Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F42 I4 R1
|
76 |
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136.2 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 609 total aligned reads displayed.
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|
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GTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGG > LH00941:114:22FVMWLT1:2:1117:19055:13506/1‑151 (MQ=60)
GGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCG > LH00941:114:22FVMWLT1:2:2153:10374:27517/1‑151 (MQ=60)
GGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCG > LH00941:114:22FVMWLT1:2:1136:29798:8638/1‑151 (MQ=60)
CATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCT > LH00941:114:22FVMWLT1:2:2105:25777:27229/1‑151 (MQ=60)
TGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCG > LH00941:114:22FVMWLT1:2:2162:21256:5275/1‑151 (MQ=60)
GGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGA > LH00941:114:22FVMWLT1:2:1113:7656:28158/1‑151 (MQ=60)
GTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCCGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGAC > LH00941:114:22FVMWLT1:2:2244:12473:5756/1‑151 (MQ=60)
GTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGAC > LH00941:114:22FVMWLT1:2:1128:20766:26396/1‑151 (MQ=60)
GCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGCC < LH00941:114:22FVMWLT1:2:2212:26378:4987/151‑1 (MQ=60)
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GTCTTGAGCAATTCCCCGTTATAGGGGTTGATAGTGGCGTAAGCCATGTGATTCTCCTACTCGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGCC > AE015451_phaM1/2837002‑2837305
|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
