Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F11 I4 R1
|
73 |
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136.2 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 681 total aligned reads displayed.
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|
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GGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGA > LH00941:114:22FVMWLT1:2:2201:5354:5500/1‑151 (MQ=60)
GTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGAC > LH00941:114:22FVMWLT1:2:1236:33404:28046/1‑151 (MQ=60)
GTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGAC > LH00941:114:22FVMWLT1:2:1254:39857:21769/1‑151 (MQ=60)
GGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGC > LH00941:114:22FVMWLT1:2:2139:39681:23226/1‑151 (MQ=60)
GCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGAACCCATGCGGGGCGCTCGACGCC < LH00941:114:22FVMWLT1:2:1268:42436:20600/151‑1 (MQ=60)
GCATGGTGGCAGGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGCC < LH00941:114:22FVMWLT1:2:2202:32433:7405/151‑1 (MQ=60)
CATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGCCA > LH00941:114:22FVMWLT1:2:1227:33505:10800/1‑151 (MQ=60)
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GAGCAATTCCCCGTTATAGGGGTTGATAGTGGCGTAAGCCATGTGATTCTCCTACTCGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGCCA > AE015451_phaM1/2837007‑2837306
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
