=255)
cccATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTg < 3:216021/133‑1 (MQ=255)
ccATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCAGAAAACAGCGACTTTTGGTTTAGGCAATCCGAg > 2:259638/1‑148 (MQ=255)
cATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGt > 2:241118/1‑148 (MQ=255)
ggggCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAgg > 7:274372/1‑149 (MQ=255)
gggCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTgg < 6:85440/60‑1 (MQ=255)
gggCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTgg > 5:85440/1‑60 (MQ=255)
gggCCATCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGt < 2:141409/149‑1 (MQ=255)
tCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATGt > 6:318825/1‑149 (MQ=255)
tCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATGt < 5:231834/149‑1 (MQ=255)
ctactgctaGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATGTc > 8:71321/1‑149 (MQ=255)
actgctaGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATGTCTg > 4:148141/1‑149 (MQ=255)
|
ACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTACTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATGTCTG > NC_002947_CJ‑RC/5395920‑5396209
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CACCACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTACTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATGTCT > NC_002947_CJ‑RC/5395916‑5396208
|
CACCACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11411:9183:14239/151‑1 (MQ=60)
CCACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21106:2269:9016/1‑149 (MQ=60)
CACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21312:15229:8633/1‑151 (MQ=60)
ACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGC < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11404:16771:15331/151‑1 (MQ=60)
AATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21405:22456:4155/151‑1 (MQ=60)
GCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11501:11803:5217/1‑150 (MQ=60)
GCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11210:8051:9136/1‑150 (MQ=60)
TAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGC < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21412:7226:13867/126‑1 (MQ=60)
AGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATCTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21408:21932:16639/151‑1 (MQ=60)
CCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21102:5727:12939/1‑133 (MQ=60)
CAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTTCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCATCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11307:25692:3541/1‑151 (MQ=60)
AGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGT < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11312:9846:1642/151‑1 (MQ=60)
ATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCA < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21511:20481:20160/151‑1 (MQ=60)
TGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11312:8680:20050/1‑150 (MQ=60)
GATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCC < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21202:17492:9764/151‑1 (MQ=60)
GCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21207:22657:7569/151‑1 (MQ=60)
CATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11308:11114:18169/1‑151 (MQ=60)
CATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGATTGGCCCCGCTTGCGCACTGTCTCGAAAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTACCGGCCGGACAACAGTCCTTCAGATTCATGAGGGTT > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21506:24130:18858/1‑151 (MQ=60)
TACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21602:15053:2810/132‑1 (MQ=60)
GTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11606:17888:13772/1‑151 (MQ=60)
TCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11109:22397:11408/1‑150 (MQ=60)
GTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGTGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAAT < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11405:23014:17061/151‑1 (MQ=60)
GTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAAT < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21402:20178:14077/151‑1 (MQ=60)
GTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTT > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21402:5003:18793/1‑151 (MQ=60)
ATAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCTCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTT < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11411:16950:9252/151‑1 (MQ=60)
TCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21202:15226:8597/135‑1 (MQ=60)
TGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21511:7791:5039/1‑151 (MQ=60)
GGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11507:2959:16672/1‑62 (MQ=60)
GTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATGTC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21503:14801:19868/151‑1 (MQ=60)
ACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATGTCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11609:3108:12897/148‑1 (MQ=60)
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CACCACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTACTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATGTCT > NC_002947_CJ‑RC/5395916‑5396208
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
